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- PDB-1l9y: FEZ-1-Y228A, A Mutant of the Metallo-beta-lactamase from Legionel... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1l9y
タイトルFEZ-1-Y228A, A Mutant of the Metallo-beta-lactamase from Legionella gormanii
要素FEZ-1 b-lactamase
キーワードHYDROLASE / monomer with alpha-beta/beta-alpha fold / Two monomers per assymmetric unit
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Metallo-beta-lactamase superfamily / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Metallo-beta-lactamase; Chain A / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Fluoribacter gormanii (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.01 Å
データ登録者Garcia-Saez, I. / Mercuri, P.S. / Galleni, M. / Dideberg, O.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2003
タイトル: Three-dimensional Structure of FEZ-1, a Monomeric Subclass B3 Metallo-beta-lactamase from Fluoribacter gormanii, in Native Form and in Complex with -Captopril
著者: Garcia-Saez, I. / Mercuri, P.S. / Papamicael, C. / Kahn, R. / Frre, J.M. / Galleni, M. / Rossolini, G.M. / Dideberg, O.
履歴
登録2002年3月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年7月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32021年10月27日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年8月16日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
Remark 999 SEQUENCE THERE IS A CONFLICT BETWEEN SEQRES(SER277 AND GLY311) AND SEQUENCE DATABASE(GB8980430). ... SEQUENCE THERE IS A CONFLICT BETWEEN SEQRES(SER277 AND GLY311) AND SEQUENCE DATABASE(GB8980430). THE AUTHORS BELIEVE THAT SER277 AND GLY311 ARE CORRECT AND ARE THE TRUE IDENTITIES OF THESE RESIDUES, RESPECTIVELY. RESIDUES ARE NUMBERED FOLLOWING THE STANDARD NUMBERING FOR CLASS B BETA-LACTAMASES, (BBL NUMBERING). (GALLENI M. ET AL. . 2001. "STANDARD NUMBERING SCHEME FOR CLASS B BETA-LACTAMASES". ANTIMICROB.AGENTS CHEMOTHER. MARCH, P. 660-663).

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FEZ-1 b-lactamase
B: FEZ-1 b-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,82219
ポリマ－58,4492
非ポリマー1,37317
水5,711317
1
A: FEZ-1 b-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,95910
ポリマ－29,2241
非ポリマー7359
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: FEZ-1 b-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,8639
ポリマ－29,2241
非ポリマー6398
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)44.761, 77.430, 78.499
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.70, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 FEZ-1 b-lactamase / FEZ-1 protein


分子量: 29224.369 Da / 分子数: 2 / 変異: Y228A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Fluoribacter gormanii (バクテリア)
遺伝子: blaFEZ-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9K578, beta-lactamase

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非ポリマー , 5種, 334分子

#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 317 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.01 %
結晶化温度: 281.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 20%PEG MME 5000, 0.2M amm.sulfate, 0.1M Cacod.acid/Na Cacodylate, 10microM Zn acetate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 281.15K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS FR591 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年2月20日 / 詳細: mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.01→54.233 Å / Num. all: 34214 / Num. obs: 33715 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 15.16 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Rsym value: 0.063 / Net I/σ(I): 8.3
反射 シェル解像度: 2.01→2.12 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.144 / Mean I/σ(I) obs: 6 / Num. unique all: 4475 / Rsym value: 0.118 / % possible all: 88.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALAデータスケーリング
CNS精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1K07

1k07


解像度: 2.01→25 Å / Isotropic thermal model: restrained / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: Refinement of double conformation of residues 168 and 255 in monomer A, and residues 38, 168 and 255 in monomer B. Refinement of two different positions of water molecules 89 and 126.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.216 3304 -RANDOM
Rwork0.1865 ---
all-34797 --
obs-33305 96 %-
溶媒の処理Bsol: 56.5017 Å2 / ksol: 0.383607 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.47 Å20 Å2-1.768 Å2
2---1.562 Å20 Å2
3---0.093 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.24 Å0.2 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.15 Å0.1 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.01→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4110 0 65 317 4492
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.76
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it0.5571.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it0.8262
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it0.8962
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it1.1632.5
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkRefine-IDNum. reflection obs
2.01-2.030.2321440.2093X-RAY DIFFRACTION384
2.5-2.540.2106760.1874X-RAY DIFFRACTION592
3.08-3.150.2106820.1896X-RAY DIFFRACTION618
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2ion.param
X-RAY DIFFRACTION3water.param
X-RAY DIFFRACTION4sulf.param
X-RAY DIFFRACTION5glyc.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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