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- PDB-1l5m: Crystal Structure of CobT complexed with N7-(5'-phosphoribosyl)-2... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1l5m
タイトルCrystal Structure of CobT complexed with N7-(5'-phosphoribosyl)-2-aminopurine and nicotinate
要素Nicotinate-nucleotide--dimethylbenzimidazole phosphoribosyltransferase
キーワードTRANSFERASE / CobT / cobalamin synthetic enzyme / phosphoribosyltransferase / 5 / 6-dimethylbenzimidazole / nicotinate mononucleotide
機能・相同性
機能・相同性情報


nicotinate-nucleotide-dimethylbenzimidazole phosphoribosyltransferase / nicotinate-nucleotide-dimethylbenzimidazole phosphoribosyltransferase activity / cobalamin biosynthetic process / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
5,6-Dimethylbenzimidazole Phosphoribosyltransferase; Chain: A; domain 1 / Nicotinate-nucleotide-dimethylbenzimidazole phosphoribosyltransferase (CobT), small domain / Nicotinate-nucleotide-dimethylbenzimidazole phosphoribosyltransferase, bacterial type / Nicotinate-nucleotide-dimethylbenzimidazole phosphoribosyltransferase, N-terminal / Nicotinate-nucleotide-dimethylbenzimidazole phosphoribosyltransferase (CobT), large domain / Phosphoribosyltransferase / Nicotinate-nucleotide-dimethylbenzimidazole phosphoribosyltransferase / Nicotinate-nucleotide-dimethylbenzimidazole phosphoribosyltransferase-like superfamily / Rossmann fold / Orthogonal Bundle ...5,6-Dimethylbenzimidazole Phosphoribosyltransferase; Chain: A; domain 1 / Nicotinate-nucleotide-dimethylbenzimidazole phosphoribosyltransferase (CobT), small domain / Nicotinate-nucleotide-dimethylbenzimidazole phosphoribosyltransferase, bacterial type / Nicotinate-nucleotide-dimethylbenzimidazole phosphoribosyltransferase, N-terminal / Nicotinate-nucleotide-dimethylbenzimidazole phosphoribosyltransferase (CobT), large domain / Phosphoribosyltransferase / Nicotinate-nucleotide-dimethylbenzimidazole phosphoribosyltransferase / Nicotinate-nucleotide-dimethylbenzimidazole phosphoribosyltransferase-like superfamily / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-7RA / NICOTINIC ACID / Nicotinate-nucleotide--dimethylbenzimidazole phosphoribosyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella enterica (サルモネラ菌)
手法X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 2 Å
データ登録者Cheong, C.-G. / Escalante-Semerena, J. / Rayment, I.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2002
タイトル: Structural studies of the L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase (CobD) enzyme from Salmonella enterica: the apo, substrate, and product-aldimine complexes.
著者: Cheong, C.G. / Escalante-Semerena, J.C. / Rayment, I.
履歴
登録2002年3月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年9月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_sheet / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_sheet.number_strands / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nicotinate-nucleotide--dimethylbenzimidazole phosphoribosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,1463
ポリマ－36,6761
非ポリマー4702
水2,504139
1
A: Nicotinate-nucleotide--dimethylbenzimidazole phosphoribosyltransferase
ヘテロ分子

A: Nicotinate-nucleotide--dimethylbenzimidazole phosphoribosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,2926
ポリマ－73,3512
非ポリマー9414
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
Buried area5880 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area21230 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)71.740, 90.170, 47.730
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Cell settingorthorhombic
Space group name H-MP21212
詳細The biological assembly is a dimer generated from one monomer in asymmetric unit by crystallographic two-fold axis

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要素

#1: タンパク質 Nicotinate-nucleotide--dimethylbenzimidazole phosphoribosyltransferase / E.C.2.4.2.21 / CobT / NN:DBI PRT / N1-alpha-phosphoribosyltransferase / Nicotinate Mononucleotide:5 / 6- ...CobT / NN:DBI PRT / N1-alpha-phosphoribosyltransferase / Nicotinate Mononucleotide:5 / 6-Dimethylbenzimidazole Phosphoribosyltransferase


分子量: 36675.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella enterica (サルモネラ菌)
遺伝子: cobt / プラスミド: pT7-5 / 発現宿主: Salmonella enterica (サルモネラ菌) / 株 (発現宿主): JE2461
参照: UniProt: Q05603, nicotinate-nucleotide-dimethylbenzimidazole phosphoribosyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-7RA / 7-ALPHA-D-RIBOFURANOSYL-2-AMINOPURINE-5'-PHOSPHATE


分子量: 347.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P
#3: 化合物 ChemComp-NIO / NICOTINIC ACID / ニコチン酸


分子量: 123.109 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5NO2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 139 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.52 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: ammonium phosphate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: SIEMENS HI-STAR / 検出器: AREA DETECTOR / 詳細: double focusing mirror
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射最高解像度: 2 Å / Num. all: 19462 / Num. obs: 19462 / % possible obs: 88.7 % / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 8.7
反射 シェル解像度: 2→2.06 Å / 冗長度: 1.6 % / Rmerge(I) obs: 0.173 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 66.8

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解析

ソフトウェア
名称分類
XDSデータ削減
CNS精密化
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: PDB entry 1D0S

1d0s


解像度: 2→500 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.218 942 4.8 %random
Rwork0.168 ---
all-19462 --
obs-19462 --
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→500 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2389 0 32 139 2560
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.37

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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