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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1kwq | ||||||
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タイトル | HUMAN CARBONIC ANHYDRASE II COMPLEXED WITH INHIBITOR 2000-07 | ||||||
要素 | Carbonic anhydrase II | ||||||
キーワード | LYASE / ZINC / INHIBITOR | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / secretion / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / regulation of chloride transport / arylesterase activity / Reversible hydration of carbon dioxide / angiotensin-activated signaling pathway ...positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / secretion / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / regulation of chloride transport / arylesterase activity / Reversible hydration of carbon dioxide / angiotensin-activated signaling pathway / positive regulation of synaptic transmission, GABAergic / morphogenesis of an epithelium / regulation of intracellular pH / carbonic anhydrase / carbonate dehydratase activity / carbon dioxide transport / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen / neuron cellular homeostasis / one-carbon metabolic process / apical part of cell / myelin sheath / extracellular exosome / zinc ion binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 2.6 Å | ||||||
データ登録者 | Grueneberg, S. / Stubbs, M.T. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2002 タイトル: Successful virtual screening for novel inhibitors of human carbonic anhydrase: strategy and experimental confirmation. 著者: Gruneberg, S. / Stubbs, M.T. / Klebe, G. #1: ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2001 タイトル: Subnanomolar Inhibitors from Computer Screening: A Model Study Using Human Carbonic Anhydrase II 著者: Grueneberg, S. / Wendt, B. / Klebe, G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1kwq.cif.gz | 67.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1kwq.ent.gz | 48.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1kwq.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1kwq_validation.pdf.gz | 759.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1kwq_full_validation.pdf.gz | 761.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1kwq_validation.xml.gz | 13.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1kwq_validation.cif.gz | 17.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kw/1kwq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kw/1kwq | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 29289.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P00918, carbonic anhydrase |
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#2: 化合物 | ChemComp-ZN / |
#3: 化合物 | ChemComp-HG / |
#4: 化合物 | ChemComp-SG1 / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.33 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 279 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: tris, nacl, Ammonium sulfate, MeHgAc, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 279K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 6 ℃ / pH: 8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 277 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.54218 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年2月15日 / 詳細: Yale mirrors |
放射 | モノクロメーター: yale mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54218 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→100 Å / Num. obs: 8012 / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 31.88 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.099 / Net I/σ(I): 6.2 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.4 Å / 最低解像度: 10 Å / % possible obs: 81.3 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2.6→29 Å / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: engh and huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→29 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.4 Å / 最低解像度: 10 Å / Rfactor Rfree: 0.283 / Rfactor Rwork: 0.193 | ||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |