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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1kzs | ||||||
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タイトル | Structure of Human Immunodeficiency Virus Type 1 Vpr(34-51) Peptide in Aqueous TFE Solution | ||||||
![]() | Vpr PROTEIN | ||||||
![]() | VIRAL PROTEIN / HIV-1 / Vpr / solution structure / TFE | ||||||
機能・相同性 | ![]() symbiont-mediated arrest of host cell cycle during G2/M transition / monoatomic ion transmembrane transport / virion component / protein homooligomerization / viral penetration into host nucleus / host cell / host extracellular space / symbiont entry into host cell / cell cycle / DNA-templated transcription ...symbiont-mediated arrest of host cell cycle during G2/M transition / monoatomic ion transmembrane transport / virion component / protein homooligomerization / viral penetration into host nucleus / host cell / host extracellular space / symbiont entry into host cell / cell cycle / DNA-templated transcription / host cell nucleus / regulation of DNA-templated transcription 類似検索 - 分子機能 | ||||||
手法 | 溶液NMR / simulated annealing | ||||||
![]() | Engler, A. / Stangler, T. / Willbold, D. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of human immunodeficiency virus type 1 Vpr(34-51) peptide in micelle containing aqueous solution. 著者: Engler, A. / Stangler, T. / Willbold, D. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 111.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 88.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 340.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 434.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 8.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 13.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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NMR アンサンブル |
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要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2271.578 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 34-51 / 由来タイプ: 合成 詳細: THIS PEPTIDE WAS Chemically synthesized. IT IS NATURALLY FOUND IN human immunodeficiency virus type 1 (New York-5 isolate) (HIV-1). 参照: UniProt: P12520 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR |
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NMR実験 | タイプ: 2D NOESY |
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試料調製
詳細 | 内容: 2 mM Vpr(34-51); 50 % H2O, 50 % TFE / 溶媒系: 50 % H2O, 50 % TFE |
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試料状態 | イオン強度: 0 / 圧: ambient / 温度: 298 K |
結晶化 | *PLUS 手法: other / 詳細: NMR |
-NMR測定
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M |
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放射波長 | 相対比: 1 |
NMRスペクトロメーター | タイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz |
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解析
NMR software |
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精密化 | 手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 詳細: structures were calculated using floating chirality. | ||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | ||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations, structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 97 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |