PDB-1l4v: SOLUTION STRUCTURE OF SAPECIN

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1l4v

タイトル

SOLUTION STRUCTURE OF SAPECIN

要素

Sapecin

キーワード

ANTIBIOTIC / ANTIBACTERIAL PROTEIN / INSECT DEFENSIN

機能・相同性

機能・相同性情報

humoral immune response / defense response to Gram-positive bacterium / innate immune response / extracellular space
類似検索 - 分子機能

生物種

Sarcophaga peregrina (ハエ)

手法

溶液NMR / simulated annealing

データ登録者

Hanzawa, H. / Iwai, H. / Takeuchi, K. / Kuzuhara, T. / Komano, H. / Kohda, D. / Inagaki, F. / Natori, S. / Arata, Y. / Shimada, I.

引用

ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 1990
タイトル: 1H nuclear magnetic resonance study of the solution conformation of an antibacterial protein, sapecin.
著者: Hanzawa, H. / Shimada, I. / Kuzuhara, T. / Komano, H. / Kohda, D. / Inagaki, F. / Natori, S. / Arata, Y.

履歴

登録	2002年3月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2002年3月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月28日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年2月23日	Group: Database references / Derived calculations / Experimental preparation カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_exptl_sample_conditions ...database_2 / pdbx_nmr_exptl_sample_conditions / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_exptl_sample_conditions.pressure_units
改定 1.4	2024年10月30日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1l4v.cif.gz	199.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1l4v.ent.gz	163.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1l4v.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1l4v_validation.pdf.gz	345.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1l4v_full_validation.pdf.gz	464.3 KB	表示
XML形式データ	1l4v_validation.xml.gz	15.2 KB	表示
CIF形式データ	1l4v_validation.cif.gz	24.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l4/1l4v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l4/1l4v	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2h1z-d 1nc8-d 2di2-d 4a24-d 3wny-3 1i25-d 6bl9-d 2rr0-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#199 - 2016年7月モネリン (Monellin) 類似性 (1) #38 - 2003年2月カリウムチャネル (Potassium Channels) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Sapecin

4.09 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	18 / 100	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #12	closest to the average

#1: タンパク質・ペプチド	Sapecin 分子量: 4086.713 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sarcophaga peregrina (ハエ) / 参照: UniProt: P18313
Has protein modification	Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	DQF-COSY
1	2	1	2D NOESY
1	3	1	HOHAHA
1	4	1	PE-COSY

NMR実験の詳細

Text: This structure was determined using standard 2D homonuclear techniques.

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試料調製

詳細	内容: 3mM Sapecin / 溶媒系: CD3OH
試料状態	イオン強度: 0 / pH: 5 / 圧: 1 atm / 温度: 303 K
結晶化	*PLUS 手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: JEOL GSX / 製造業者: JEOL / モデル: GSX / 磁場強度: 500 MHz

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解析

NMR software	名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 開発者: BRUNGER / 分類: 精密化
精密化	手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 詳細: The structures are based on a total of 366 restraints, 338 are NOE-derived distance constraints, 28 dihedral angle restraints,26 distance restraints from hydrogen bonds.
代表構造	選択基準: closest to the average
NMRアンサンブル	コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 18

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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