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- PDB-1kup: Solution Structure of the Membrane Proximal Regions of alpha-IIb ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1kup
タイトルSolution Structure of the Membrane Proximal Regions of alpha-IIb and beta-3 Integrins
要素
  • integrin alpha-IIb
  • integrin beta-3
キーワードCELL ADHESION / coiled-coil
機能・相同性
機能・相同性情報


tube development / regulation of serotonin uptake / positive regulation of adenylate cyclase-inhibiting opioid receptor signaling pathway / alpha9-beta1 integrin-ADAM8 complex / regulation of trophoblast cell migration / integrin alphaIIb-beta3 complex / regulation of postsynaptic neurotransmitter receptor diffusion trapping / alphav-beta3 integrin-vitronectin complex / regulation of extracellular matrix organization / platelet alpha granule membrane ...tube development / regulation of serotonin uptake / positive regulation of adenylate cyclase-inhibiting opioid receptor signaling pathway / alpha9-beta1 integrin-ADAM8 complex / regulation of trophoblast cell migration / integrin alphaIIb-beta3 complex / regulation of postsynaptic neurotransmitter receptor diffusion trapping / alphav-beta3 integrin-vitronectin complex / regulation of extracellular matrix organization / platelet alpha granule membrane / positive regulation of glomerular mesangial cell proliferation / negative regulation of lipoprotein metabolic process / integrin alphav-beta3 complex / negative regulation of low-density lipoprotein receptor activity / fibrinogen binding / alphav-beta3 integrin-PKCalpha complex / maintenance of postsynaptic specialization structure / alphav-beta3 integrin-HMGB1 complex / blood coagulation, fibrin clot formation / mesodermal cell differentiation / vascular endothelial growth factor receptor 2 binding / negative regulation of lipid transport / glycinergic synapse / angiogenesis involved in wound healing / Elastic fibre formation / regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / alphav-beta3 integrin-IGF-1-IGF1R complex / cell-substrate junction assembly / platelet-derived growth factor receptor binding / filopodium membrane / extracellular matrix binding / positive regulation of vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / positive regulation of fibroblast migration / regulation of postsynaptic neurotransmitter receptor internalization / apolipoprotein A-I-mediated signaling pathway / regulation of bone resorption / apoptotic cell clearance / positive regulation of cell adhesion mediated by integrin / wound healing, spreading of epidermal cells / heterotypic cell-cell adhesion / integrin complex / positive regulation of leukocyte migration / Molecules associated with elastic fibres / smooth muscle cell migration / cell adhesion mediated by integrin / positive regulation of cell-matrix adhesion / microvillus membrane / negative chemotaxis / Syndecan interactions / cellular response to insulin-like growth factor stimulus / activation of protein kinase activity / p130Cas linkage to MAPK signaling for integrins / cell-substrate adhesion / protein disulfide isomerase activity / positive regulation of smooth muscle cell migration / positive regulation of osteoblast proliferation / cellular response to platelet-derived growth factor stimulus / TGF-beta receptor signaling activates SMADs / PECAM1 interactions / GRB2:SOS provides linkage to MAPK signaling for Integrins / lamellipodium membrane / platelet-derived growth factor receptor signaling pathway / fibronectin binding / negative regulation of macrophage derived foam cell differentiation / negative regulation of lipid storage / ECM proteoglycans / positive regulation of bone resorption / positive regulation of T cell migration / Integrin cell surface interactions / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / coreceptor activity / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / cell adhesion molecule binding / positive regulation of endothelial cell proliferation / embryo implantation / Integrin signaling / positive regulation of endothelial cell migration / cell-matrix adhesion / substrate adhesion-dependent cell spreading / Signal transduction by L1 / integrin-mediated signaling pathway / response to activity / regulation of actin cytoskeleton organization / protein kinase C binding / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / wound healing / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / MAP2K and MAPK activation / platelet activation / platelet aggregation / VEGFA-VEGFR2 Pathway / cell-cell adhesion / ruffle membrane / cellular response to mechanical stimulus / positive regulation of angiogenesis / Signaling by RAF1 mutants / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants
類似検索 - 分子機能
Integrin beta, epidermal growth factor-like domain 1 / Integrin beta epidermal growth factor like domain 1 / Integrin beta subunit, cytoplasmic domain / Integrin beta cytoplasmic domain / Integrin_b_cyt / : / Integrin alpha Ig-like domain 3 / Integrin beta tail domain / Integrin beta subunit, tail / Integrin beta tail domain superfamily ...Integrin beta, epidermal growth factor-like domain 1 / Integrin beta epidermal growth factor like domain 1 / Integrin beta subunit, cytoplasmic domain / Integrin beta cytoplasmic domain / Integrin_b_cyt / : / Integrin alpha Ig-like domain 3 / Integrin beta tail domain / Integrin beta subunit, tail / Integrin beta tail domain superfamily / Integrin_B_tail / Integrin beta subunit, VWA domain / Integrin beta subunit / Integrin beta N-terminal / Integrin beta chain VWA domain / Integrin plexin domain / Integrins beta chain cysteine-rich domain signature. / Integrin beta subunits (N-terminal portion of extracellular region) / Integrin alpha cytoplasmic region / EGF-like domain, extracellular / EGF-like domain / Integrin alpha-2 / Integrin alpha Ig-like domain 1 / Integrin alpha chain / Integrin alpha beta-propellor / Integrin alpha chain, C-terminal cytoplasmic region, conserved site / : / Integrin alpha Ig-like domain 2 / Integrins alpha chain signature. / FG-GAP repeat profile. / Integrin alpha (beta-propellor repeats). / FG-GAP repeat / FG-GAP repeat / Integrin domain superfamily / Integrin alpha, N-terminal / PSI domain / domain found in Plexins, Semaphorins and Integrins / von Willebrand factor A-like domain superfamily / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain signature 1.
類似検索 - ドメイン・相同性
Integrin beta-3 / Integrin alpha-IIb
類似検索 - 構成要素
手法溶液NMR / simulated annealing, molecular dynamics, matrix relaxation, torsion angle dynamics
データ登録者Weljie, A.M. / Hwang, P.M. / Vogel, H.J.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2002
タイトル: Solution structures of the cytoplasmic tail complex from platelet integrin alpha IIb- and beta 3-subunits.
著者: Weljie, A.M. / Hwang, P.M. / Vogel, H.J.
履歴
登録2002年1月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年5月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: integrin alpha-IIb
B: integrin beta-3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,6112
ポリマ－4,6112
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with acceptable covalent geometry,structures with the least restraint violations,structures with the lowest energy
代表モデル

