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- PDB-1l6h: Solution Structure of Plant nsLTP2 purified from Rice (oryza Sativa) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1l6h
タイトルSolution Structure of Plant nsLTP2 purified from Rice (oryza Sativa)
要素Non-Specific Lipid Transfer Protein
キーワードLIPID TRANSPORT / nsLTP2 / Plant LTP / lipid transfer
機能・相同性
機能・相同性情報


lipid transport / lipid binding
類似検索 - 分子機能
Probable lipid transfer / Non-specific lipid-transfer protein type 2 / Plant lipid-transfer and hydrophobic proteins / Hydrophobic Seed Protein / Protease inhibitor/seed storage/LTP family / Bifunctional inhibitor/plant lipid transfer protein/seed storage helical domain / Bifunctional inhibitor/plant lipid transfer protein/seed storage helical domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Non-specific lipid-transfer protein 2 / Non-specific lipid-transfer protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Oryza sativa (イネ)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model type detailsminimized average
データ登録者Samuel, D. / Lyu, P.-C.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2002
タイトル: Solution structure of plant nonspecific lipid transfer protein-2 from rice (Oryza sativa).
著者: Samuel, D. / Liu, Y.J. / Cheng, C.S. / Lyu, P.C.
#1: ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2002
タイトル: Purification and characterization of a novel 7-kDa non-specific lipid transfer protein-2 from rice (Oryza sativa)
著者: Liu, Y.-J. / Samuel, D. / Lin, C.-H. / Lyu, P.-C.
履歴
登録2002年3月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02002年10月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.42024年11月13日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Non-Specific Lipid Transfer Protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,0171
ポリマ－7,0171
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / -
代表モデルモデル #1minimized average structure

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要素

#1: タンパク質 Non-Specific Lipid Transfer Protein / LTP2


分子量: 7017.030 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryza sativa (イネ) / 参照: UniProt: P83210, UniProt: Q10ST8*PLUS
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111DQF-COSY
1212D NOESY
131TOCSY

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試料調製

詳細溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料状態pH: 6.4 / 温度: 298 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XwinNMR2.1Brukercollection
XwinNMR2.1Bruker解析
X-PLOR3.8Brugner構造決定
X-PLOR3.8Brugner精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: The structure was based on a total of 862 distance constraints, 813 are NOE-derived distance constrains, 30 diestance restraints from hydrogen bonds, 19 dihedral angle restrains.
代表構造選択基準: minimized average structure
NMRアンサンブル登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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