PDB-1kwi: Crystal Structure Analysis of the Cathelicidin Motif of Protegrins

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1kwi

タイトル

Crystal Structure Analysis of the Cathelicidin Motif of Protegrins

要素

Protegrin-3 Precursor

キーワード

ANTIMICROBIAL PROTEIN / protegrin / cathelicidin motif / disulfide / MAD / selenocystine

機能・相同性

機能・相同性情報

lipopolysaccharide binding / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to Gram-positive bacterium / innate immune response / extracellular space
類似検索 - 分子機能

生物種

Sus scrofa (ブタ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.19 Å

データ登録者

Sanchez, J.F. / Hoh, F. / Strub, M.P. / Aumelas, A. / Dumas, C.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2002
タイトル: Structure of the cathelicidin motif of protegrin-3 precursor: structural insights into the activation mechanism of an antimicrobial protein.
著者: Sanchez, J.F. / Hoh, F. / Strub, M.P. / Aumelas, A. / Dumas, C.

履歴

登録	2002年1月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2002年10月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月27日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2024年11月20日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1kwi.cif.gz	29.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1kwi.ent.gz	19.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1kwi.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1kwi_validation.pdf.gz	426 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1kwi_full_validation.pdf.gz	427.3 KB	表示
XML形式データ	1kwi_validation.xml.gz	6.6 KB	表示
CIF形式データ	1kwi_validation.cif.gz	8.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kw/1kwi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kw/1kwi	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1lxeC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1aba-d 2yps-2 1u9m-5 3rd2-d 2e8d-d 6x6o-2 6f4i-4 1b2z-2 3k2y-3 6l44-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#162 - 2013年6月ダームシジン (Dermcidin) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Protegrin-3 Precursor

11.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	51.360, 51.360, 133.677
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22

#1: タンパク質	Protegrin-3 Precursor 分子量: 11322.741 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 30-130 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sus scrofa (ブタ) / 遺伝子: pg3 / プラスミド: pET15B / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P32196
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 73 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 40 %

結晶化

温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 3.8
詳細: ammonium sulfate, sodium acetate, pH 3.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

結晶化

*PLUS

温度: 18 ℃ / PH range low: 3.7 / PH range high: 3.5

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	詳細
1	10 mg/ml	protein	1	drop
2	0.1 M	sodium citrate	1	reservoir	pH3.5-3.7
3	1.5 M	ammonium sulfate	1	reservoir

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	ESRF	BM14	1	0.9791, 0.9793, 0.9717
シンクロトロン	ESRF	BM30A	2	0.9881

検出器

タイプ	ID	検出器	日付	詳細
MARRESEARCH	1	CCD	2001年9月16日	mirrors
MARRESEARCH	2	CCD	2001年3月29日	mirrors

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	mirrors	MAD	M	x-ray	1
2	mirrors	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.9791	1
2	0.9793	1
3	0.9717	1
4	0.9881	1

反射

解像度: 2.19→24 Å / Num. all: 5386 / Num. obs: 5360 / % possible obs: 91.1 % / Observed criterion σ(F): 1 / 冗長度: 7.6 % / B_iso Wilson estimate: 31.9 Å² / R_merge(I) obs: 0.045 / R_sym value: 0.045 / Net I/σ(I): 12.2

反射シェル

解像度: 2.19→2.29 Å / % possible all: 94.3

反射

*PLUS

最高解像度: 2.19 Å / Num. obs: 9865 / % possible obs: 93.1 % / Num. measured all: 99989 / R_merge(I) obs: 0.057

反射シェル

*PLUS

% possible obs: 90 % / R_merge(I) obs: 0.38 / Mean I/σ(I) obs: 2.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SOLVE		位相決定
RESOLVE		モデル構築
CNS	1	精密化
RESOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.19→23.97 Å / R_factor R_free error: 0.012 / Data cutoff high absF: 1501596 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.291	568	10.6 %	RANDOM
R_work	0.229	-	-	-
all	0.248	5360	-	-
obs	0.229	5360	91.1 %	-

溶媒の処理

溶媒モデル: FLAT MODEL / B_sol: 85.8159 Å² / k_sol: 0.415484 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 37.8 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.09 Å²	2.65 Å²	0 Å²
2-	-	2.09 Å²	0 Å²
3-	-	-	-4.18 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.41 Å	0.27 Å
Luzzati d res low	-	5 Å
Luzzati sigma a	0.28 Å	0.16 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.19→23.97 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	668	0	0	73	741

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.012
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.6
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d	24.3
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d	1.04
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	c_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	c_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	c_scangle_it

LS精密化シェル

解像度: 2.19→2.33 Å / R_factor R_free error: 0.031 / Total num. of bins used: 6

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.313	99	11.1 %
R_work	0.231	790	-
obs	-	-	93.8 %

Xplor file

Refine-ID	Serial no	Param file	Topol file
X-RAY DIFFRACTION	1	PROTEIN_REP.PARAM	PROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION	2	WATER_REP.PARAM	WATER.TOP

精密化

*PLUS

最低解像度: 23.97 Å / % reflection R_free: 10.5 %

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.64
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_deg	24.3
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_deg	1.04

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