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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1kt9 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of C. elegans Ap4A Hydrolase | ||||||
要素 | Diadenosine Tetraphosphate Hydrolase | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / Nudix | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 5-phosphoribosyl 1-pyrophosphate pyrophosphatase activity / diadenosine tetraphosphate catabolic process / Detoxification of Reactive Oxygen Species / AMP biosynthetic process / bis(5'-nucleosyl)-tetraphosphatase (asymmetrical) activity / ADP biosynthetic process / ribose phosphate metabolic process / ATP biosynthetic process / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / apoptotic process / ATP binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Caenorhabditis elegans (センチュウ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.98 Å | ||||||
データ登録者 | Bailey, S. / Sedelnikova, S.E. / Blackburn, G.M. / Abdelghany, H.M. / Baker, P.J. / McLennan, A.G. / Rafferty, J.B. | ||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2002 タイトル: The crystal structure of diadenosine tetraphosphate hydrolase from Caenorhabditis elegans in free and binary complex forms 著者: Bailey, S. / Sedelnikova, S.E. / Blackburn, G.M. / Abdelghany, H.M. / Baker, P.J. / McLennan, A.G. / Rafferty, J.B. #1: ジャーナル: BIOCHIM.BIOPHYS.ACTA / 年: 2001 タイトル: Cloning, characterisation and crystallisation of a diadenosine 5',5"'-P(1),P(4)-tetraphosphate pyrophosphohydrolase from Caenorhabditis elegans. 著者: Abdelghany, H.M. / Gasmi, L. / Cartwright, J.L. / Bailey, S. / Rafferty, J.B. / McLennan, A.G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1kt9.cif.gz | 40 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1kt9.ent.gz | 27.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1kt9.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kt/1kt9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kt/1kt9 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15913.135 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ) 遺伝子: Y37H9A.6 / プラスミド: pET15b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q9U2M7, bis(5'-nucleosyl)-tetraphosphatase (asymmetrical) |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.97 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: PEG 4000, ammonium acetate, sodium citrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.6 / 波長: 0.87 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年7月11日 |
放射 | プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.87 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.98→18 Å / Num. all: 53439 / Num. obs: 9864 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 0 |
反射 シェル | 解像度: 1.98→2.05 Å / % possible all: 97.9 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 18 Å / % possible obs: 97.9 % / Num. measured all: 53439 / Rmerge(I) obs: 0.063 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 99.8 % / Rmerge(I) obs: 0.238 / Mean I/σ(I) obs: 9.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.98→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 5.165 / SU ML: 0.149 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.192 / ESU R Free: 0.15 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 14.727 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.98→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.98→2.031 Å / Total num. of bins used: 20 /
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 18.7636 Å / Origin y: 14.3648 Å / Origin z: 8.2546 Å
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 18 Å / Rfactor obs: 0.201 / Rfactor Rfree: 0.218 / Rfactor Rwork: 0.201 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.276 / Rfactor Rwork: 0.203 |