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- PDB-1kxi: STRUCTURE OF CYTOTOXIN HOMOLOG PRECURSOR -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1kxi
タイトルSTRUCTURE OF CYTOTOXIN HOMOLOG PRECURSOR
要素CARDIOTOXIN V
キーワードCYTOTOXIN / VENOM / CARDIOTOXIN / MULTIGENE FAMILY
機能・相同性
機能・相同性情報


other organism cell membrane / toxin activity / extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能
Snake cytotoxin, cobra-type / Snake toxin, conserved site / Snake toxins signature. / : / Snake toxin cobra-type / Snake three-finger toxin / CD59 / CD59 / Snake toxin-like superfamily / Ribbon / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Naja atra (タイワンコブラ)
手法X線回折 / 解像度: 2.19 Å
データ登録者Sun, Y.-J. / Wu, W.-G. / Chiang, C.-M. / Hsin, A.-Y. / Hsiao, C.-D.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 1997
タイトル: Crystal structure of cardiotoxin V from Taiwan cobra venom: pH-dependent conformational change and a novel membrane-binding motif identified in the three-finger loops of P-type cardiotoxin.
著者: Sun, Y.J. / Wu, W.G. / Chiang, C.M. / Hsin, A.Y. / Hsiao, C.D.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1994
タイトル: Two Distinct Types of Cardiotoxin as Revealed by the Structure and Activity Relationship of Their Interaction with Zwitterionic Phospholipid Dispersions
著者: Chien, K.Y. / Chiang, C.M. / Hseu, Y.C. / Vyas, A.A. / Rule, G.S. / Wu, W.G.
#2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1991
タイトル: Fusion of Sphingomyelin Vesicles Induced by Proteins from Taiwan Cobra (Naja Naja Atra) Venom. Interactions of Zwitterionic Phospholipids with Cardiotoxin Analogues
著者: Chien, K.Y. / Huang, W.N. / Jean, J.H. / Wu, W.G.
履歴
登録1996年8月29日処理サイト: BNL
改定 1.01997年4月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CARDIOTOXIN V
B: CARDIOTOXIN V


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,0552
ポリマ－14,0552
非ポリマー00
水1,31573
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)43.300, 43.300, 147.800
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 CARDIOTOXIN V / CTX A5


分子量: 7027.456 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Naja atra (タイワンコブラ) / 器官: VENOM GLAND / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P62375
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 73 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 %
結晶化
*PLUS
温度: 18 K / pH: 8.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
110 mg/mlprotein1drop
210 %PEG40001drop
30.15 M1dropLi2SO4
40.1 MTris-HCl1drop
520 %PEG40001reservoir

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データ収集

放射光源波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS II / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年9月25日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射Num. obs: 7280 / % possible obs: 91.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.08
反射
*PLUS
最高解像度: 2.19 Å / Num. measured all: 38418
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 82.2 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
X-PLOR3.1位相決定
精密化解像度: 2.19→8 Å / σ(F): 2 /
Rfactor反射数
Rfree0.305 -
Rwork0.207 -
obs0.207 7013
原子変位パラメータBiso mean: 24.7 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.3 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.19→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数974 0 0 73 1047
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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