[日本語] English
万見
- PDB-1l3p: CRYSTAL STRUCTURE OF THE FUNCTIONAL DOMAIN OF THE MAJOR GRASS POL... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1l3p
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE FUNCTIONAL DOMAIN OF THE MAJOR GRASS POLLEN ALLERGEN Phl p 5b
要素POLLEN ALLERGEN Phl p 5b
キーワードALLERGEN / grass pollen allergen / phl p 5b / allergy
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA nuclease activity
類似検索 - 分子機能
Group V grass pollen allergen / Pollen allergen Poa p IX/Phl p VI / Pollen allergen/Uncharacterized protein Os / Ribonuclease (pollen allergen) / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Pollen allergen Phl p 5b
類似検索 - 構成要素
生物種Phleum pratense (オオアワガエリ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.98 Å
データ登録者Rajashankar, K.R. / Bufe, A. / Weber, W. / Eschenburg, S. / Lindner, B. / Betzel, C.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2002
タイトル: Structure of the functional domain of the major grass-pollen allergen Phlp 5b.
著者: Rajashankar, K. / Bufe, A. / Weber, W. / Eschenburg, S. / Lindner, B. / Betzel, C.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1996
タイトル: Crystallization and preliminary diffraction data of a major pollen allergen. Crystal growth separates a low molecular weight form with elevated biological activity
著者: Bufe, A. / Betzel, C. / Schramm, G. / Petersen, A. / Becker, W.M. / Schlaak, M. / Perbandt, M. / Dauter, Z. / Weber, W.
履歴
登録2002年2月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年2月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年2月1日Group: Structure summary
改定 1.42017年2月8日Group: Database references
改定 1.52017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.62024年4月3日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 999SEQUENCE Author states that residue 195 is serine, but both serine and threonine are in dual conformation.

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: POLLEN ALLERGEN Phl p 5b
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,7313
ポリマ－10,6121
非ポリマー1192
水1,74797
1
A: POLLEN ALLERGEN Phl p 5b
ヘテロ分子

A: POLLEN ALLERGEN Phl p 5b
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,4636
ポリマ－21,2242
非ポリマー2394
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y,-z+1/21
Buried area1990 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area9780 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)38.975, 50.355, 107.804
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-255-

HOH

21A-302-

HOH

31A-303-

HOH

詳細The second part of the dimer is generated by the symmetry operation x,-y,-z

-
要素

#1: タンパク質 POLLEN ALLERGEN Phl p 5b / Phl p VB


分子量: 10612.089 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Phleum pratense (オオアワガエリ)
プラスミド: pMalc / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q40963
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 97 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.26 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4
詳細: 1.6M phosphate, 0.5mM MgCl2, pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291.0K
結晶化
*PLUS
温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
16 mg/mlprotein1drop
21.6 Mphosphate1reservoirpH4.0
30.5 mM1reservoirMgCl2
40.1 mMATP1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MPG/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW6 / 波長: 1.2 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年10月2日
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.2 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.98→27 Å / Num. all: 7641 / Num. obs: 7037 / % possible obs: 96.5 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 7.38 % / Biso Wilson estimate: 19.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.041 / Net I/σ(I): 31.21
反射 シェル解像度: 1.98→2.01 Å / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.117 / Mean I/σ(I) obs: 12.23 / Num. unique all: 374 / % possible all: 98.7
反射
*PLUS
Num. obs: 7641 / Num. measured all: 56414
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 92.1 %

-
解析

ソフトウェア
名称分類
MAR345データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
CCP4モデル構築
CNS精密化
CCP4位相決定
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散
開始モデル: HG DERIVATIVE

解像度: 1.98→27 Å / Data cutoff high absF: 10000 / Data cutoff high rms absF: 10000 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / σ(I): 1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.241 350 -RANDOM
Rwork0.193 ---
all0.209 7641 --
obs0.197 7037 92 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.98→27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数738 0 6 97 841
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.3
精密化
*PLUS
最低解像度: 27 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rwork: 0.197
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg21.3

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る