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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1kyh
タイトルStructure of Bacillus subtilis YxkO, a Member of the UPF0031 Family and a Putative Kinase
要素Hypothetical 29.9 kDa protein in SIGY-CYDD intergenic region
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / PSI / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG
機能・相同性
機能・相同性情報


metabolite repair / ADP-dependent NAD(P)H-hydrate dehydratase / ADP-dependent NAD(P)H-hydrate dehydratase activity / NAD(P)HX epimerase activity / : / nicotinamide nucleotide metabolic process / ATP binding
類似検索 - 分子機能
YjeF C-terminal domain signature 1. / Carbohydrate kinase, predicted, conserved site / YjeF C-terminal domain signature 2. / ATP/ADP-dependent (S)-NAD(P)H-hydrate dehydratase / Carbohydrate kinase / YjeF C-terminal domain profile. / Ribokinase / Ribokinase-like / UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine:D-glutamate ligase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADP-dependent (S)-NAD(P)H-hydrate dehydratase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Zhang, R. / Dementieva, I. / Vinokour, E. / Collart, F. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2002
タイトル: Structure of Bacillus subtilis YXKO--a member of the UPF0031 family and a putative kinase.
著者: Zhang, R. / Grembecka, J. / Vinokour, E. / Collart, F. / Dementieva, I. / Minor, W. / Joachimiak, A.
履歴
登録2002年2月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年8月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年11月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hypothetical 29.9 kDa protein in SIGY-CYDD intergenic region


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,1861
ポリマ－30,1861
非ポリマー00
水3,765209
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Hypothetical 29.9 kDa protein in SIGY-CYDD intergenic region

A: Hypothetical 29.9 kDa protein in SIGY-CYDD intergenic region

A: Hypothetical 29.9 kDa protein in SIGY-CYDD intergenic region

A: Hypothetical 29.9 kDa protein in SIGY-CYDD intergenic region


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)120,7424
ポリマ－120,7424
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-y,x,z1
crystal symmetry operation4_555y,-x,z1
Buried area9330 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area37890 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)91.900, 91.900, 170.506
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number97
Space group name H-MI422
詳細This protein (APC234) existed as tetramer which is generated by the crystallographic four fold axis

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要素

#1: タンパク質 Hypothetical 29.9 kDa protein in SIGY-CYDD intergenic region


分子量: 30185.551 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: YXKO / プラスミド: MCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-Gold(DE3) / 参照: UniProt: P94368
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 209 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.75 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.15 M MgCl2, 28% PEG400, 0.1 M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
125 mg/mlprotein1drop
228 %PEG4001reservoir
30.1 MHEPES1reservoirpH7.5
40.151reservoirMgCl2

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9795,0.9798,0.94656
検出器タイプ: SBC-2 / 検出器: CCD / 日付: 2001年11月25日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97951
20.97981
30.946561
反射解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 92275 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(F): 4 / Observed criterion σ(I): 4 / 冗長度: 17 % / Biso Wilson estimate: 18.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.146 / Net I/σ(I): 31
反射 シェル解像度: 1.6→1.65 Å / 冗長度: 4.68 % / Rmerge(I) obs: 0.546 / Mean I/σ(I) obs: 2.09 / Num. unique all: 4902 / % possible all: 86
反射
*PLUS
最低解像度: 30 Å / Num. obs: 48555
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 86 % / Num. unique obs: 4216

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解析

ソフトウェア
名称分類
d*TREKデータスケーリング
HKL-2000データ削減
CNS精密化
d*TREKデータ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.6→33.3 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 950056.05 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / 立体化学のターゲット値: CNS library
詳細: hlml refinement target of CNS was used in the refinement. The Friedel pairs were used in phasing and refinement.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.232 3754 4.9 %RANDOM
Rwork0.228 ---
all0.23 92275 --
obs0.229 76312 82.7 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 42.1038 Å2 / ksol: 0.424071 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 22.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.57 Å20 Å20 Å2
2---2.57 Å20 Å2
3---5.14 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.22 Å0.21 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.14 Å0.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→33.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2043 0 0 209 2252
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.8
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it0.591.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.012
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it0.982
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it1.422.5
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.7 Å / Rfactor Rfree error: 0.013 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.267 453 4.9 %
Rwork0.234 8786 -
obs--60.1 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAM
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.6 Å / 最低解像度: 50 Å / Num. reflection obs: 48555
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg22
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.8

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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