+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1l2d | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | MutM (Fpg)-DNA Estranged Guanine Mismatch Recognition Complex | ||||||
![]() |
| ||||||
![]() | HYDROLASE/DNA / DNA Repair / DNA glycosylase / zinc finger / HYDROLASE-DNA COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | ![]() MutM-like, N-terminal / N-terminal domain of MutM-like DNA repair proteins / Helicase, Ruva Protein; domain 3 - #50 / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Alpha-Beta Barrel / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta 類似検索 - ドメイン・相同性 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Fromme, J.C. / Verdine, G.L. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural insights into lesion recognition and repair by the bacterial 8-oxoguanine DNA glycosylase MutM. 著者: Fromme, J.C. / Verdine, G.L. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 83 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 57.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 444.4 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 447.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 14.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 20.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 4988.241 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
---|---|
#2: DNA鎖 | 分子量: 4719.046 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
#3: タンパク質 | 分子量: 30739.510 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: MutM / 発現宿主: ![]() ![]() |
#4: 化合物 | ChemComp-ZN / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.62 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: PEG 8000, magnesium acetate, cacodylate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 7.4 / 手法: 蒸気拡散法 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2002年1月26日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→50 Å / Num. all: 30867 / Num. obs: 30608 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.127 / Net I/σ(I): 14 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.47 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 94 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 50 Å / Num. obs: 30349 / Rmerge(I) obs: 0.127 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 94 % / Rmerge(I) obs: 0.47 |
-
解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1L1T 解像度: 2→50 Å / Data cutoff high rms absF: 10000 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
| |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 35.8 Å2 | |||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
| |||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→50 Å
| |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / Total num. of bins used: 10
| |||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 50 Å / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor obs: 0.217 / Rfactor Rfree: 0.251 / Rfactor Rwork: 0.217 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
| |||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.254 / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor Rwork: 0.212 / Rfactor obs: 0.212 |