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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1lca | ||||||
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タイトル | LACTOBACILLUS CASEI THYMIDYLATE SYNTHASE TERNARY COMPLEX WITH DUMP AND CB3717 | ||||||
![]() | THYMIDYLATE SYNTHASE | ||||||
![]() | TRANSFERASE (METHYLTRANSFERASE) / NUCLEOTIDE SYNTHASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() thymidylate synthase / thymidylate synthase activity / dTMP biosynthetic process / dTTP biosynthetic process / methylation / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Birdsall, D.L. / Finer-Moore, J. / Stroud, R.M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Refined structures of substrate-bound and phosphate-bound thymidylate synthase from Lactobacillus casei. 著者: Finer-Moore, J. / Fauman, E.B. / Foster, P.G. / Perry, K.M. / Santi, D.V. / Stroud, R.M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 92.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 71.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 18.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 25.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: GLY 98 - PRO 99 OMEGA = 210.96 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION 2: ASP 111 - PRO 112 OMEGA = 91.43 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION 3: VAL 190 - PRO 191 OMEGA = 140.32 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION 4: ALA 312 - PRO 313 OMEGA = 145.35 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 36630.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-UMP / |
#3: 化合物 | ChemComp-CB3 / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.17 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS pH: 6.8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Hardy, L.W., (1987) Science, 235, 448. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射光源 | 波長: 1.5418 Å |
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検出器 | タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1994年8月17日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→65.4 Å / Num. obs: 9083 / % possible obs: 58.9 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 1.688 % / Rmerge(I) obs: 0.108 |
反射 | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.108 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.5→15 Å / σ(F): 1.6 /
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原子変位パラメータ | Biso mean: 14.7 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→15 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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