[日本語] English
万見
- PDB-1ljy: Crystal Structure of a Novel Regulatory 40 kDa Mammary Gland Prot... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ljy
タイトルCrystal Structure of a Novel Regulatory 40 kDa Mammary Gland Protein (MGP-40) secreted during Involution
要素MGP-40
キーワードSIGNALING PROTEIN / Mammary Gland protein / Marker protein / Cancer regressor protein
機能・相同性
機能・相同性情報


response to interleukin-6 / activation of NF-kappaB-inducing kinase activity / chitin catabolic process / chitin binding / response to tumor necrosis factor / response to mechanical stimulus / response to interleukin-1 / positive regulation of peptidyl-threonine phosphorylation / positive regulation of interleukin-8 production / lung development ...response to interleukin-6 / activation of NF-kappaB-inducing kinase activity / chitin catabolic process / chitin binding / response to tumor necrosis factor / response to mechanical stimulus / response to interleukin-1 / positive regulation of peptidyl-threonine phosphorylation / positive regulation of interleukin-8 production / lung development / positive regulation of angiogenesis / cellular response to tumor necrosis factor / carbohydrate binding / carbohydrate metabolic process / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / inflammatory response / apoptotic process / perinuclear region of cytoplasm / endoplasmic reticulum / extracellular space / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Chitinase A; domain 3 - #10 / Chitinase insertion domain superfamily / : / Chitinase II / Glyco_18 / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) domain profile. / Glycosyl hydrolases family 18 / Glycoside hydrolase family 18, catalytic domain / Chitinase A; domain 3 / Glycosidases ...Chitinase A; domain 3 - #10 / Chitinase insertion domain superfamily / : / Chitinase II / Glyco_18 / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) domain profile. / Glycosyl hydrolases family 18 / Glycoside hydrolase family 18, catalytic domain / Chitinase A; domain 3 / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Roll / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Chitinase-3-like protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Capra hircus (ヤギ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Mohanty, A.K. / Singh, G. / Paramasivam, M. / Saravanan, K. / Jabeen, T. / Sharma, S. / Yadav, S. / Kaur, P. / Kumar, P. / Srinivasan, A. / Singh, T.P.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003
タイトル: Crystal Structure of a Novel Regulatory 40 kDa Mammary Gland Protein (MGP-40) secreted during Involution
著者: Mohanty, A.K. / Singh, G. / Paramasivam, M. / Saravanan, K. / Jabeen, T. / Sharma, S. / Yadav, S. / Kaur, P. / Kumar, P. / Srinivasan, A. / Singh, T.P.
履歴
登録2002年4月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年3月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月16日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_entity_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年10月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: MGP-40
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,0102
ポリマ－40,5861
非ポリマー4241
水86548
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)62.950, 65.890, 107.030
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 MGP-40


分子量: 40585.801 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Mammary Gland secretory protein. / 由来: (天然) Capra hircus (ヤギ) / 参照: GenBank: 19526603, UniProt: Q8SPQ0*PLUS
#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAca1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a2122h-1a_1-5_2*NCC/3=O]/1-2/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][a-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 48 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 55 %
結晶化温度: 277 K / 手法: microdialysis / pH: 8.5
詳細: 12%Ethanol, 25 mMTris-HCl, pH 8.5, MICRODIALYSIS, temperature 277K
結晶化
*PLUS
pH: 8
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
120 mg/mlprotein11
210 mMTris-HCl11
319 %(v/v)ethanol12pH8.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 295 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年12月26日
放射モノクロメーター: Graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→19.73 Å / Num. all: 10394 / Num. obs: 10394 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / 冗長度: 5.49 % / Biso Wilson estimate: 29.4 Å2 / Rsym value: 0.114 / Net I/σ(I): 7
反射 シェル解像度: 2.9→3 Å / % possible all: 99
反射
*PLUS
最低解像度: 20 Å / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.114
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99 % / Rmerge(I) obs: 0.296 / Mean I/σ(I) obs: 2.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS0.9精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.9→19.73 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Data cutoff high absF: 1103275.65 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.234 542 5.3 %RANDOM
Rwork0.181 ---
obs0.18 10236 99.2 %-
all-10394 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 26.07 Å2 / ksol: 0.282382 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 36.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.2 Å20 Å20 Å2
2--0.19 Å20 Å2
3---2.01 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.45 Å0.3 Å
Luzzati d res low-4 Å
Luzzati sigma a0.54 Å0.4 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→19.73 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2866 0 28 48 2942
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.9
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.9
LS精密化 シェル解像度: 2.9→3.08 Å / Rfactor Rfree error: 0.039 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.35 81 4.9 %
Rwork0.277 1577 -
obs--99.3 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION4CARBOHYDRATE.PARAMCARBOHYDRATE.TOP
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.9 Å / 最低解像度: 20 Å / Rfactor Rfree: 0.235 / Rfactor Rwork: 0.18
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.7
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg24
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.9

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る