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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ks3 | ||||||
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タイトル | METHIONINE CORE MUTANT OF T4 LYSOZYME | ||||||
![]() | LYSOZYME | ||||||
![]() | HYDROLASE / hydrolase (o-glycosyl) / T4 lysozyme / methionine core mutant / protein engineering / protein folding | ||||||
機能・相同性 | ![]() viral release from host cell by cytolysis / peptidoglycan catabolic process / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / host cell cytoplasm / defense response to bacterium 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Gassner, N.C. / Baase, W.A. / Mooers, B.H. / Busam, R.D. / Weaver, L.H. / Lindstrom, J.D. / Quillin, M.L. / Matthews, B.W. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Multiple methionine substitutions are tolerated in T4 lysozyme and have coupled effects on folding and stability 著者: Gassner, N.C. / Baase, W.A. / Mooers, B.H. / Busam, R.D. / Weaver, L.H. / Lindstrom, J.D. / Quillin, M.L. / Matthews, B.W. #1: ![]() タイトル: METHIONINE AND ALANINE SUBSTITUTIONS SHOW THAT THE FORMATION OF WILD-TYPE-LIKE STRUCTURE IN THE CARBOXY-TERMINAL DOMAIN OF T4 LYSOZYME IS A RATE-LIMITING STEP IN FOLDING 著者: Gassner, N.C. / Baase, W.A. / Lindstrom, J.D. / Lu, J. / Dahlquist, F.W. / Matthews, B.W. #2: ![]() タイトル: STRUCTURE OF BACTERIOPHAGE T4 LYSOZYME REFINED AT 1.7 A RESOLUTION 著者: Weaver, L.H. / Matthews, B.W. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 47.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 33.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 424.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 431.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 10.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 14.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18437.180 Da / 分子数: 1 / 変異: C54T,C97A,L118M,L121M / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 属: T4-like viruses / 生物種: Enterobacteria phage T4 sensu lato / 遺伝子: gene E / プラスミド: phs1403 / 発現宿主: ![]() ![]() | ||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-HED / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.56 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.9 詳細: Na2PO4, NaCl, pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1995年4月27日 |
放射 | モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.16→30 Å / Num. all: 16868 / Num. obs: 16868 / % possible obs: 0.9054 % / 冗長度: 2.796 % / Biso Wilson estimate: 26.317 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 7.511 |
反射 シェル | 解像度: 1.8427→1.929 Å / 冗長度: 1.6504 % / Rmerge(I) obs: 0.2694 / Num. unique all: 2360 / % possible all: 65.23 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.16→30 Å
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