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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1lec | ||||||||||||
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タイトル | STRUCTURES OF THE LECTIN IV OF GRIFFONIA SIMPLICIFOLIA AND ITS COMPLEX WITH THE LEWIS B HUMAN BLOOD GROUP DETERMINANT AT 2.0 ANGSTROMS RESOLUTION | ||||||||||||
要素 | WEST-CENTRAL AFRICAN LEGUME LECTIN IV | ||||||||||||
キーワード | LECTIN | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||||||||
生物種 | Griffonia simplicifolia (マメ科) | ||||||||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Delbaere, L. / Vandonselaar, M. / Quail, J. | ||||||||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1993 タイトル: Structures of the lectin IV of Griffonia simplicifolia and its complex with the Lewis b human blood group determinant at 2.0 A resolution. 著者: Delbaere, L.T. / Vandonselaar, M. / Prasad, L. / Quail, J.W. / Wilson, K.S. / Dauter, Z. #1: ジャーナル: Can.J.Chem. / 年: 1990 タイトル: Molecular Recognition of a Human Blood Group Determinant by a Plant Lectin 著者: Delbaere, L.T.J. / Vandonselaar, M. / Prasad, L. / Quail, J.W. / Pearlstone, J.R. / Carpenter, M.R. / Smillie, L.B. / Nikrad, P.V. / Spohr, U. / Lemieux, R.U. #2: ジャーナル: Trans.Am.Crystallogr.Assoc. / 年: 1991 タイトル: Structures of Griffonia Simplicifolia Lectin Iv and its Complex with a Synthetic Lewis B Blood Group Determinant 著者: Delbaere, L.T.J. / Vandonselaar, M. / Prasad, L. / Quail, J.W. / Nikrad, P.V. / Pearlstone, J.R. / Carpenter, M.R. / Smillie, L.B. / Spohr, U. / Lemieux, R.U. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1lec.cif.gz | 62.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1lec.ent.gz | 47.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1lec.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1lec_validation.pdf.gz | 901.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1lec_full_validation.pdf.gz | 905.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1lec_validation.xml.gz | 13.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1lec_validation.cif.gz | 19.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/le/1lec ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/le/1lec | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: RESIDUE PRO 86 IS A CIS PROLINE. 2: PEPTIDE BONDS ALA 88 - ASP 89 AND VAL 221 - GLY 222 ARE CIS PEPTIDE BONDS AND ARE INVOLVED IN CARBOHYDRATE BINDING SITE. 3: WATERS 403 AND 404 OCCUPY SPECIAL POSITIONS AND ARE SHARED BY TWO SYMMETRY RELATED MOLECULES. | |||||||||
Components on special symmetry positions |
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-要素
-タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 26816.678 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Griffonia simplicifolia (マメ科) / 参照: UniProt: P24146 |
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#2: 多糖 | alpha-L-fucopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...alpha-L-fucopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
-非ポリマー , 4種, 146分子
#3: 化合物 | ChemComp-MN / |
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#4: 化合物 | ChemComp-CA / |
#5: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
#6: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.41 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS pH: 6.2 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: Vandonselaar,M., (1987) J. Biol. Chem., 262, 10848. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 最高解像度: 2 Å 詳細: RESIDUES 1 AND 241 - 243 HAVE VERY HIGH TEMPERATURE FACTORS AND ARE NOT WELL DETERMINED.
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 2 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 8 Å / Rfactor all: 0.187 / Num. reflection obs: 19204 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |