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万見
- PDB-1l3d: Low Resolution Crystal Structure of a Viral RNA Pseudoknot -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1l3d
タイトルLow Resolution Crystal Structure of a Viral RNA Pseudoknot
要素RNA pseudoknot
キーワードRNA / Pseudoknot / frameshifting / viral RNA / flexibility
機能・相同性RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.85 Å
データ登録者Egli, M. / Minasov, G. / Su, L. / Rich, A.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2002
タイトル: Metal ions and flexibility in a viral RNA pseudoknot at atomic resolution.
著者: Egli, M. / Minasov, G. / Su, L. / Rich, A.
履歴
登録2002年2月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年3月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA pseudoknot


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,2451
ポリマ－9,2451
非ポリマー00
水25214
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)107.810, 107.810, 107.810
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number199
Space group name H-MI213

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要素

#1: RNA鎖 RNA pseudoknot


分子量: 9245.484 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: RNA SEQUENCE TAKEN FROM BEET WESTERN YELLOW VIRUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 78.22 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: ammonium sulfate, sodium citrate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277.0K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1(NH4)2SO411
2sodium citrate11
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
12.7 mg/mlRNA1drop
21 Mammonium sulfate1drop
333 mMsodium citrate1droppH5.0
42 Mammonium sulfate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL1-5 / 波長: 1.08 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年6月17日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.08 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.85→30 Å / Num. all: 5034 / Num. obs: 5034 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9.2 % / Biso Wilson estimate: 63.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 39.5
反射 シェル解像度: 2.85→2.95 Å / 冗長度: 8.9 % / Rmerge(I) obs: 0.286 / Mean I/σ(I) obs: 9.3 / Num. unique all: 486 / % possible all: 100
反射
*PLUS
% possible obs: 100 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
AMoRE位相決定
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 437D

437d


解像度: 2.85→20 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
立体化学のターゲット値: G. Parkinson et al., Acta Cryst. (1996) D52, 57-64
詳細: Crystallographic conjugate gradient minimization refinement using maximum likelihood target for amplitudes
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.275 514 -RANDOM
Rwork0.271 ---
all-4989 --
obs-4989 99.7 %-
原子変位パラメータBiso mean: 43.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.768 Å20 Å20 Å2
2--1.768 Å20 Å2
3---1.768 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.85→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 677 0 14 691
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1
LS精密化 シェル解像度: 2.85→2.98 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.443 65 -
Rwork0.427 --
obs--99.7 %
精密化
*PLUS
% reflection Rfree: 10 % / Rfactor obs: 0.271
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: c_angle_deg / Dev ideal: 1
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor obs: 0.427

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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