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- PDB-1l7i: Crystal Structure of the anti-ErbB2 Fab2C4 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1l7i
タイトルCrystal Structure of the anti-ErbB2 Fab2C4
要素(chimera of Fab2C4: "humanized" murine monoclonal antibody) x 2
キーワードIMMUNE SYSTEM / Ig domain / Fab fragment
機能・相同性
機能・相同性情報


immune response / extracellular space
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set ...: / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ig-like domain-containing protein / :
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Vajdos, F.F. / Adams, C.W. / Breece, T.N. / Presta, L.G. / de Vos, A.M. / Sidhu, S.S.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2002
タイトル: Comprehensive functional maps of the antigen-binding site of an anti-ErbB2 antibody obtained with shotgun scanning mutagenesis.
著者: Vajdos, F.F. / Adams, C.W. / Breece, T.N. / Presta, L.G. / de Vos, A.M. / Sidhu, S.S.
履歴
登録2002年3月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年7月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
Remark 999sequence an appropriate sequence database reference was not available at the time of processing. ...sequence an appropriate sequence database reference was not available at the time of processing. Fab2C4 is a "humanized" murine monoclonal antibody, with the following residues corresponding to the human Ig sequence: L1-L23, L35-L49, L57-L88, L98-L214, H1-H25, H36-H49, H66-H68, H70, H72, H74-H94, H102-223. RESIDUES L24-L34, L50-L56, L89-L97, H26-H35, H50-H65, H69, H71, H73, H95-H102 CORRESPOND TO THE ORIGINAL MURINE SEQUENCE.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: chimera of Fab2C4: "humanized" murine monoclonal antibody
H: chimera of Fab2C4: "humanized" murine monoclonal antibody
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,4154
ポリマ－47,2232
非ポリマー1922
水7,062392
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4130 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area19040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.966, 64.249, 79.445
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.44, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細The biological assembly is a heterodimer of heavy and light chains.

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要素

#1: 抗体 chimera of Fab2C4: "humanized" murine monoclonal antibody


分子量: 23548.152 Da / 分子数: 1 / 断片: light chain (residues 1-214) / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The chimera consists of the human Ig and the original murine sequence
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7Z3Y4
#2: 抗体 chimera of Fab2C4: "humanized" murine monoclonal antibody


分子量: 23674.486 Da / 分子数: 1 / 断片: heavy chain (residues 1-216) / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The chimera consists of the human Ig and the original murine sequence
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7Z5W1
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 392 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.71 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 35%-45% saturated (NH4)2SO4, 0.1 M Tris-HCl, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: used microseeding
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
122.5 mg/mlprotein1drop
235-45 %satammonium sulfate1reservoir
30.1 MTris-HCl1reservoirpH8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年10月30日
放射モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→15 Å / Num. all: 36884 / Num. obs: 36884 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.3 % / Biso Wilson estimate: 14.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 5.2
反射 シェル解像度: 1.8→1.9 Å / Rmerge(I) obs: 0.328 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / % possible all: 97.6
反射
*PLUS
最低解像度: 15 Å / Num. measured all: 85734
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 97.6 % / 冗長度: 2.3 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNX2000.1精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→14.39 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 1429863.38 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23 1833 5 %RANDOM
Rwork0.197 ---
all-36884 --
obs-36864 97.4 %-
原子変位パラメータBiso mean: 24 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.76 Å20 Å2-2.36 Å2
2---2.3 Å20 Å2
3----1.46 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.25 Å0.2 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.24 Å0.18 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→14.39 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3323 0 10 392 3725
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d27.4
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.83
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.371.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.142
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.112
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.092.5
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.91 Å / Rfactor Rfree error: 0.021 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.338 271 4.5 %
Rwork0.27 5809 -
obs--96.9 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAMION.TOP
精密化
*PLUS
% reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.23
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg27.4
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.83
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rwork: 0.27

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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