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要素

#1: タンパク質・ペプチド integrin alpha-IIb


分子量: 1472.801 Da / 分子数: 1 / 断片: Membrane proximal region / 由来タイプ: 合成
詳細: This protein was Custom synthesized. It is naturally found in Homo sapiens (human).
参照: UniProt: P08514
#2: タンパク質・ペプチド integrin beta-3


分子量: 3138.619 Da / 分子数: 1 / 断片: Membrane proximal region / 由来タイプ: 合成
詳細: This protein was Custom synthesized. It is naturally found in Homo sapiens (human).
参照: UniProt: P05106

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D NOESY
1222D NOESY
NMR実験の詳細Text: This structure was determined using standard 2D homonuclear techniques.

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
12 mM aIIb/b3 peptides; pH 5.2 (unbuffered), 90% H2O 10% D2O90% H2O/10% D2O
22 mM aIIb/b3 peptides; pH 5.2 (unbuffered), 100% D2O100% D2O
試料状態pH: 5.2 / 圧: ambient / 温度: 298 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX5001
Varian INOVAVarianINOVA8002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XwinNMR2.6Brukercollection
NMRPipeVersion 1.8 Rev 2000.243.12.42Bax, A et al.解析
CNS1.1Brunger, A.T. et al.精密化
ARIA1.1Nilges, M. et al.精密化
NMRView5.03Johnson, B.A. et al.データ解析
精密化手法: simulated annealing, molecular dynamics, matrix relaxation, torsion angle dynamics
ソフトェア番号: 1
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with acceptable covalent geometry,structures with the least restraint violations,structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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