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- PDB-1ld9: THE THREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF AN H-2LD PEPTIDE COMPLEX EXPLA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ld9
タイトルTHE THREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF AN H-2LD PEPTIDE COMPLEX EXPLAINS THE UNIQUE INTERACTION OF LD WITH BETA2M AND PEPTIDE
要素
  • BETA-2 MICROGLOBULIN
  • MHC CLASS I H-2LD HEAVY CHAIN
  • NANO-PEPTIDE
キーワードMAJOR HISTOCOMPATIBILITY COMPLEX / LD
機能・相同性
機能・相同性情報


Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / ER-Phagosome pathway / DAP12 signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / cellular defense response / Neutrophil degranulation / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane ...Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / ER-Phagosome pathway / DAP12 signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / cellular defense response / Neutrophil degranulation / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / MHC class I peptide loading complex / response to molecule of bacterial origin / defense response / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / MHC class I protein complex / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / cellular response to nicotine / phagocytic vesicle membrane / positive regulation of cellular senescence / negative regulation of epithelial cell proliferation / sensory perception of smell / negative regulation of neuron projection development / iron ion transport / T cell differentiation in thymus / protein refolding / protein homotetramerization / amyloid fibril formation / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / immune response / external side of plasma membrane / structural molecule activity / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular space / cytosol
類似検索 - 分子機能
MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily ...MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-2-microglobulin / H-2 class I histocompatibility antigen, L-D alpha chain
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Balendiran, G.K. / Solheim, J.C. / Young, A.C.M. / Hansen, T.H. / Nathenson, S.G. / Sacchettini, J.C.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1997
タイトル: The three-dimensional structure of an H-2Ld-peptide complex explains the unique interaction of Ld with beta-2 microglobulin and peptide.
著者: Balendiran, G.K. / Solheim, J.C. / Young, A.C. / Hansen, T.H. / Nathenson, S.G. / Sacchettini, J.C.
履歴
登録1997年4月24日処理サイト: BNL
改定 1.01998年5月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月9日Group: Database references / Refinement description / カテゴリ: database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年11月20日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MHC CLASS I H-2LD HEAVY CHAIN
B: BETA-2 MICROGLOBULIN
C: NANO-PEPTIDE
D: MHC CLASS I H-2LD HEAVY CHAIN
E: BETA-2 MICROGLOBULIN
F: NANO-PEPTIDE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,5746
ポリマ－87,5746
非ポリマー00
水00
1
A: MHC CLASS I H-2LD HEAVY CHAIN
B: BETA-2 MICROGLOBULIN
C: NANO-PEPTIDE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,7873
ポリマ－43,7873
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4410 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area19060 Å2
手法PISA
2
D: MHC CLASS I H-2LD HEAVY CHAIN
E: BETA-2 MICROGLOBULIN
F: NANO-PEPTIDE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,7873
ポリマ－43,7873
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4370 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area19090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)150.100, 87.200, 80.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.993104, -0.112873, 0.031701), (-0.113613, 0.993268, -0.022618), (-0.028935, -0.026064, -0.999241)
ベクター: 153.24229, -25.3366, 74.5267)

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要素

#1: タンパク質 MHC CLASS I H-2LD HEAVY CHAIN / LD


分子量: 30964.395 Da / 分子数: 2 / 断片: EXTRACELLULAR DOMAINS / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株: 293 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): 293 / 参照: UniProt: P01897
#2: タンパク質 BETA-2 MICROGLOBULIN


分子量: 11704.359 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株: 293 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): 293 / 参照: UniProt: P01887
#3: タンパク質・ペプチド NANO-PEPTIDE


分子量: 1118.221 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.98 % / 解説: THE DATA IS 75% COMPLETE TO 2.5 ANGSTROMS.
結晶化pH: 6.5 / 詳細: pH 6.5
結晶化
*PLUS
pH: 8.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
15 mg/mlpeptide1drop
20.7 M1dropNa2SO4
31-4 %glycerol1drop
41.4 M1reservoirNa2SO4
52-8 %glycerol1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 287 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418
検出器タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1995年8月27日 / 詳細: MIRROR
放射モノクロメーター: NI FILTER / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→20 Å / Num. obs: 28578 / % possible obs: 67 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Rsym value: 0.09 / Net I/σ(I): 3.7
反射 シェル解像度: 2.4→2.5 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.13 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Rsym value: 0.097 / % possible all: 58
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 58 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
XENGENデータ収集
XENGENデータ削減
AMoRE位相決定
X-PLOR精密化
XENGENデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1HOC

1hoc


最高解像度: 2.4 Å /
Rfactor%反射
Rfree0.279 -
Rwork0.186 -
obs0.186 75 %
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 2.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6168 0 0 0 6168
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2.1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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