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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1l3m | ||||||||||||||||||
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タイトル | The Solution Structure of [d(CGC)r(amamam)d(TTTGCG)]2 | ||||||||||||||||||
要素 | 5'-D(*キーワード | DNA/RNA / DNA/RNA HYBRID / CHIMERIC DUPLEX / 2'O-methyl / DNA-RNA complex | 機能・相同性 | DNA/RNA hybrid / DNA/RNA hybrid (> 10) | 機能・相同性情報 手法 | 溶液NMR / SA, MD, MATRIX RELAXATION REFINEMENT | データ登録者 | Tsao, Y.P. / Wang, L.Y. / Hsu, S.T. / Jain, M.L. / Chou, S.H. / Huang, W.C. / Cheng, J.W. | 引用 | ジャーナル: J.Biomol.NMR / 年: 2001 | タイトル: The solution structure of [d(CGC)r(amamam)d(TTTGCG)]2. 著者: Tsao, Y.P. / Wang, L.Y. / Hsu, S.T. / Jain, M.L. / Chou, S.H. / Huang, C. / Cheng, J.W. 履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1l3m.cif.gz | 172.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1l3m.ent.gz | 141.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1l3m.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1l3m_validation.pdf.gz | 327.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1l3m_full_validation.pdf.gz | 410.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1l3m_validation.xml.gz | 10.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1l3m_validation.cif.gz | 15 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l3/1l3m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l3/1l3m | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: DNA/RNAハイブリッド | 分子量: 3752.482 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||
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NMR実験 |
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NMR実験の詳細 | Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED FROM 2D NMR SPECTROSCOPY WITH UNLABELED SAMPLE. |
-試料調製
詳細 | 内容: 20 mM sodium phosphate, 200 mM NaCl and 0.05 mM EDTA (pH 7.0) 100% D2O OR 90% H2O:10% D2O 溶媒系: 100% D2O OR 90% H2O:10% D2O |
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試料状態 | pH: 7 / 圧: 1 atm / 温度: 300 K |
結晶化 | *PLUS 手法: other / 詳細: NMR |
-NMR測定
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz |
-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: SA, MD, MATRIX RELAXATION REFINEMENT / ソフトェア番号: 1 詳細: Three-dimensional structures were calculated using 454 NOE distance restraints, 30 hydrogen bond restraints, and 208 backbone, sugar, and glycosidic dihedral angle restraints. | ||||||||||||
代表構造 | 選択基準: the structure with the lowest energy was selected | ||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: THE SUBMITTED CONFORMER MODELS ARE THE 10 STRUCTURES WITH THE LOWEST ENERGY. 計算したコンフォーマーの数: 10 / 登録したコンフォーマーの数: 10 |