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- PDB-1lb1: Crystal Structure of the Dbl and Pleckstrin homology domains of D... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1lb1
タイトルCrystal Structure of the Dbl and Pleckstrin homology domains of Dbs in complex with RhoA
要素
  • Guanine nucleotide exchange factor DBS
  • Transforming protein RhoA
キーワードSIGNALING PROTEIN / GUANINE NUCLEOTIDE EXCHANGE FACTOR / SMALL G-PROTEIN / RHOA / DBS / DH domain / PH domain
機能・相同性
機能・相同性情報


RHOB GTPase cycle / RHOC GTPase cycle / CDC42 GTPase cycle / NRAGE signals death through JNK / 1-phosphatidylinositol binding / RAC1 GTPase cycle / RHOA GTPase cycle / RHOG GTPase cycle / G alpha (12/13) signalling events / aortic valve formation ...RHOB GTPase cycle / RHOC GTPase cycle / CDC42 GTPase cycle / NRAGE signals death through JNK / 1-phosphatidylinositol binding / RAC1 GTPase cycle / RHOA GTPase cycle / RHOG GTPase cycle / G alpha (12/13) signalling events / aortic valve formation / alpha-beta T cell lineage commitment / mitotic cleavage furrow formation / bone trabecula morphogenesis / positive regulation of lipase activity / endothelial tube lumen extension / skeletal muscle satellite cell migration / positive regulation of vascular associated smooth muscle contraction / angiotensin-mediated vasoconstriction involved in regulation of systemic arterial blood pressure / SLIT2:ROBO1 increases RHOA activity / RHO GTPases Activate Rhotekin and Rhophilins / Roundabout signaling pathway / negative regulation of intracellular steroid hormone receptor signaling pathway / Axonal growth inhibition (RHOA activation) / Axonal growth stimulation / regulation of neural precursor cell proliferation / cleavage furrow formation / regulation of modification of postsynaptic actin cytoskeleton / regulation of osteoblast proliferation / forebrain radial glial cell differentiation / cell junction assembly / apical junction assembly / regulation of systemic arterial blood pressure by endothelin / negative regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis / cellular response to chemokine / beta selection / establishment of epithelial cell apical/basal polarity / negative regulation of cell size / regulation of modification of postsynaptic structure / RHO GTPases Activate ROCKs / negative regulation of oxidative phosphorylation / negative regulation of motor neuron apoptotic process / RHO GTPases activate CIT / Sema4D induced cell migration and growth-cone collapse / PCP/CE pathway / RHO GTPases activate KTN1 / apolipoprotein A-I-mediated signaling pathway / positive regulation of podosome assembly / negative regulation of cell-substrate adhesion / positive regulation of alpha-beta T cell differentiation / ossification involved in bone maturation / odontogenesis / Wnt signaling pathway, planar cell polarity pathway / Sema4D mediated inhibition of cell attachment and migration / motor neuron apoptotic process / positive regulation of leukocyte adhesion to vascular endothelial cell / PI3K/AKT activation / wound healing, spreading of cells / apical junction complex / regulation of focal adhesion assembly / negative chemotaxis / positive regulation of Rho protein signal transduction / extrinsic component of membrane / myosin binding / EPHA-mediated growth cone collapse / stress fiber assembly / regulation of neuron projection development / RHOC GTPase cycle / positive regulation of cytokinesis / androgen receptor signaling pathway / cerebral cortex cell migration / cellular response to cytokine stimulus / ERBB2 Regulates Cell Motility / cleavage furrow / semaphorin-plexin signaling pathway / Rho protein signal transduction / ficolin-1-rich granule membrane / mitotic spindle assembly / RHOA GTPase cycle / endothelial cell migration / positive regulation of T cell migration / PTK6 Regulates RHO GTPases, RAS GTPase and MAP kinases / regulation of microtubule cytoskeleton organization / negative regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / cytoplasmic microtubule organization / skeletal muscle tissue development / RHO GTPases activate PKNs / positive regulation of stress fiber assembly / GPVI-mediated activation cascade / EPHB-mediated forward signaling / substantia nigra development / positive regulation of neuron differentiation / regulation of cell migration / substrate adhesion-dependent cell spreading / cell-matrix adhesion / small monomeric GTPase / secretory granule membrane / G protein activity / guanyl-nucleotide exchange factor activity / TGF-beta receptor signaling in EMT (epithelial to mesenchymal transition) / kidney development
類似検索 - 分子機能
DBS, SH3 domain / DBS, PH domain / : / Dbl Homology Domain; Chain A / Dbl homology (DH) domain / Divergent CRAL/TRIO domain / Guanine-nucleotide dissociation stimulator, CDC24, conserved site / Dbl homology (DH) domain signature. / CRAL-TRIO lipid binding domain profile. / Domain in homologues of a S. cerevisiae phosphatidylinositol transfer protein (Sec14p) ...DBS, SH3 domain / DBS, PH domain / : / Dbl Homology Domain; Chain A / Dbl homology (DH) domain / Divergent CRAL/TRIO domain / Guanine-nucleotide dissociation stimulator, CDC24, conserved site / Dbl homology (DH) domain signature. / CRAL-TRIO lipid binding domain profile. / Domain in homologues of a S. cerevisiae phosphatidylinositol transfer protein (Sec14p) / CRAL-TRIO lipid binding domain / CRAL-TRIO lipid binding domain superfamily / Spectrin repeat / Spectrin repeat / Spectrin/alpha-actinin / Spectrin repeats / Small GTPase Rho / small GTPase Rho family profile. / Dbl homology (DH) domain superfamily / RhoGEF domain / Guanine nucleotide exchange factor for Rho/Rac/Cdc42-like GTPases / Dbl homology (DH) domain / Dbl homology (DH) domain profile. / Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) / PH-domain like / PH domain / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Small GTP-binding protein domain / PH-like domain superfamily / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Roll / Up-down Bundle / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Transforming protein RhoA / Guanine nucleotide exchange factor DBS
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.81 Å
データ登録者Snyder, J.T. / Worthylake, D.K. / Rossman, K.L. / Betts, L. / Pruitt, W.M. / Siderovski, D.P. / Der, C.J. / Sondek, J.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2002
タイトル: Structural basis for the selective activation of Rho GTPases by Dbl exchange factors.
著者: Snyder, J.T. / Worthylake, D.K. / Rossman, K.L. / Betts, L. / Pruitt, W.M. / Siderovski, D.P. / Der, C.J. / Sondek, J.
履歴
登録2002年4月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年5月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月27日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年8月16日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Guanine nucleotide exchange factor DBS
B: Transforming protein RhoA
C: Guanine nucleotide exchange factor DBS
D: Transforming protein RhoA
E: Guanine nucleotide exchange factor DBS
F: Transforming protein RhoA
G: Guanine nucleotide exchange factor DBS
H: Transforming protein RhoA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)251,3528
ポリマ－251,3528
非ポリマー00
水00
1
A: Guanine nucleotide exchange factor DBS
B: Transforming protein RhoA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,8382
ポリマ－62,8382
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3190 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area23690 Å2
手法PISA
2
C: Guanine nucleotide exchange factor DBS
D: Transforming protein RhoA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,8382
ポリマ－62,8382
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3210 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area23680 Å2
手法PISA
3
E: Guanine nucleotide exchange factor DBS
F: Transforming protein RhoA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,8382
ポリマ－62,8382
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3240 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area23660 Å2
手法PISA
4
G: Guanine nucleotide exchange factor DBS
H: Transforming protein RhoA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,8382
ポリマ－62,8382
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3210 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area23690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)158.897, 158.897, 151.791
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number78
Space group name H-MP43

