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万見
- PDB-1ku9: X-ray Structure of a Methanococcus jannaschii DNA-Binding Protein... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ku9
タイトルX-ray Structure of a Methanococcus jannaschii DNA-Binding Protein: Implications for Antibiotic Resistance in Staphylococcus aureus
要素hypothetical protein MJ223仮説
キーワードDNA BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質) / putative transcription factor (転写因子) / homodimeric winged-helix fold / STRUCTURAL GENOMICS (構造ゲノミクス) / PSI / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-binding transcription factor activity / DNA binding
類似検索 - 分子機能
DNA-binding protein, MJ1563 type / Helix hairpin bin / Bacterial regulatory protein, arsR family / ArsR-type HTH domain profile. / HTH ArsR-type DNA-binding domain / ArsR-like helix-turn-helix domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Helix Hairpins / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily ...DNA-binding protein, MJ1563 type / Helix hairpin bin / Bacterial regulatory protein, arsR family / ArsR-type HTH domain profile. / HTH ArsR-type DNA-binding domain / ArsR-like helix-turn-helix domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Helix Hairpins / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Putative HTH-type transcriptional regulator MJ1563
類似検索 - 構成要素
生物種Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Ray, S.S. / Bonanno, J.B. / Chen, H. / de Lencastre, H. / Wu, S. / Tomasz, A. / Burley, S.K. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2002
タイトル: X-ray structure of an M. jannaschii DNA-binding protein: implications for antibiotic resistance in S. aureus
著者: Ray, S.S. / Bonanno, J.B. / Chen, H. / de Lencastre, H. / Wu, S. / Tomasz, A. / Burley, S.K.
履歴
登録2002年1月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年12月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.name / _software.version
改定 1.42021年2月3日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: hypothetical protein MJ223
B: hypothetical protein MJ223


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,7512
ポリマ－35,7512
非ポリマー00
水1,54986
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4550 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area17200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.939, 56.939, 209.515
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65
詳細asymmetric unit represents the putative biological assembly

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要素

#1: タンパク質 hypothetical protein MJ223 / 仮説 / HYPOTHETICAL PROTEIN MJ1563


分子量: 17875.258 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: NYSGRC target T088
由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
遺伝子: Mj223 / Plasmid details: variation on pET18B / プラスミド: pSKB2 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q58958
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 86 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.15 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 10% dioxane, 30% PEG 8000, TRIS pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
10.1 MTris1reservoirpH8.0
230 %PEG80001reservoir
310 %dioxane1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12C / 波長: 0.9793, 0.9790, 0.9686
検出器タイプ: BRANDEIS - B1 / 検出器: CCD / 日付: 2001年1月19日
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97931
20.9791
30.96861
反射解像度: 2.8→30 Å / Num. all: 9501 / Num. obs: 9454 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.7 % / Biso Wilson estimate: 66 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Rsym value: 0.048 / Net I/σ(I): 38.3
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.208 / Mean I/σ(I) obs: 7.7 / Num. unique all: 941 / Rsym value: 0.208 / % possible all: 99.4
反射
*PLUS
最低解像度: 30 Å / Num. obs: 9469 / % possible obs: 99.7 % / Num. measured all: 137127
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.6 % / Rmerge(I) obs: 0.211 / Mean I/σ(I) obs: 6.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MARMADデータ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SnB位相決定
MLPHARE位相決定
直接法モデル構築
CNS1精密化
MARMADデータ削減
直接法位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.8→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: Data were twinned and appeared to have P6(5)22 symmetry. Refined as space group P6(5) with twinning fraction of 0.485.
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.28 849 random
Rwork0.241 --
all0.245 9426 -
obs0.245 9257 -
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.299 Å2-9.42 Å20 Å2
2--0.299 Å20 Å2
3----0.599 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2452 0 0 86 2538
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.47
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.15
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.83
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.02
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3
精密化
*PLUS
最低解像度: 28.5 Å / Num. reflection obs: 11373 / Num. reflection Rfree: 1056 / % reflection Rfree: 9 % / Rfactor Rfree: 0.293 / Rfactor Rwork: 0.262
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.38

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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