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- PDB-1l2k: Neutron Structure Determination of Sperm Whale Met-Myoglobin at 1... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1l2k
タイトルNeutron Structure Determination of Sperm Whale Met-Myoglobin at 1.5A Resolution.
要素MYOGLOBIN
キーワードOXYGEN STORAGE/TRANSPORT / NEUTRON STRUCTURE / HYDROGEN ATOMS / HYDRATION STRUCTURE / HEME PROTEIN / OXYGEN STORAGE-TRANSPORT COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


酸化還元酵素; 他の含窒素化合物が電子供与する / nitrite reductase activity / sarcoplasm / 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ / removal of superoxide radicals / oxygen carrier activity / peroxidase activity / oxygen binding / heme binding / extracellular exosome / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Myoglobin / Globins / Globin domain profile. / Globin-like / Globin / Globin / Globin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DEUTERATED WATER / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / AMMONIUM CATION WITH D / Myoglobin
類似検索 - 構成要素
生物種Physeter catodon (マッコウクジラ)
手法中性子回折 / NUCLEAR REACTOR / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Ostermann, A. / Tanaka, I. / Engler, N. / Niimura, N. / Parak, F.G.
引用
ジャーナル: Biophys.Chem. / 年: 2002
タイトル: Hydrogen and deuterium in myoglobin as seen by a neutron structure determination at 1.5 A resolution.
著者: Ostermann, A. / Tanaka, I. / Engler, N. / Niimura, N. / Parak, F.G.
#1: ジャーナル: CURR.OPIN.STRUCT.BIOL. / 年: 1999
タイトル: Neutrons Expand the Field of Structural Biology
著者: Niimura, N.
履歴
登録2002年2月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年8月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 1.42024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MYOGLOBIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,0665
ポリマ－17,2351
非ポリマー8314
水1,33374
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)64.530, 30.870, 34.870
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.70, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 MYOGLOBIN


分子量: 17234.951 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Physeter catodon (マッコウクジラ) / 組織: muscle / 参照: UniProt: P02185
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-ND4 / AMMONIUM CATION WITH D / (2H4)アンモニウム


分子量: 22.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: N
#4: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#5: 化合物 ChemComp-DOD / water / 重水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 74 / 由来タイプ: 天然 / 式: D2O

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実験情報

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実験

実験手法: 中性子回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 298 K / 手法: batch crystallization / pH: 6.8
詳細: AMMONIUM SULFATE, POTASSIUM PHOSPHATE, pH 6.8, BATCH CRYSTALLIZATION, temperature 298K
結晶化
*PLUS
手法: unknown
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
150 mM11KH2PO4
22.9 Mammonium sulfate11pH6.8

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: NUCLEAR REACTOR / ビームライン: BIX-3 (1G-A BEAM PORT) / タイプ: JRR-3M, GUIDE 1G-A, BIX-3 / 波長: 2.35 Å
検出器タイプ: MACSCIENCE / 検出器: NEUTRON IMAGE PLATE / 日付: 2000年2月5日
放射モノクロメーター: ELASTICALLY BENT SILICON / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 2.35 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→25 Å / Num. obs: 19135 / % possible obs: 87.9 % / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 8.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.103 / Net I/σ(I): 6.3
反射 シェル解像度: 1.5→1.55 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.249 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique all: 1458 / % possible all: 67
反射
*PLUS
最低解像度: 22 Å / Num. measured all: 55899 / Rmerge(I) obs: 0.103
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 67 % / Num. unique obs: 1458 / Num. measured obs: 3041 / Rmerge(I) obs: 0.249

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLORモデル構築
CNS1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化開始モデル: X-RAY STRUCTURE

