ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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HKL-2000 | | データ収集 | SCALEPACK | | データスケーリング | SOLVE | | 位相決定 | CNS | 1 | 精密化 | HKL-2000 | | データ削減 |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.72→29.88 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 410192.08 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.294 | 2045 | 10 % | RANDOM |
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Rwork | 0.228 | - | - | - |
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all | 0.23 | 22781 | - | - |
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obs | 0.23 | 20481 | 88.2 % | - |
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 45.9766 Å2 / ksol: 0.297912 e/Å3 |
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原子変位パラメータ | Biso mean: 37.1 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | -6.44 Å2 | 0 Å2 | 0 Å2 |
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2- | - | -3.54 Å2 | 0 Å2 |
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3- | - | - | 9.98 Å2 |
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Refine analyze | | Free | Obs |
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Luzzati coordinate error | 0.29 Å | 0.22 Å |
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Luzzati d res low | - | 5 Å |
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Luzzati sigma a | 0.12 Å | 0.07 Å |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.72→29.88 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 1925 | 0 | 0 | 350 | 2275 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal |
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X-RAY DIFFRACTION | c_bond_d0.011 | X-RAY DIFFRACTION | c_angle_deg1.6 | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_d23 | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_d0.98 | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.72→1.82 Å / Rfactor Rfree error: 0.019 / Total num. of bins used: 6
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.284 | 222 | 9.7 % |
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Rwork | 0.215 | 2056 | - |
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obs | - | - | 59.1 % |
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Xplor file | Refine-ID | Serial no | Param file | Topol file |
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X-RAY DIFFRACTION | 1 | PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOPX-RAY DIFFRACTION | 2 | WATER_REP.PARAM | | | |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.71 Å / 最低解像度: 20 Å / Rfactor obs: 0.228 |
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溶媒の処理 | *PLUS |
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原子変位パラメータ | *PLUS |
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拘束条件 | *PLUS Refine-ID | タイプ | Dev ideal |
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X-RAY DIFFRACTION | c_angle_deg1.56 | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_d | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_deg22.99 | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_d | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_deg0.98 | | | | | |
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LS精密化 シェル | *PLUS 最高解像度: 1.71 Å / 最低解像度: 1.73 Å / Rfactor obs: 0.215 |
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