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万見
- PDB-1kzu: INTEGRAL MEMBRANE PERIPHERAL LIGHT HARVESTING COMPLEX FROM RHODOP... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1kzu
タイトルINTEGRAL MEMBRANE PERIPHERAL LIGHT HARVESTING COMPLEX FROM RHODOPSEUDOMONAS ACIDOPHILA STRAIN 10050
要素(LIGHT HARVESTING PROTEIN B-800/850) x 2
キーワードLIGHT-HARVESTING PROTEIN / ANTENNA COMPLEX / LH2 COMPLEX / BACTERIOCHLOROPHYLL (バクテリオクロロフィル) / PURPLE BACTERIA (紅色細菌)
機能・相同性
機能・相同性情報


organelle inner membrane / plasma membrane light-harvesting complex / bacteriochlorophyll binding / photosynthesis, light reaction / electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity / metal ion binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Light-harvesting complex / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #250 / Light-harvesting Protein / Antenna complex, beta subunit, conserved site / Antenna complexes beta subunits signature. / Antenna complex, alpha subunit / Antenna complex, beta domain superfamily / Antenna complex, alpha subunit conserved site / Antenna complexes alpha subunits signature. / Light-harvesting protein B beta chain ...Light-harvesting complex / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #250 / Light-harvesting Protein / Antenna complex, beta subunit, conserved site / Antenna complexes beta subunits signature. / Antenna complex, alpha subunit / Antenna complex, beta domain superfamily / Antenna complex, alpha subunit conserved site / Antenna complexes alpha subunits signature. / Light-harvesting protein B beta chain / Antenna complex, alpha/beta subunit / Light-harvesting complex / Antenna complex alpha/beta subunit / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Few Secondary Structures / イレギュラー / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
バクテリオクロロフィル / Rhodopin b-D-glucoside / Light-harvesting protein B-800/850 alpha chain / Light-harvesting protein B-800/850 beta chain
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodoblastus acidophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Cogdell, R.J. / Freer, A.A. / Isaacs, N.W. / Hawthornthwaite-Lawless, A.M. / Mcdermott, G. / Papiz, M.Z. / Prince, S.M.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1997
タイトル: Apoprotein structure in the LH2 complex from Rhodopseudomonas acidophila strain 10050: modular assembly and protein pigment interactions.
著者: Prince, S.M. / Papiz, M.Z. / Freer, A.A. / McDermott, G. / Hawthornthwaite-Lawless, A.M. / Cogdell, R.J. / Isaacs, N.W.
#1: ジャーナル: Photochem.Photobiol. / 年: 1996
タイトル: Structure-Based Calculations on the Optical Spectra of the Lh2 Bacteriochlorophyll-Protein Complex from Rhodopseudomonas Acidophila
著者: Sauer, K. / Cogdell, R.J. / Prince, S.M. / Freer, A. / Isaacs, N.W. / Scheer, H.
#2: ジャーナル: Structure / 年: 1996
タイトル: Pigment-Pigment Interactions and Energy Transfer in the Antenna Complex of the Photosynthetic Bacterium Rhodopseudomonas Acidophila
著者: Freer, A. / Prince, S. / Sauer, K. / Papiz, M. / Hawthornthwaite-Lawless, A. / Mcdermott, G. / Cogdell, R. / Isaacs, N.W.
#3: ジャーナル: Trends Plant Sci. / 年: 1996
タイトル: A Model for the Photosynthetic Apparatus of Purple Bacteria
著者: Papiz, M.Z. / Prince, S.M. / Hawthornthwaite-Lawless, A.M. / Mcdermott, G. / Freer, A. / Isaacs, N.W. / Cogdell, R.J.
#4: ジャーナル: Nature / 年: 1995
タイトル: Crystal Structure of an Integral Membrane Light-Harvesting Complex from Photosynthetic Bacteria
著者: Mcdermott, G. / Prince, S.M. / Freer, A.A. / Hawthornthwaite-Lawless, A.M. / Papiz, M.Z. / Cogdell, R.J. / Isaacs, N.W.
#5: ジャーナル: Curr.Opin.Struct.Biol. / 年: 1995
タイトル: Light-Harvesting Mechanisms in Purple Photosynthetic Bacteria
著者: Isaacs, N.W. / Cogdell, R.J. / Freer, A.A. / Prince, S.M.
履歴
登録1996年8月31日処理サイト: BNL
改定 1.01997年4月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32016年3月30日Group: Non-polymer description
改定 2.02024年6月5日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software / struct_conn / struct_site
Item: _atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI ..._atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _software.name / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LIGHT HARVESTING PROTEIN B-800/850
B: LIGHT HARVESTING PROTEIN B-800/850
D: LIGHT HARVESTING PROTEIN B-800/850
E: LIGHT HARVESTING PROTEIN B-800/850
G: LIGHT HARVESTING PROTEIN B-800/850
H: LIGHT HARVESTING PROTEIN B-800/850
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,23121
ポリマ－30,7386
非ポリマー12,49415
水91951
1
A: LIGHT HARVESTING PROTEIN B-800/850
B: LIGHT HARVESTING PROTEIN B-800/850
D: LIGHT HARVESTING PROTEIN B-800/850
E: LIGHT HARVESTING PROTEIN B-800/850
G: LIGHT HARVESTING PROTEIN B-800/850
H: LIGHT HARVESTING PROTEIN B-800/850
ヘテロ分子

