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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1lb7 | ||||||
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タイトル | IGF-F1-1, A PEPTIDE ANTAGONIST OF IGF-1 | ||||||
要素 | IGF-1 ANTAGONIST F1-1 | ||||||
キーワード | DE NOVO PROTEIN / loop-helix / disulfide | ||||||
手法 | 溶液NMR / distance geometry, molecular dynamics | ||||||
データ登録者 | Deshayes, K. / Schaffer, M.L. / Skelton, N.J. / Nakamura, G.R. / Kadkhodayan, S. / Sidhu, S.S. | ||||||
引用 | ジャーナル: Chem.Biol. / 年: 2002 タイトル: Rapid identification of small binding motifs with high-throughput phage display: discovery of peptidic antagonists of IGF-1 function. 著者: Deshayes, K. / Schaffer, M.L. / Skelton, N.J. / Nakamura, G.R. / Kadkhodayan, S. / Sidhu, S.S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1lb7.cif.gz | 91.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1lb7.ent.gz | 70.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1lb7.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1lb7_validation.pdf.gz | 332.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1lb7_full_validation.pdf.gz | 391.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1lb7_validation.xml.gz | 5.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1lb7_validation.cif.gz | 9.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lb/1lb7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lb/1lb7 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1879.216 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: De novo sequence derived from phage display library |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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NMR実験の詳細 | Text: This structure was determined using standard 2D homonuclear techniques to generate distance (ROESY) and dihederal angle (DQF-COSY, COSY-35)restraints. Additional dihedral angle restraints were ...Text: This structure was determined using standard 2D homonuclear techniques to generate distance (ROESY) and dihederal angle (DQF-COSY, COSY-35)restraints. Additional dihedral angle restraints were derived from chemical shift information using the program TALOS |
-試料調製
詳細 |
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試料状態 | イオン強度: 0 / pH: 5.1 / 圧: atm / 温度: 303 K | |||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: other / 詳細: NMR |
-NMR測定
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M | |||||||||||||||
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放射波長 | 相対比: 1 | |||||||||||||||
NMRスペクトロメーター |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: distance geometry, molecular dynamics / ソフトェア番号: 1 詳細: The structures are based on 91 distance restraints and 26 dihedral angle restraints. None of the final structures have violations > 0.07A or 1.0 degrees. The mean rmsd to the mean coordinates ...詳細: The structures are based on 91 distance restraints and 26 dihedral angle restraints. None of the final structures have violations > 0.07A or 1.0 degrees. The mean rmsd to the mean coordinates for heavy atoms of residues Cys3 to Tyr15 is 0.31+/-0.06 A. | ||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: closest to the average,fewest violations,lowest energy,minimized average structure | ||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations 計算したコンフォーマーの数: 80 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |