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- PDB-1ksf: Crystal Structure of ClpA, an HSP100 chaperone and regulator of C... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ksf
タイトルCrystal Structure of ClpA, an HSP100 chaperone and regulator of ClpAP protease: Structural basis of differences in Function of the Two AAA+ ATPase domains
要素ATP-DEPENDENT CLP PROTEASE ATP-BINDING SUBUNIT CLPA
キーワードHYDROLASE / LIGAND BINDING PROTEIN / ClpA / AAA+ / ATPases / ATP-dependent protease / Chaperones
機能・相同性
機能・相同性情報


endopeptidase Clp complex / ATP-dependent peptidase activity / protein quality control for misfolded or incompletely synthesized proteins / protein unfolding / cellular response to heat / response to oxidative stress / ATP hydrolysis activity / proteolysis / ATP binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpA / Double Clp-N motif / Clp, N-terminal domain / ClpA/B, conserved site 2 / Chaperonins clpA/B signature 2. / ClpA/B, conserved site 1 / Chaperonins clpA/B signature 1. / ClpA/ClpB, AAA lid domain / AAA lid domain / Clp amino terminal domain, pathogenicity island component ...ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpA / Double Clp-N motif / Clp, N-terminal domain / ClpA/B, conserved site 2 / Chaperonins clpA/B signature 2. / ClpA/B, conserved site 1 / Chaperonins clpA/B signature 1. / ClpA/ClpB, AAA lid domain / AAA lid domain / Clp amino terminal domain, pathogenicity island component / Clp, repeat (R) domain / Clp repeat (R) domain profile. / : / Clp, N-terminal domain superfamily / ClpA/B family / Clp ATPase, C-terminal / AAA domain (Cdc48 subfamily) / C-terminal, D2-small domain, of ClpB protein / C-terminal, D2-small domain, of ClpB protein / Helicase, Ruva Protein; domain 3 - #60 / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / ATPase family associated with various cellular activities (AAA) / ATPase, AAA-type, core / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ISOPROPYL ALCOHOL / METHIONINE / TRIETHYLENE GLYCOL / ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpA
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Guo, F. / Maurizi, M.R. / Esser, L. / Xia, D.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2002
タイトル: Crystal structure of ClpA, an HSP100 chaperone and regulator of ClpAP protease
著者: Guo, F. / Maurizi, M.R. / Esser, L. / Xia, D.
履歴
登録2002年1月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年9月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月27日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
X: ATP-DEPENDENT CLP PROTEASE ATP-BINDING SUBUNIT CLPA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,95713
ポリマ－84,3041
非ポリマー1,65312
水4,360242
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)124.107, 124.107, 97.042
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Cell settinghexagonal
Space group name H-MP65

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 X

#1: タンパク質 ATP-DEPENDENT CLP PROTEASE ATP-BINDING SUBUNIT CLPA / endopeptidase Clp ATP-binding / ATP-binding component of serine protease


分子量: 84303.812 Da / 分子数: 1 / 変異: M169I / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ABH9

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非ポリマー , 6種, 254分子

#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-MET / METHIONINE / メチオニン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 149.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H11NO2S
#4: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#5: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 化合物
ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル


分子量: 60.095 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O / コメント: alkaloid*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 242 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.92 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: iso-propanol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 294K
結晶化
*PLUS
温度: 21 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
150 %satammonium sulfate1drop
212 mg/mlprotein1drop
30.1 MHEPES1droppH7.5
410 %glycerol1drop
58 mMATPgammaS1dropor ADP
640 mM1dropMgCl2
70.1 MHEPES1reservoirpH7.5
80.5 M1reservoirKCl
95 %glycerol1reservoir
108 %isopropanol1reservoir
110.01 %sodium azide1reservoir

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンNSLS X9B11
シンクロトロンAPS 5ID-B21
検出器
タイプID検出器
ADSC QUANTUM 41CCD
MARRESEARCH2CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→20 Å / Num. obs: 22312 / % possible obs: 100 %
反射 シェル最高解像度: 2.6 Å / Rmerge(I) obs: 0.493 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CCP4モデル構築
REFMAC5精密化
CCP4位相決定
精密化解像度: 2.6→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.30422 1396 5.9 %RANDOM
Rwork0.21554 ---
obs0.22075 22312 100 %-
原子変位パラメータBiso mean: 49.65 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.15 Å2-0.58 Å20 Å2
2---1.15 Å20 Å2
3---1.73 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5583 0 84 262 5929
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.01905762
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3791.97773
X-RAY DIFFRACTIONr_planar_d
X-RAY DIFFRACTIONr_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.6823556
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.9465720
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.6042206
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it8.7882053
X-RAY DIFFRACTIONr_plane_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_singtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONr_multtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONr_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONr_planar_tor
X-RAY DIFFRACTIONr_staggered_tor
X-RAY DIFFRACTIONr_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONr_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONr_special_tor
LS精密化 シェル最高解像度: 2.6 Å / Rfactor Rfree: 0.297 / Rfactor Rwork: 0.208 / Total num. of bins used: 20
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.6 Å / 最低解像度: 20 Å / Rfactor Rfree: 0.304 / Rfactor Rwork: 0.238
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_d0.016
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_deg1.98
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.3 / Rfactor Rwork: 0.21

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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