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- PDB-1l3e: NMR Structures of the HIF-1alpha CTAD/p300 CH1 Complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1l3e
タイトルNMR Structures of the HIF-1alpha CTAD/p300 CH1 Complex
要素
  • hypoxia inducible factor-1 alpha subunit
  • p300 protein
キーワードTRANSCRIPTION / PROTEIN-PROTEIN COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


epithelial cell differentiation involved in mammary gland alveolus development / neural fold elevation formation / iris morphogenesis / hypoxia-inducible factor-1alpha signaling pathway / positive regulation of chemokine-mediated signaling pathway / elastin metabolic process / regulation of transforming growth factor beta2 production / glandular epithelial cell maturation / : / behavioral defense response ...epithelial cell differentiation involved in mammary gland alveolus development / neural fold elevation formation / iris morphogenesis / hypoxia-inducible factor-1alpha signaling pathway / positive regulation of chemokine-mediated signaling pathway / elastin metabolic process / regulation of transforming growth factor beta2 production / glandular epithelial cell maturation / : / behavioral defense response / negative regulation of protein oligomerization / peptidyl-lysine propionylation / histone lactyltransferase (CoA-dependent) activity / peptidyl-lysine crotonylation / peptidyl-lysine butyrylation / histone butyryltransferase activity / swimming / peptide butyryltransferase activity / regulation of tubulin deacetylation / histone H2B acetyltransferase activity / hemoglobin biosynthetic process / cardiac ventricle morphogenesis / connective tissue replacement involved in inflammatory response wound healing / negative regulation of mesenchymal cell apoptotic process / internal protein amino acid acetylation / peptide 2-hydroxyisobutyryltransferase activity / histone crotonyltransferase activity / thigmotaxis / protein propionyltransferase activity / negative regulation of growth / NOTCH2 intracellular domain regulates transcription / positive regulation of hormone biosynthetic process / intestinal epithelial cell maturation / L-lysine N-acetyltransferase activity, acting on acetyl phosphate as donor / Cellular response to hypoxia / retina vasculature development in camera-type eye / mesenchymal cell apoptotic process / regulation of protein neddylation / negative regulation of bone mineralization / PTK6 Expression / positive regulation of TORC2 signaling / intracellular oxygen homeostasis / collagen metabolic process / B-1 B cell homeostasis / vascular endothelial growth factor production / internal peptidyl-lysine acetylation / histone H4 acetyltransferase activity / cellular response to L-leucine / histone H3 acetyltransferase activity / NFE2L2 regulating ER-stress associated genes / protein N-acetyltransferase activity / acetylation-dependent protein binding / Activation of the TFAP2 (AP-2) family of transcription factors / NFE2L2 regulating inflammation associated genes / NGF-stimulated transcription / dopaminergic neuron differentiation / transcription regulator activator activity / N-terminal peptidyl-lysine acetylation / LRR FLII-interacting protein 1 (LRRFIP1) activates type I IFN production / NFE2L2 regulates pentose phosphate pathway genes / negative regulation of thymocyte apoptotic process / STAT3 nuclear events downstream of ALK signaling / Polo-like kinase mediated events / negative regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / NFE2L2 regulating MDR associated enzymes / lactate metabolic process / positive regulation of cytokine production involved in inflammatory response / host-mediated activation of viral transcription / TGFBR3 expression / regulation of androgen receptor signaling pathway / regulation of mitochondrion organization / negative regulation of TOR signaling / insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / positive regulation of vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / Regulation of gene expression in late stage (branching morphogenesis) pancreatic bud precursor cells / Regulation of FOXO transcriptional activity by acetylation / response to iron ion / RUNX3 regulates NOTCH signaling / neural crest cell migration / NOTCH4 Intracellular Domain Regulates Transcription / Nuclear events mediated by NFE2L2 / face morphogenesis / Regulation of NFE2L2 gene expression / Regulation of gene expression by Hypoxia-inducible Factor / embryonic hemopoiesis / platelet formation / NOTCH3 Intracellular Domain Regulates Transcription / regulation of glycolytic process / motile cilium / TRAF6 mediated IRF7 activation / NFE2L2 regulating tumorigenic genes / NFE2L2 regulating anti-oxidant/detoxification enzymes / megakaryocyte development / DNA-binding transcription repressor activity / protein-lysine-acetyltransferase activity / muscle cell cellular homeostasis / STAT family protein binding / nuclear androgen receptor binding / acyltransferase activity / digestive tract morphogenesis
類似検索 - 分子機能
CREB-binding Protein; Chain A / TAZ domain / Hypoxia-inducible factor-1 alpha / HIF-1 alpha, transactivation domain, C-terminal / HIF-1 alpha C terminal transactivation domain / Hypoxia-inducible factor 1-alpha bHLH domain / Hypoxia-inducible factor, alpha subunit-like / Hypoxia-inducible factor-1 / PAS fold-3 / PAS fold ...CREB-binding Protein; Chain A / TAZ domain / Hypoxia-inducible factor-1 alpha / HIF-1 alpha, transactivation domain, C-terminal / HIF-1 alpha C terminal transactivation domain / Hypoxia-inducible factor 1-alpha bHLH domain / Hypoxia-inducible factor, alpha subunit-like / Hypoxia-inducible factor-1 / PAS fold-3 / PAS fold / Nuclear receptor coactivator, CREB-bp-like, interlocking / Nuclear receptor coactivator, CREB-bp-like, interlocking domain superfamily / Creb binding / Zinc finger, TAZ-type / TAZ domain superfamily / TAZ zinc finger / Zinc finger TAZ-type profile. / TAZ zinc finger, present in p300 and CBP / : / Histone acetyltransferase p300-like, PHD domain / Coactivator CBP, KIX domain / CREB-binding protein/p300, atypical RING domain / CBP/p300-type histone acetyltransferase domain / CBP/p300, atypical RING domain superfamily / KIX domain / CREB-binding protein/p300, atypical RING domain / KIX domain profile. / CBP/p300-type histone acetyltransferase (HAT) domain profile. / Histone acetyltransferase Rtt109/CBP / Histone acetylation protein / Histone acetylation protein / Coactivator CBP, KIX domain superfamily / Zinc finger ZZ-type signature. / Zinc-binding domain, present in Dystrophin, CREB-binding protein. / Zinc finger, ZZ type / Zinc finger, ZZ-type / Zinc finger, ZZ-type superfamily / Zinc finger ZZ-type profile. / PAC motif / Motif C-terminal to PAS motifs (likely to contribute to PAS structural domain) / Nuclear receptor coactivator, interlocking / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / PAS domain superfamily / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / Bromodomain (BrD) profile. / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain-like superfamily / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Histone acetyltransferase p300 / Hypoxia-inducible factor 1-alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / distance geometry, simulated annealing
データ登録者Freedman, S.J. / Sun, Z.J. / Poy, F. / Kung, A.L. / Livingston, D.M. / Wagner, G. / Eck, M.J.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2002
タイトル: Structural basis for recruitment of CBP/p300 by hypoxia-inducible factor-1 alpha.
著者: Freedman, S.J. / Sun, Z.Y. / Poy, F. / Kung, A.L. / Livingston, D.M. / Wagner, G. / Eck, M.J.
履歴
登録2002年2月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年4月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月13日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: hypoxia inducible factor-1 alpha subunit
B: p300 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,1865
ポリマ－15,9892
非ポリマー1963
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)17 / 25structures with the least restraint violations,structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質・ペプチド hypoxia inducible factor-1 alpha subunit


