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- PDB-1ktg: Crystal Structure of a C. elegans Ap4A Hydrolase Binary Complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ktg
タイトルCrystal Structure of a C. elegans Ap4A Hydrolase Binary Complex
要素Diadenosine Tetraphosphate Hydrolase
キーワードHYDROLASE / Nudix / AMP / Magnesium cluster
機能・相同性
機能・相同性情報


5-phosphoribosyl 1-pyrophosphate pyrophosphatase activity / diadenosine tetraphosphate catabolic process / Detoxification of Reactive Oxygen Species / AMP biosynthetic process / bis(5'-nucleosyl)-tetraphosphatase (asymmetrical) activity / ADP biosynthetic process / ribose phosphate metabolic process / ATP biosynthetic process / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / apoptotic process / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Bis(5'-nucleosyl)-tetraphosphatase / : / NUDIX hydrolase, conserved site / Nudix box signature. / Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase / Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase / NUDIX domain / Nudix hydrolase domain profile. / NUDIX hydrolase domain / NUDIX hydrolase-like domain superfamily ...Bis(5'-nucleosyl)-tetraphosphatase / : / NUDIX hydrolase, conserved site / Nudix box signature. / Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase / Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase / NUDIX domain / Nudix hydrolase domain profile. / NUDIX hydrolase domain / NUDIX hydrolase-like domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE MONOPHOSPHATE / HYDROXIDE ION / PHOSPHATE ION / Bis(5'-nucleosyl)-tetraphosphatase [asymmetrical]
類似検索 - 構成要素
生物種Caenorhabditis elegans (センチュウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Bailey, S. / Sedelnikova, S.E. / Blackburn, G.M. / Abdelghany, H.M. / Baker, P.J. / McLennan, A.G. / Rafferty, J.B.
引用
ジャーナル: Structure / 年: 2002
タイトル: The crystal structure of diadenosine tetraphosphate hydrolase from Caenorhabditis elegans in free and binary complex forms
著者: Bailey, S. / Sedelnikova, S.E. / Blackburn, G.M. / Abdelghany, H.M. / Baker, P.J. / McLennan, A.G. / Rafferty, J.B.
#1: ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystallization of a Complex of Caenorhabditis elegans Diadenosine Tertaphosphate Hydrolase and a Non-Hydrolysable Substrate-Analogue, AppCH2ppA
著者: Bailey, S. / Sedelnikova, S.E. / Blackburn, G.M. / Abdelghany, A.G. / McLennan, A.G. / Rafferty, J.B.
履歴
登録2002年1月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年5月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Diadenosine Tetraphosphate Hydrolase
B: Diadenosine Tetraphosphate Hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,61616
ポリマ－31,8262
非ポリマー79014
水5,477304
1
A: Diadenosine Tetraphosphate Hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,4949
ポリマ－15,9131
非ポリマー5818
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Diadenosine Tetraphosphate Hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,1227
ポリマ－15,9131
非ポリマー2096
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)57.563, 36.758, 68.941
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 114.16, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Diadenosine Tetraphosphate Hydrolase


分子量: 15913.135 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ)
遺伝子: Y37H9A.6 / プラスミド: pET15b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q9U2M7, bis(5'-nucleosyl)-tetraphosphatase (asymmetrical)

-
非ポリマー , 5種, 318分子

#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物 ChemComp-OH / HYDROXIDE ION / ヒドロキシド


分子量: 17.007 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: HO
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP


分子量: 347.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / コメント: AMP*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 304 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.15 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: PEG 4000, Magnesium chloride, Tris-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 43 %
結晶化
*PLUS
pH: 5.6 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
132 %(w/v)PEG40001reservoir
20.2 Mammonium acetate1reservoir
3100 mMsodium citrate1reservoirpH5.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.6 / 波長: 0.87 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年8月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.87 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→20 Å / Num. all: 62050 / Num. obs: 24019 / % possible obs: 96.5 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 1.8→1.84 Å / % possible all: 96.4
反射
*PLUS
最低解像度: 20 Å / % possible obs: 97 % / Num. measured all: 62050 / Rmerge(I) obs: 0.097
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.8 Å / % possible obs: 96.5 % / Rmerge(I) obs: 0.339 / Mean I/σ(I) obs: 3.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
REFMAC5精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1KT9

1kt9


解像度: 1.8→19 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / SU B: 3.983 / SU ML: 0.127 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.151 / ESU R Free: 0.135 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22289 1217 5.1 %RANDOM
Rwork0.18796 ---
obs0.18977 22793 --
all-24010 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 7.117 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.25 Å20 Å2-0.06 Å2
2--0.3 Å20 Å2
3----0.09 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→19 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2099 0 44 304 2447
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0212191
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021882
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2611.9452990
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.65634379
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.3013266
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.39615357
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0720.2322
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022430
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02423
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2230.3460
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1970.31761
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1580.5244
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.020.51
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1450.39
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1740.337
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1990.523
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4111.51343
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.71522130
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.2483848
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.8834.5860
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.846 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.288 79
Rwork0.194 1647
精密化 TLS

T33: 0.0016 Å2 / 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.9645-0.32410.16551.233-0.51260.9829-0.02430.00190.00960.0730.0176-0.0533-0.01230.0350.00670.0240.0011-0.00080.0181-0.000820.76310.267115.2202
21.6669-0.18340.08111.42760.15130.7328-0.0157-0.0885-0.01640.106-0.00220.0890.0315-0.05880.01780.0179-0.00490.00470.0161-0.003650.06767.150113.8821
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA2 - 1382 - 138
2X-RAY DIFFRACTION2BB4 - 1364 - 136
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 18 Å / Rfactor obs: 0.189 / Rfactor Rfree: 0.222 / Rfactor Rwork: 0.189
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_deg1.4
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.288 / Rfactor Rwork: 0.194 / Rfactor obs: 0.194

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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