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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1l2x | ||||||
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タイトル | Atomic Resolution Crystal Structure of a Viral RNA Pseudoknot | ||||||
![]() | RNA pseudoknot | ||||||
![]() | RNA / Pseudoknot / frameshifting / atomic resolution / viral RNA / metal ions / flexibility | ||||||
機能・相同性 | : / RNA / RNA (> 10)![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Egli, M. / Minasov, G. / Su, L. / Rich, A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Metal ions and flexibility in a viral RNA pseudoknot at atomic resolution. 著者: Egli, M. / Minasov, G. / Su, L. / Rich, A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 57.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 42.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 395.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 396.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 6.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 9.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 9245.484 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: RNA SEQUENCE TAKEN FROM BEET WESTERN YELLOW VIRUS | ||||||
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#2: 化合物 | ChemComp-MG / #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-K / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.25 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: potassium MOPS, spermidine, magnesium chloride, sec-butanol, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298.0K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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結晶化 | *PLUS 温度: 25 ℃ / 詳細: Su, L., (1999) Nature Struct. Biol., 6, 285. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 1998年11月12日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: Graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.25→25 Å / Num. all: 21462 / Num. obs: 21462 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 29.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 21.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.25→1.29 Å / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.428 / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / Num. unique all: 2048 / % possible all: 98.4 |
反射 | *PLUS |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 437D 解像度: 1.25→20 Å / Isotropic thermal model: Anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 立体化学のターゲット値: G. Parkinson et al., Acta Cryst. (1996) D52, 57-64 詳細: Konnert-Hendrickson conjugate-gradient algorithm used in refinement
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原子変位パラメータ | Biso mean: 23.2 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.25→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.25→1.29 Å
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ソフトウェア | *PLUS 名称: SHELXL / バージョン: 97 / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS % reflection Rfree: 10 % / Rfactor obs: 0.142 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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