解像度: 1.5→22.7 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD TARGET USING AMPLITUDES
詳細: X-PLOR 3.851 was also used in refinement. THE STANDARD TOPOLOGY AND PARAMETER FILES WERE CHANGED FOR SEVERAL HYDROGEN ATOM PARAMETERS TO MEET THE REQUIREMENTS OF THE NEUTRON STRUCTURE ...詳細: X-PLOR 3.851 was also used in refinement. THE STANDARD TOPOLOGY AND PARAMETER FILES WERE CHANGED FOR SEVERAL HYDROGEN ATOM PARAMETERS TO MEET THE REQUIREMENTS OF THE NEUTRON STRUCTURE REFINEMENT. THE FOLLOWING NEUTRON-SCATTERING LENGTHS WERE USED FOR THE REFINEMENT: ATOM H = -0.374 10**-12 CM. ATOM D = 0.667 10**-12 CM. ATOM C = 0.665 10**-12 CM. ATOM N = 0.921 10**-12 CM. ATOM O = 0.581 10**-12 CM. ATOM S = 0.285 10**-12 CM. ATOM FE = 0.954 10**-12 CM. DEUTERIUM ATOMS IN AMINO ACID SIDE CHAINS WERE ONLY INCLUDED INTO THE MODEL IF A SIGNIFICANT DENSITY FEATURE WAS PRESENT. OCCUPANCIES FOR THE BACKBONE AMIDE HYDROGEN ATOMS WERE REFINED (H/D EXCHANGE). FOR THE OCCUPANCY REFINEMENT NO CONSTRAINT FOR ADDING UP THE OCCUPANCIES TO 1.0 WAS USED. THE ADDED FRACTIONAL OCCUPANCY AVERAGED OVER ALL BACKBONE AMIDE GROUPS YIELDS A VALUE OF 1.09 WITH AN S.D. OF 0.125. THE VALUES GIVEN IN THIS COORDINATE FILE ARE NORMALIZED. A POSITIONAL REFINEMENT FOR THE BACKBONE AMIDE HYDROGEN ATOMS WITH WEAKENED IN-PLANE RESTRAINTS FOR THE HYDROGEN ATOM WITH RESPECT TO THE AMIDE PLANE SHOWED DEVIATIONS GREATER THAN 10 DEGREE FOR THE FOLLOWING RESIDUES: 12,15, 31,48,51,56,58,80,94,96,97,99,101,103,104,107,144. THE COORDINATES GIVEN IN THIS FILE WERE REFINED WITH NORMAL RESTRAINTS. IN HIS 97 THE HYDROGEN ATOM HE1 WHICH IS BOUND TO THE CARBON ATOM CE1 IS EXCHANGED TO DEUTERIUM. FOR SEVERAL WATER MOLECULES (DOD) ONLY THE O-ATOM AND ONE D-ATOM COULD BE OBSERVED IN THE DENSITY MAP. THE SECOND D-ATOM IS STRONGLY DISORDERED. THESE WATER MOLECULES WERE MODELED AS OD. IT DOES NOT MEAN HYDROXYL-ION. THERE IS NEARLY NO NEUTRON DENSITY FOR RESIDUE 152 AND 153. THOSE RESIDUES WERE NOT INCLUDED INTO THE MODEL.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2381 1308 6.9 %RANDOM
Rwork0.2011 ---
all-19135 --
obs-19063 88.6 %-
溶媒の処理溶媒モデル: flat model / Bsol: 120 Å2 / ksol: 0.0625 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 12.9 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.21 Å0.17 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.25 Å0.2 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→22.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1203 0 54 74 1331
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
NEUTRON DIFFRACTIONc_bond_d0.005
NEUTRON DIFFRACTIONc_bond_d_na
NEUTRON DIFFRACTIONc_bond_d_prot
NEUTRON DIFFRACTIONc_angle_d
NEUTRON DIFFRACTIONc_angle_d_na
NEUTRON DIFFRACTIONc_angle_d_prot
NEUTRON DIFFRACTIONc_angle_deg1
NEUTRON DIFFRACTIONc_angle_deg_na
NEUTRON DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
NEUTRON DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d18.3
NEUTRON DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
NEUTRON DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
NEUTRON DIFFRACTIONc_improper_angle_d5.01
NEUTRON DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
NEUTRON DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
NEUTRON DIFFRACTIONc_mcbond_it1.5
NEUTRON DIFFRACTIONc_mcangle_it2
NEUTRON DIFFRACTIONc_scbond_it2.2
NEUTRON DIFFRACTIONc_scangle_it2.7
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.55 Å / Rfactor Rfree error: 0.03 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3057 111 7.2 %
Rwork0.2825 1431 -
obs-1431 72.9 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
NEUTRON DIFFRACTION1PROTEIN.PARAMPROTEIN-ALLHDG.TOP
NEUTRON DIFFRACTION2PARAM19X.HEMETOPH19X.HEME
NEUTRON DIFFRACTION3PARNEUTRON.SOLTOPNEUTRON.SOL
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.5 Å / 最低解像度: 22 Å / Num. reflection obs: 17824 / Num. reflection Rfree: 1311 / Rfactor Rfree: 0.247 / Rfactor Rwork: 0.214
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg18.3
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg5.01
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.3057 / Rfactor Rwork: 0.2825

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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