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万見
- PDB-1l9v: Non Structural protein encoded by gene segment 8 of rotavirus (NS... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1l9v
タイトルNon Structural protein encoded by gene segment 8 of rotavirus (NSP2), an NTPase, ssRNA binding and nucleic acid helix-destabilizing protein
要素Rotavirus-NSP2
キーワードVIRAL PROTEIN / alpha/beta protein / HIT-like fold / Octamer / Two domain protein
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleoside diphosphate kinase activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / viral genome replication / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / host cell cytoplasm / RNA binding / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Rotavirus NSP2 fragment, C-terminal domain / Rotavirus NSP2 fragment, N-terminal domain / Rotavirus NSP2 fragment, N-terminal domain / Rotavirus NSP2, N-terminal / Rotavirus NSP2, C-terminal / : / : / Rotavirus non-structural protein 35, C-terminal / Rotavirus non-structural protein 35, N-terminal / Rotavirus non-structural protein 2 ...Rotavirus NSP2 fragment, C-terminal domain / Rotavirus NSP2 fragment, N-terminal domain / Rotavirus NSP2 fragment, N-terminal domain / Rotavirus NSP2, N-terminal / Rotavirus NSP2, C-terminal / : / : / Rotavirus non-structural protein 35, C-terminal / Rotavirus non-structural protein 35, N-terminal / Rotavirus non-structural protein 2 / HIT family, subunit A / Alpha-Beta Complex / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Non-structural protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Simian 11 rotavirus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Jayaram, H. / Taraporewala, Z. / Patton, J.T. / Prasad, B.V.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2002
タイトル: Rotavirus protein involved in genome replication and packaging exhibits a HIT-like fold.
著者: Jayaram, H. / Taraporewala, Z. / Patton, J.T. / Prasad, B.V.
履歴
登録2002年3月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年6月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Rotavirus-NSP2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,6181
ポリマ－36,6181
非ポリマー00
水181
1
A: Rotavirus-NSP2
x 8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)292,9468
ポリマ－292,9468
非ポリマー00
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_655-y+1,x,z1
crystal symmetry operation4_565y,-x+1,z1
crystal symmetry operation5_655-x+1,y,-z1
crystal symmetry operation6_565x,-y+1,-z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
crystal symmetry operation8_665-y+1,-x+1,-z1
Buried area19910 Å2
ΔGint-63 kcal/mol
Surface area117150 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)108.432, 108.432, 152.877
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number97
Space group name H-MI422
詳細Octamer - obtained by applying I422 symmtery

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要素

#1: タンパク質 Rotavirus-NSP2


分子量: 36618.258 Da / 分子数: 1 / 断片: NSP2 of Rotavirus / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Simian 11 rotavirus (serotype 3 / strain SA11-Ramig) (ウイルス)
生物種: Rotavirus A / 株: SA11-Ramig / 遺伝子: gene segment 8 / プラスミド: pQe60 (Qiagen) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): M15[pREP5] / 参照: UniProt: Q03243
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.9 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.25
詳細: 15% Peg 6000, 0.2 M Magnesium acetate, 0.1M Tris-HCl. Protein buffer 0.2M MgCl2, 0.5 mM EDTA , 0.5 mM DTT, 2mM Tris-HCl pH7.2. 0.2 M MgCl2 was necessary to make protein monodisperse. Protein: ...詳細: 15% Peg 6000, 0.2 M Magnesium acetate, 0.1M Tris-HCl. Protein buffer 0.2M MgCl2, 0.5 mM EDTA , 0.5 mM DTT, 2mM Tris-HCl pH7.2. 0.2 M MgCl2 was necessary to make protein monodisperse. Protein:precipitant ratio 1:1. Plate like crystals (0.08 mm X 0.2 mm X 0.2 mm)Crystals grew in two to three weeks, pH 7.25, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
PH range low: 7.5 / PH range high: 6.5
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
16-8 mg/mlprotein1drop
212-15 %peg61reservoir
30.2 Mmagnesium acetate1reservoir
4100 mMTris-HCl1reservoirpH6.5-7.5

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
1931
21
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X8C / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年2月24日 / 詳細: Mirrors
放射モノクロメーター: Two crystal monochromator (non-dispersive geometry) with Si(111) crystals
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→40 Å / Num. all: 14403 / Num. obs: 75176 / % possible obs: 92.5 % / 冗長度: 5.2 % / Biso Wilson estimate: 46.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 10.1
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / % possible all: 94.2
反射
*PLUS
最高解像度: 2.6 Å / 最低解像度: 40 Å / % possible obs: 95.9 %
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 94.2 % / Rmerge(I) obs: 0.314 / Mean I/σ(I) obs: 2.8

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解析

ソフトウェア
名称分類
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.6→38.34 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 196804.06 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: CNS_PARAM Files
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.287 1347 10.1 %RANDOM
Rwork0.241 ---
all0.241 14403 --
obs0.241 13324 92.5 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 45.3326 Å2 / ksol: 0.357545 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 54.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.91 Å20 Å20 Å2
2---1.91 Å20 Å2
3---3.81 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.5 Å0.39 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.4 Å0.38 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→38.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2545 0 0 1 2546
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.9
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.78
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it9.531.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it14.772
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it10.392
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it152.5
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.76 Å / Rfactor Rfree error: 0.027 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.405 221 10.7 %
Rwork0.335 1839 -
obs--87.5 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAM
精密化
*PLUS
% reflection Rfree: 10 % / Rfactor obs: 0.24 / Rfactor Rfree: 0.2884 / Rfactor Rwork: 0.24 / 最高解像度: 2.6 Å / 最低解像度: 40 Å
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.25
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg21.9
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.78
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0071
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor obs: 0.335

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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