A: LIGHT HARVESTING PROTEIN B-800/850
B: LIGHT HARVESTING PROTEIN B-800/850
D: LIGHT HARVESTING PROTEIN B-800/850
E: LIGHT HARVESTING PROTEIN B-800/850
G: LIGHT HARVESTING PROTEIN B-800/850
H: LIGHT HARVESTING PROTEIN B-800/850
ヘテロ分子

A: LIGHT HARVESTING PROTEIN B-800/850
B: LIGHT HARVESTING PROTEIN B-800/850
D: LIGHT HARVESTING PROTEIN B-800/850
E: LIGHT HARVESTING PROTEIN B-800/850
G: LIGHT HARVESTING PROTEIN B-800/850
H: LIGHT HARVESTING PROTEIN B-800/850
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)129,69463
ポリマ－92,21318
非ポリマー37,48145
水32418
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)120.300, 120.300, 296.200
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrix
1given(0.766044, -0.642788), (0.642788, 0.766044), (1)
2given(0.173648, -0.984808), (0.984808, 0.173648), (1)
詳細THE CELL IS A HEXAGONALLY INDEXED RHOMBOHEDRAL CELL. THE DEPOSITORS PROVIDED ONE-THIRD OF THE ASYMMETRIC UNIT. THE REMAINING TWO-THIRDS WERE GENERATED BY THE PDB USING THE MTRIX TRANSFORMATIONS SO THAT THE ENTRY CONTAINS A COMPLETE ASYMMETRIC UNIT. ASSOCIATION OF CHAIN IDENTIFIERS AND HET ATOMS PROTEIN CHAIN HET AND SOLVENT CHAIN A, B C D, E F G, H I

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要素

#1: タンパク質 LIGHT HARVESTING PROTEIN B-800/850 / LH2


分子量: 5686.733 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rhodoblastus acidophilus (バクテリア) / 株: 10050 / 参照: UniProt: P26789
#2: タンパク質・ペプチド LIGHT HARVESTING PROTEIN B-800/850 / LH2


分子量: 4559.203 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rhodoblastus acidophilus (バクテリア) / 株: 10050 / 参照: UniProt: P26790
#3: 糖
ChemComp-RG1 / Rhodopin b-D-glucoside / (3E)-3,4-didehydro-1',2'-dihydro-psi,psi-caroten-1'-yl beta-D-glucopyranoside


タイプ: D-saccharide / 分子量: 715.013 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C46H66O6
#4: 化合物
ChemComp-BCL / BACTERIOCHLOROPHYLL A / バクテリオクロロフィル


分子量: 911.504 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H74MgN4O6
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 51 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 9

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試料調製

結晶溶媒含有率: 73 %
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / pH: 9.5 / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
10.9 Mphosphate1drop
23 %benzamidine hydrochloride1drop
32.4 Mammonium sulfate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 300 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.6 / 波長: 0.87
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1994年12月1日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.87 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→12 Å / Num. obs: 28574 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 2.3 % / Biso Wilson estimate: 57.77 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 5.9
反射 シェル解像度: 2.5→2.56 Å / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.239 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 100
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 100 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(AGROVATAデータスケーリング
ROTAVATAデータスケーリング
X-PLOR3.1位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.5→12 Å / Rfactor Rfree error: 0.028 / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.252 1307 4.6 %RANDOM
Rwork0.227 ---
obs0.227 28287 98.71 %-
原子変位パラメータBiso mean: 34.52 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.3404 Å2-13.5633 Å20 Å2
2---4.3404 Å20 Å2
3---8.6809 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.4 Å0.45 Å
Luzzati d res low-9.1 Å
Luzzati sigma a-0.4 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2094 0 816 51 2961
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.02
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2.12
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d19.8
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d2.97
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it3.961.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it7.322
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it4.982
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it7.672.5
Refine LS restraints NCSNCS model details: CONSTRAINED
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.61 Å / Rfactor Rfree error: 0.085
Rfactor反射数%反射
Rfree0.387 138 3.89 %
Rwork0.302 3156 -
obs--92.9 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PRO 1KZUTOPHCSDX.PRO 1KZU
X-RAY DIFFRACTION2PARAM_ADDN.LH2 1KZUTOPH_BCHL.LH2 1KZU
X-RAY DIFFRACTION3TOPH_CAR.LH2
X-RAY DIFFRACTION4TOPH_CARC.LH2
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Num. reflection obs: 27855 / Rfactor Rfree: 0.253
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.019
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg19.8
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg2.97
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor obs: 0.302

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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