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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ksu | |||||||||
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タイトル | Crystal Structure of His505Tyr Mutant Flavocytochrome c3 from Shewanella frigidimarina | |||||||||
![]() | flavocytochrome c | |||||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / flavocytochrome c3 / fumarate reductase / H505Y | |||||||||
機能・相同性 | ![]() fumarate reductase (cytochrome) / fumarate reductase (quinol) / : / anaerobic electron transport chain / anaerobic respiration / steroid metabolic process / FMN binding / outer membrane-bounded periplasmic space / periplasmic space / electron transfer activity ...fumarate reductase (cytochrome) / fumarate reductase (quinol) / : / anaerobic electron transport chain / anaerobic respiration / steroid metabolic process / FMN binding / outer membrane-bounded periplasmic space / periplasmic space / electron transfer activity / oxidoreductase activity / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Pankhurst, K.L. / Mowat, C.G. / Miles, C.S. / Leys, D. / Walkinshaw, M.D. / Reid, G.A. / Chapman, S.K. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Role of His505 in the soluble fumarate reductase from Shewanella frigidimarina. 著者: Pankhurst, K.L. / Mowat, C.G. / Miles, C.S. / Leys, D. / Walkinshaw, M.D. / Reid, G.A. / Chapman, S.K. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 283.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 220.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 60652.273 Da / 分子数: 2 / 変異: H505Y / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: fcc / プラスミド: pMMB503EH / 発現宿主: ![]() 参照: UniProt: Q02469, UniProt: P0C278*PLUS, succinate dehydrogenase |
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-非ポリマー , 5種, 1881分子 ![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/HEM.gif)
![](data/chem/img/FAD.gif)
![](data/chem/img/FUM.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/HEM.gif)
![](data/chem/img/FAD.gif)
![](data/chem/img/FUM.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-HEM / #4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.67 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: PEG8000, TrisHCl, NaCl, sodium fumarate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / pH: 8.5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年9月7日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.8459 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→20 Å / Num. all: 536347 / Num. obs: 77608 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 16 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 11.3 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / Rmerge(I) obs: 0.223 / Mean I/σ(I) obs: 3.32 / Num. unique all: 7631 / % possible all: 97.9 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 536347 / Rmerge(I) obs: 0.072 |
反射 シェル | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.223 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1QJD 解像度: 2→15 Å / SU B: 3.9701 / SU ML: 0.11326 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / ESU R: 0.19912 / ESU R Free: 0.18659 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ | Biso mean: 16 Å2 | |||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→15 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.091 Å /
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 20 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor all: 0.167 / Rfactor Rfree: 0.2386 / Rfactor Rwork: 0.167 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.221 / Rfactor Rwork: 0.154 |