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万見
- PDB-1l1d: Crystal structure of the C-terminal methionine sulfoxide reductas... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1l1d
タイトルCrystal structure of the C-terminal methionine sulfoxide reductase domain (MsrB) of N. gonorrhoeae pilB
要素peptide methionine sulfoxide reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / cacodylate complex / cys-arg-asp catalytic triad / met-R(O) reductase / MsrB
機能・相同性
機能・相同性情報


L-methionine-(S)-S-oxide reductase activity / peptide-methionine (R)-S-oxide reductase / peptide-methionine (R)-S-oxide reductase activity / peptide-methionine (S)-S-oxide reductase / peptide-methionine (S)-S-oxide reductase activity / protein modification process / cellular response to oxidative stress / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Peptide methionine sulphoxide reductase MrsB domain / SelR domain / Methionine-R-sulfoxide reductase (MsrB) domain profile. / Peptide methionine sulphoxide reductase MsrA domain / Peptide methionine sulphoxide reductase MsrA superfamily / Peptide methionine sulfoxide reductase / Peptide methionine sulfoxide reductase. / Mss4-like superfamily / Metal Binding Protein, Guanine Nucleotide Exchange Factor; Chain A ...: / Peptide methionine sulphoxide reductase MrsB domain / SelR domain / Methionine-R-sulfoxide reductase (MsrB) domain profile. / Peptide methionine sulphoxide reductase MsrA domain / Peptide methionine sulphoxide reductase MsrA superfamily / Peptide methionine sulfoxide reductase / Peptide methionine sulfoxide reductase. / Mss4-like superfamily / Metal Binding Protein, Guanine Nucleotide Exchange Factor; Chain A / Redoxin / Redoxin / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Beta Complex / Thioredoxin-like superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CACODYLATE ION / Peptide methionine sulfoxide reductase MsrA/MsrB
類似検索 - 構成要素
生物種Neisseria gonorrhoeae (淋菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Lowther, W.T. / Weissbach, H. / Etienne, F. / Brot, N. / Matthews, B.W.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2002
タイトル: The mirrored methionine sulfoxide reductases of Neisseria gonorrhoeae pilB.
著者: Lowther, W.T. / Weissbach, H. / Etienne, F. / Brot, N. / Matthews, B.W.
履歴
登録2002年2月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年5月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: peptide methionine sulfoxide reductase
B: peptide methionine sulfoxide reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,4525
ポリマ－34,0412
非ポリマー4113
水2,234124
1
A: peptide methionine sulfoxide reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,1582
ポリマ－17,0211
非ポリマー1371
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: peptide methionine sulfoxide reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,2953
ポリマ－17,0211
非ポリマー2742
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
B: peptide methionine sulfoxide reductase
ヘテロ分子

B: peptide methionine sulfoxide reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,5896
ポリマ－34,0412
非ポリマー5484
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
Buried area1700 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area14850 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.354, 68.078, 62.777
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 peptide methionine sulfoxide reductase


分子量: 17020.541 Da / 分子数: 2 / 断片: MsrB domain, C-terminal domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Neisseria gonorrhoeae (淋菌) / 遺伝子: pilB / プラスミド: pet28b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P14930, EC: 1.8.4.13, L-methionine (R)-S-oxide reductase
#2: 化合物 ChemComp-CAC / CACODYLATE ION / dimethylarsinate / ジメチルアルシン酸アニオン


分子量: 136.989 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6AsO2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 124 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.8 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: PEG 4000, Tris, cacodylate, glycerol, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
115 mg/mlprotein1drop
220 mMTris1droppH8.5
310 %(v/v)glycerol1drop
40.1 Msodium cacodylate1reservoirpH6.5
530 %(w/v)PEG40001reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 103 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 0.9792, 0.9793, 0.9611
検出器タイプ: ADSC QUANTUM / 検出器: CCD / 日付: 2001年7月21日
放射モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97921
20.97931
30.96111
反射解像度: 1.85→27.2 Å / Num. obs: 22584 / % possible obs: 89.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 27.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 22.3
反射 シェル解像度: 1.85→1.92 Å / Rmerge(I) obs: 0.245 / Mean I/σ(I) obs: 4.6 / % possible all: 89
反射
*PLUS
Num. measured all: 98562 / Rmerge(I) obs: 0.066
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 89.1 % / Rmerge(I) obs: 0.245

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SHARP位相決定
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.85→27.2 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: THE STRUCTURE FACTORS REPRESENT THE OPTIMIZED REFERENCE STRUCTURE FACTORS (FPSHA) AS DETERMINED BY SHARP. THE REFERENCE STRUCTURE FACTOR FOR A GIVEN REFLECTION IS DEFINED AS THE AVERAGE OF ...詳細: THE STRUCTURE FACTORS REPRESENT THE OPTIMIZED REFERENCE STRUCTURE FACTORS (FPSHA) AS DETERMINED BY SHARP. THE REFERENCE STRUCTURE FACTOR FOR A GIVEN REFLECTION IS DEFINED AS THE AVERAGE OF THE STRUCTURE FACTORS FROM A THREE-WAVELENGTH MAD DATASET WHERE THE HEAVY-ATOM STRUCTURE FACTOR HAS BEEN SUBTRACTED.
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.2369 2164 random
Rwork0.2074 --
all-21836 -
obs-21836 -
原子変位パラメータBiso mean: 20.7 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.236 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→27.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2291 0 15 124 2430
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.21
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
精密化
*PLUS
% reflection Rfree: 10 % / Rfactor obs: 0.207 / Rfactor Rfree: 0.237 / Rfactor Rwork: 0.207
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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