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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1l7r | ||||||
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タイトル | Tyr44Phe Mutant of Bacterial Cocaine Esterase cocE | ||||||
![]() | cocaine esterase | ||||||
![]() | HYDROLASE / Bacterial cocaine esterase. Mutant of oxyanion hole. Hydrolase. | ||||||
機能・相同性 | ![]() cocaine esterase / cocaine catabolic process / carboxylic ester hydrolase activity / dipeptidyl-peptidase activity / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Turner, J.M. / Larsen, N.A. / Basran, A. / Barbas III, C.F. / Bruce, N.C. / Wilson, I.A. / Lerner, R.A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Biochemical characterization and structural analysis of a highly proficient cocaine esterase. 著者: Turner, J.M. / Larsen, N.A. / Basran, A. / Barbas III, C.F. / Bruce, N.C. / Wilson, I.A. / Lerner, R.A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 134.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 103.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 62167.352 Da / 分子数: 1 / 変異: Y44F / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.44 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 10mM Tris, 25mM NaCl, 1.4-1.6M ammonium sulfate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 296K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: microdialysis / 詳細: Larsen, N.A., (2002) Nature Struct. Biol., 9, 17. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 120 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年2月26日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.08 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.64→30 Å / Num. all: 91569 / Num. obs: 91569 / % possible obs: 97.1 % / Observed criterion σ(F): 1.5 / Observed criterion σ(I): 1.8 / Rmerge(I) obs: 0.048 |
反射 シェル | 解像度: 1.64→1.67 Å / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.448 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 74.4 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 30 Å / 冗長度: 6.3 % |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 74.4 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1JU4 解像度: 1.64→30 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.64→30 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS 最低解像度: 30 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.21 / Rfactor Rwork: 0.19 | ||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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