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- PDB-1l6r: Crystal Structure of Thermoplasma acidophilum 0175 (APC0014) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1l6r
タイトルCrystal Structure of Thermoplasma acidophilum 0175 (APC0014)
要素HYPOTHETICAL PROTEIN TA0175
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / Hypothetical protein / putative hydroLase / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / PSI / Protein Structure Initiative
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphoglycolate phosphatase / phosphoglycolate phosphatase activity / magnesium ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Phosphoglycolate phosphatase / Hypothetical Protein Ta0175; Chain: A, domain 2 - #10 / Hypothetical Protein Ta0175; Chain: A, domain 2 / haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD superfamily/HAD-like / HAD superfamily / HAD-like superfamily / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMIC ACID / Phosphoglycolate phosphatase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermoplasma acidophilum (好酸性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Kim, Y. / Joachimiak, A. / Edwards, A.M. / Xu, X. / Pennycooke, M. / Gu, J. / Cheung, F. / Christendat, D. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004
タイトル: Structure- and function-based characterization of a new phosphoglycolate phosphatase from Thermoplasma acidophilum.
著者: Kim, Y. / Yakunin, A.F. / Kuznetsova, E. / Xu, X. / Pennycooke, M. / Gu, J. / Cheung, F. / Proudfoot, M. / Arrowsmith, C.H. / Joachimiak, A. / Edwards, A.M. / Christendat, D.
履歴
登録2002年3月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年1月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42021年10月27日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年2月14日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HYPOTHETICAL PROTEIN TA0175
B: HYPOTHETICAL PROTEIN TA0175
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,4528
ポリマ－51,2062
非ポリマー2466
水12,881715
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
A: HYPOTHETICAL PROTEIN TA0175
ヘテロ分子

B: HYPOTHETICAL PROTEIN TA0175
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,4528
ポリマ－51,2062
非ポリマー2466
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_554-x+1/2,-y+1/2,z-1/21
Buried area3180 Å2
ΔGint-80 kcal/mol
Surface area18340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.240, 99.244, 113.781
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-1216-

HOH

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要素

#1: タンパク質 HYPOTHETICAL PROTEIN TA0175


分子量: 25602.996 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermoplasma acidophilum (好酸性) / 遺伝子: TA0175 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9HLQ2
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 715 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.42 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PEG3350, sodium HEPES, Calcium Chloride, Glycerol, ATP, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
122 %PEG33501reservoir
20.2 M1dropCaCl2
3sodium HEPES1droppH7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.99187 Å
検出器タイプ: SBC-2 / 検出器: CCD / 日付: 2002年2月8日 / 詳細: mirror
放射モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99187 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→38 Å / Num. all: 96123 / Num. obs: 96123 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.7 % / Rmerge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 13.2
反射 シェル解像度: 1.4→1.45 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.425 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / % possible all: 100
反射
*PLUS
最低解像度: 38 Å
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.4 Å / % possible obs: 100 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
d*TREKデータスケーリング
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
CNS精密化
d*TREKデータ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.4→38 Å / Rfactor Rfree error: 0.002 / Isotropic thermal model: Restrained / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.195 9256 9.4 %Random
Rwork0.171 ---
all0.173 92264 --
obs0.173 92264 94 %-
溶媒の処理Bsol: 51.8583 Å2 / ksol: 0.35382 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 18.69 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.65 Å20 Å20 Å2
2--2.76 Å20 Å2
3----5.41 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.15 Å0.13 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.11 Å0.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3574 0 8 715 4297
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.94
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.0251.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.5582
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.7382
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.5792.5
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection Rfree% reflection Rfree (%)Rfactor RworkNum. reflection RworkRfactor Rfree errorNum. reflection obs% reflection obs (%)
1.4-1.460.22810778.90.22898700.0071094790
1.46-1.540.19811450.1980.0061129292.8
1.54-1.640.17811490.1780.0051165795.5
1.64-1.760.17311520.1720.0051184497.2
1.76-1.940.17912180.1780.0051180696.3
1.94-2.220.16211990.1620.0051188897.1
精密化
*PLUS
Rfactor Rwork: 0.173
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg23.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.94

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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