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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ksx | ||||||
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タイトル | Crystal Structures of Two Intermediates in the Assembly of the Papillomavirus Replication Initiation Complex | ||||||
要素 |
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キーワード | REPLICATION/DNA / PAPILLOMAVIRUS / DNA-BINDING DOMAIN / REPLICATION / INITIATOR PROTEIN / HELICASE / REPLICATION-DNA COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 DNA helicase activity / DNA replication / DNA helicase / host cell nucleus / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bovine papillomavirus (パピローマウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å | ||||||
データ登録者 | Enemark, E.J. / Stenlund, A. / Joshua-Tor, L. | ||||||
引用 | ジャーナル: EMBO J. / 年: 2002 タイトル: Crystal structures of two intermediates in the assembly of the papillomavirus replication initiation complex. 著者: Enemark, E.J. / Stenlund, A. / Joshua-Tor, L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1ksx.cif.gz | 256.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1ksx.ent.gz | 206.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1ksx.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1ksx_validation.pdf.gz | 427.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1ksx_full_validation.pdf.gz | 485.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1ksx_validation.xml.gz | 31.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1ksx_validation.cif.gz | 42.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ks/1ksx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ks/1ksx | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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詳細 | E1 multimerization occurs upon binding to the adjacent sites of the target DNA sequence. |
-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 6444.222 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 #2: タンパク質 | 分子量: 16877.770 Da / 分子数: 8 / Fragment: DNA-binding domain / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Bovine papillomavirus (パピローマウイルス) プラスミド: PET11CGST / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P03116 #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.05 % | ||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: Ca(CF3COO)2, DTT, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K | ||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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結晶化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X26C / 波長: 1.1 |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年11月4日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: Silicon / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.2→50 Å / Num. all: 35201 / Num. obs: 35038 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.195 / Net I/σ(I): 9.14 |
反射 シェル | 解像度: 3.2→3.31 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.584 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 3474 / % possible all: 99.3 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 50 Å / Num. measured all: 125960 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 99.3 % / Num. unique obs: 3474 / Num. measured obs: 12242 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1F08 解像度: 3.2→42.62 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 130431.95 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber 詳細: THE NUMBER OF NON-HYDROGEN ATOMS USED IN REFINEMENT IS LESS THAN SPECIFIED IN REMARK 3. THE VALUES LISTED IN REMARK 3 ARE 4-FOLD GREATER (REFLECTING THE 4-FOLD STRICT NCS). 2328 PROTEIN ...詳細: THE NUMBER OF NON-HYDROGEN ATOMS USED IN REFINEMENT IS LESS THAN SPECIFIED IN REMARK 3. THE VALUES LISTED IN REMARK 3 ARE 4-FOLD GREATER (REFLECTING THE 4-FOLD STRICT NCS). 2328 PROTEIN ATOMS, 428 NUCLEIC ACID ATOMS, AND 5 SOLVENT ATOMS WERE USED IN REFINEMENT.
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 23.0378 Å2 / ksol: 0.240909 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 59.5 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.2→42.62 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3.2→3.4 Å / Rfactor Rfree error: 0.028 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 3.2 Å / 最低解像度: 50 Å / Rfactor obs: 0.2634 / Rfactor Rfree: 0.2844 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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