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- PDB-1ksu: Crystal Structure of His505Tyr Mutant Flavocytochrome c3 from She... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ksu
タイトルCrystal Structure of His505Tyr Mutant Flavocytochrome c3 from Shewanella frigidimarina
要素flavocytochrome c
キーワードOXIDOREDUCTASE / flavocytochrome c3 / fumarate reductase / H505Y
機能・相同性
機能・相同性情報


fumarate reductase (cytochrome) / fumarate reductase (quinol) / : / anaerobic electron transport chain / anaerobic respiration / steroid metabolic process / FMN binding / outer membrane-bounded periplasmic space / periplasmic space / electron transfer activity ...fumarate reductase (cytochrome) / fumarate reductase (quinol) / : / anaerobic electron transport chain / anaerobic respiration / steroid metabolic process / FMN binding / outer membrane-bounded periplasmic space / periplasmic space / electron transfer activity / oxidoreductase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Tetrahaem cytochrome domain / Cytochrome c3 / Flavocytochrome c / : / Flavocytochrome C3; Chain A / Flavocytochrome C3; Chain A, domain 2 / Flavocytochrome C3; Chain A, domain 1 / Succinate dehydrogenase/fumarate reductase flavoprotein, catalytic domain / Succinate dehydrogenase/fumarate reductase flavoprotein, catalytic domain superfamily / FAD-dependent oxidoreductase 2, FAD binding domain ...Tetrahaem cytochrome domain / Cytochrome c3 / Flavocytochrome c / : / Flavocytochrome C3; Chain A / Flavocytochrome C3; Chain A, domain 2 / Flavocytochrome C3; Chain A, domain 1 / Succinate dehydrogenase/fumarate reductase flavoprotein, catalytic domain / Succinate dehydrogenase/fumarate reductase flavoprotein, catalytic domain superfamily / FAD-dependent oxidoreductase 2, FAD binding domain / FAD binding domain / Multiheme cytochrome c family profile. / Multiheme cytochrome superfamily / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / Zinc finger C2H2-type / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FUMARIC ACID / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Fumarate reductase (cytochrome) / Fumarate reductase flavoprotein subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Shewanella frigidimarina (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Pankhurst, K.L. / Mowat, C.G. / Miles, C.S. / Leys, D. / Walkinshaw, M.D. / Reid, G.A. / Chapman, S.K.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2002
タイトル: Role of His505 in the soluble fumarate reductase from Shewanella frigidimarina.
著者: Pankhurst, K.L. / Mowat, C.G. / Miles, C.S. / Leys, D. / Walkinshaw, M.D. / Reid, G.A. / Chapman, S.K.
履歴
登録2002年1月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年8月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / diffrn_source ...database_2 / diffrn_source / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年8月16日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: flavocytochrome c
B: flavocytochrome c
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)128,08616
ポリマ－121,3052
非ポリマー6,78114
水33,6341867
1
A: flavocytochrome c
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,0438
ポリマ－60,6521
非ポリマー3,3917
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: flavocytochrome c
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,0438
ポリマ－60,6521
非ポリマー3,3917
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)76.989, 87.274, 89.366
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.43, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 flavocytochrome c / FLAVOCYTOCHROME C3 / FUMARATE REDUCTASE FLAVOPROTEIN SUBUNIT


分子量: 60652.273 Da / 分子数: 2 / 変異: H505Y / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Shewanella frigidimarina (バクテリア)
遺伝子: fcc / プラスミド: pMMB503EH / 発現宿主: Shewanella frigidimarina (バクテリア) / 株 (発現宿主): EG301
参照: UniProt: Q02469, UniProt: P0C278*PLUS, succinate dehydrogenase

-
非ポリマー , 5種, 1881分子

#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#4: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#5: 化合物 ChemComp-FUM / FUMARIC ACID / 2-ブテン二酸


分子量: 116.072 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H4O4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1867 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.67 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PEG8000, TrisHCl, NaCl, sodium fumarate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 8.5
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
1100 mMTris-HCl1reservoirpH7.4-8.2
280 mM1reservoirNaCl
316-19 %PEG80001reservoir
410 mMfumarate1reservoir
56 mg/mlprotein1drop
610 mMTris-HCl1droppH8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7B / 波長: 0.8459 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年9月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8459 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→20 Å / Num. all: 536347 / Num. obs: 77608 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 16 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 11.3
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / Rmerge(I) obs: 0.223 / Mean I/σ(I) obs: 3.32 / Num. unique all: 7631 / % possible all: 97.9
反射
*PLUS
Num. measured all: 536347 / Rmerge(I) obs: 0.072
反射 シェル
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.223

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解析

ソフトウェア
名称分類
AMoRE位相決定
REFMAC精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1QJD

1qjd


解像度: 2→15 Å / SU B: 3.9701 / SU ML: 0.11326 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / ESU R: 0.19912 / ESU R Free: 0.18659 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2386 3852 5 %random
Rwork0.167 ---
all0.167 76776 --
obs-72924 --
原子変位パラメータBiso mean: 16 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8418 0 468 1867 10753
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d2.2
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.012
LS精密化 シェル解像度: 2→2.091 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.221 484
Rwork0.154 -
obs-8938
精密化
*PLUS
最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 20 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor all: 0.167 / Rfactor Rfree: 0.2386 / Rfactor Rwork: 0.167
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg2.4
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.221 / Rfactor Rwork: 0.154

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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