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- PDB-1ksx: Crystal Structures of Two Intermediates in the Assembly of the Pa... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ksx
タイトルCrystal Structures of Two Intermediates in the Assembly of the Papillomavirus Replication Initiation Complex
要素
  • E1 Recognition Sequence
  • REPLICATION PROTEIN E1
キーワードREPLICATION/DNA / PAPILLOMAVIRUS / DNA-BINDING DOMAIN / REPLICATION / INITIATOR PROTEIN / HELICASE / REPLICATION-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA 3'-5' helicase / DNA helicase activity / DNA replication / host cell nucleus / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Replication Protein E1; Chain: A, - #10 / DNA helicase E1, C-terminal, Papillomavirus / DNA helicase E1, N-terminal, Papillomavirus / Replication protein E1, papillomavirus / DNA helicase E1, DNA-binding domain, papillomavirus / DNA helicase E1, DNA-binding domain superfamily, papillomavirus / Papillomavirus helicase / E1 Protein, N terminal domain / Papillomavirus E1, DNA-binding domain / Replication Protein E1; Chain: A, ...Replication Protein E1; Chain: A, - #10 / DNA helicase E1, C-terminal, Papillomavirus / DNA helicase E1, N-terminal, Papillomavirus / Replication protein E1, papillomavirus / DNA helicase E1, DNA-binding domain, papillomavirus / DNA helicase E1, DNA-binding domain superfamily, papillomavirus / Papillomavirus helicase / E1 Protein, N terminal domain / Papillomavirus E1, DNA-binding domain / Replication Protein E1; Chain: A, / Zinc finger, large T-antigen D1 domain superfamily / Helicase, superfamily 3, DNA virus / Superfamily 3 helicase of DNA viruses domain profile. / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Replication protein E1
類似検索 - 構成要素
生物種Bovine papillomavirus (パピローマウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Enemark, E.J. / Stenlund, A. / Joshua-Tor, L.
引用ジャーナル: EMBO J. / 年: 2002
タイトル: Crystal structures of two intermediates in the assembly of the papillomavirus replication initiation complex.
著者: Enemark, E.J. / Stenlund, A. / Joshua-Tor, L.
履歴
登録2002年1月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年3月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月16日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: E1 Recognition Sequence
G: E1 Recognition Sequence
K: E1 Recognition Sequence
O: E1 Recognition Sequence
A: REPLICATION PROTEIN E1
B: REPLICATION PROTEIN E1
E: REPLICATION PROTEIN E1
F: REPLICATION PROTEIN E1
I: REPLICATION PROTEIN E1
J: REPLICATION PROTEIN E1
M: REPLICATION PROTEIN E1
N: REPLICATION PROTEIN E1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)160,79912
ポリマ－160,79912
非ポリマー00
水36020
1
C: E1 Recognition Sequence
G: E1 Recognition Sequence
A: REPLICATION PROTEIN E1
B: REPLICATION PROTEIN E1
E: REPLICATION PROTEIN E1
F: REPLICATION PROTEIN E1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,4006
ポリマ－80,4006
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
K: E1 Recognition Sequence
O: E1 Recognition Sequence
I: REPLICATION PROTEIN E1
J: REPLICATION PROTEIN E1
M: REPLICATION PROTEIN E1
N: REPLICATION PROTEIN E1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,4006
ポリマ－80,4006
非ポリマー00
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)84.246, 103.650, 124.996
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.53, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細E1 multimerization occurs upon binding to the adjacent sites of the target DNA sequence.

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要素

#1: DNA鎖
E1 Recognition Sequence


分子量: 6444.222 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
#2: タンパク質
REPLICATION PROTEIN E1


分子量: 16877.770 Da / 分子数: 8 / Fragment: DNA-binding domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bovine papillomavirus (パピローマウイルス)
プラスミド: PET11CGST / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P03116
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.05 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Ca(CF3COO)2, DTT, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1Ca(CF3COO)211
2DTT11
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
120 mM1reservoirMgSO4
22.5 mMspermine tetrahydrochloride1reservoir
35 %ethylene glycol1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X26C / 波長: 1.1
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年11月4日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Silicon / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→50 Å / Num. all: 35201 / Num. obs: 35038 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.195 / Net I/σ(I): 9.14
反射 シェル解像度: 3.2→3.31 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.584 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 3474 / % possible all: 99.3
反射
*PLUS
最低解像度: 50 Å / Num. measured all: 125960
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.3 % / Num. unique obs: 3474 / Num. measured obs: 12242

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
CNS1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1F08

1f08


解像度: 3.2→42.62 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 130431.95 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: THE NUMBER OF NON-HYDROGEN ATOMS USED IN REFINEMENT IS LESS THAN SPECIFIED IN REMARK 3. THE VALUES LISTED IN REMARK 3 ARE 4-FOLD GREATER (REFLECTING THE 4-FOLD STRICT NCS). 2328 PROTEIN ...詳細: THE NUMBER OF NON-HYDROGEN ATOMS USED IN REFINEMENT IS LESS THAN SPECIFIED IN REMARK 3. THE VALUES LISTED IN REMARK 3 ARE 4-FOLD GREATER (REFLECTING THE 4-FOLD STRICT NCS). 2328 PROTEIN ATOMS, 428 NUCLEIC ACID ATOMS, AND 5 SOLVENT ATOMS WERE USED IN REFINEMENT.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.285 1612 5.1 %RANDOM
Rwork0.263 ---
all-35201 --
obs-31865 90.5 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 23.0378 Å2 / ksol: 0.240909 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 59.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-31.6 Å20 Å212.57 Å2
2---16.2 Å20 Å2
3----15.4 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.53 Å0.47 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a1 Å0.72 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→42.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9312 1712 0 20 11044
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.7
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.91
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it10.221.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it15.212
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it17.42
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it24.342.5
LS精密化 シェル解像度: 3.2→3.4 Å / Rfactor Rfree error: 0.028 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.429 237 5.1 %
Rwork0.382 4449 -
obs--80.4 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2DNA-RNA_REP.PARAMDNA-RNA.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION4ION.PARAMION.TOP
精密化
*PLUS
最高解像度: 3.2 Å / 最低解像度: 50 Å / Rfactor obs: 0.2634 / Rfactor Rfree: 0.2844
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg21.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.91

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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