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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1lej | ||||||
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タイトル | NMR Structure of a 1:1 Complex of Polyamide (Im-Py-Beta-Im-Beta-Im-Py-Beta-Dp) with the Tridecamer DNA Duplex 5'-CCAAAGAGAAGCG-3' | ||||||
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![]() | DNA / POLYAMIDE / PURINE TRACT / BETA ALANINE / MINOR GROOVE | ||||||
機能・相同性 | Chem-P11 / DNA / DNA (> 10)![]() | ||||||
手法 | 溶液NMR / restrained molecular dynamics, simulated annealing, matrix relaxation, NOE-derived distance restraints. | ||||||
![]() | Urbach, A.R. / Love, J.J. / Ross, S.A. / Dervan, P.B. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of a beta-alanine-linked polyamide bound to a full helical turn of purine tract DNA in the 1:1 motif. 著者: Urbach, A.R. / Love, J.J. / Ross, S.A. / Dervan, P.B. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 208.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 168.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 400.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 507 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 14.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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NMR アンサンブル |
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要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 4018.652 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 詳細: This sequence was designed and synthesized for this study. |
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#2: DNA鎖 | 分子量: 3924.544 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 詳細: This sequence was designed and synthesized for this study. |
#3: 化合物 | ChemComp-P11 / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR |
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NMR実験 | タイプ: 2D NOESY |
NMR実験の詳細 | Text: This structure was determined using standard 2D homonuclear techniques. |
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試料調製
詳細 | 内容: 3.67 millimolar polyamide-DNA complex, 10 millimolar sodium phosphate, pH 7.0, 90% H2O, 10% D2O 溶媒系: 90% H2O/10% D2O |
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試料状態 | イオン強度: 10 Millimolar / pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 298 K |
結晶化 | *PLUS 手法: other / 詳細: NMR |
-NMR測定
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M |
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放射波長 | 相対比: 1 |
NMRスペクトロメーター | タイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz |
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解析
NMR software |
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精密化 | 手法: restrained molecular dynamics, simulated annealing, matrix relaxation, NOE-derived distance restraints. ソフトェア番号: 1 詳細: The structure calculations used 548 distance restraints. 508 were NOE-derived, and 40 were for Watson-Crick hydrogen bonds. | ||||||||||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: fewest violations | ||||||||||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations 計算したコンフォーマーの数: 40 / 登録したコンフォーマーの数: 11 |