分子量: 4563.988 Da / 分子数: 1 / 断片: C-terminal transactivation domain (CTAD) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: hypoxia inducible factor-1 alpha / プラスミド: pET / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q16665
#2: タンパク質 p300 protein


分子量: 11425.289 Da / 分子数: 1 / 断片: cysteine/histidine-rich 1 domain (CH1) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: p300 / プラスミド: pACYC / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q09472
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1133D 15N-separated NOESY
1242D NOESY
1323D 13C-separated NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11mM CTAD/CH1 complex U-15N,13C; 0.1mM ZnSO4; 1mM DTT90% D2O, 10% H2O
21mM CTAD/CH1 complex U-15N,13C; 0.1mM ZnSO4; 1mM DTT99.9% D2O
31mM CTAD/CH1 complex U-15N; 0.1mM ZnSO4; 1mM DTT90% D2O, 10% H2O
41mM CTAD/CH1 complex; 0.1mM ZnSO4; 1mM DTT99.9% D2O
51mM CTAD/CH1 complex 10% U-13C; 0.1mM ZnSO4; 1mM DTT99.9% D2O
試料状態イオン強度: 100 mM NaCl / pH: 6 / 圧: ambient / 温度: 298 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCEBrukerAVANCE5001
Varian UNITYVarianUNITY5002
Varian INOVAVarianINOVA7503

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XwinNMR2.5Brukercollection
VNMR5.3Variancollection
PROSA3.7Guntert解析
XEASY1.3.13Bartelsデータ解析
DYANA1.4Guntert構造決定
X-PLOR3.1Brunger精密化
精密化手法: distance geometry, simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: the structures are based on a total of 1378 restraints; 1126 are NOE-derived distance restraints (including 1013 intramolecular, 113 intermolecular), 158 dihedral angle restraints, and 94 hydrogen bond restraints
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations,structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 25 / 登録したコンフォーマーの数: 17

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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