-
要素

#1: タンパク質
Guanine nucleotide exchange factor DBS / DBL'S BIG SISTER / DBS


分子量: 41252.332 Da / 分子数: 4
断片: DBL homology domain (residues 623-818) and pleckstrin homology domain (residues 819-967)
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Dbs / プラスミド: PET-28A / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q64096
#2: タンパク質
Transforming protein RhoA / H12


分子量: 21585.775 Da / 分子数: 4 / 断片: residues 1-190 / Mutation: C190S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RhoA / プラスミド: pPro EX HT / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P61586

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.72 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.4
詳細: PEG 3350, lithium citrate, Inositol 1,4,5-trisphosphate, pH 8.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K
結晶化
*PLUS
温度: 18 ℃ / pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
110 mMTris1droppH8.0
225 mM1dropNaCl
32 mMdithiothreitol1drop
40.5 mMEDTA1drop
515 mg/mlprotein1drop
617 %(w/w)PEG33501reservoir
7200 mMlithium citrate1reservoir
81 mMinositol 1,4,5-triphosphate1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 80 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.9765 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年2月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9765 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.81→47.7 Å / Num. all: 85993 / Num. obs: 85993 / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 87.9 Å2 / Limit h max: 56 / Limit h min: 0 / Limit k max: 56 / Limit k min: 0 / Limit l max: 53 / Limit l min: 0 / Observed criterion F max: 2986395.32 / Observed criterion F min: 8.8
反射
*PLUS
最高解像度: 2.8 Å / 最低解像度: 50 Å / Num. obs: 86038 / % possible obs: 99.1 % / Num. measured all: 269910 / Rmerge(I) obs: 0.078
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 94.1 % / Rmerge(I) obs: 0.654 / Mean I/σ(I) obs: 1.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Dbs-Cdc42 (pdb code 1KZ7)

1kz7


解像度: 2.81→47.7 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.266 4358 5.1 %Random
Rwork0.236 ---
all-91758 --
obs-85993 93.7 %-
溶媒の処理溶媒モデル: CNS bulk solvent model used / Bsol: 45.4826 Å2 / ksol: 0.33567 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 200.54 Å2 / Biso mean: 80.6 Å2 / Biso min: 4.81 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--7.23 Å20 Å20 Å2
2---7.23 Å20 Å2
3---14.46 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.44 Å0.39 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.58 Å0.53 Å
Luzzati d res high-2.81
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.81→47.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16236 0 0 0 16236
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONx_torsion_deg21.9
X-RAY DIFFRACTIONx_torsion_impr_deg0.79
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection Rfree% reflection Rfree (%)Rfactor RworkNum. reflection RworkRfactor Rfree errorNum. reflection allNum. reflection obs% reflection obs (%)
2.81-2.940.4375275.10.40398800.019114341040791
2.94-3.090.3495194.80.337102800.015114591079994.2
3.09-3.290.3465174.80.297102850.015114221080294.6
3.29-3.540.2955364.90.266103750.013114501091195.3
3.54-3.890.2685595.10.238104050.011114751096495.5
3.89-4.460.2485815.40.214102760.01114551085794.8
4.46-5.620.2285885.50.201101500.009114991073893.4
5.62-47.70.23553150.299840.01116291051590.4
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2carbohydrate.paramcarbohydrate.top
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.8 Å / 最低解像度: 50 Å / Rfactor obs: 0.236 / Rfactor Rfree: 0.266 / Rfactor Rwork: 0.236
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0072
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.437 / Rfactor Rwork: 0.403 / Rfactor obs: 0.403

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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