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- PDB-1krj: Engineering Calcium-binding site into Cytochrome c Peroxidase (CcP) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1krj
タイトルEngineering Calcium-binding site into Cytochrome c Peroxidase (CcP)
要素Cytochrome c Peroxidase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Cation-binding loop / Calcium selectivity / Trp191 cationic-radical / open/closed conformer / bidentate bond / pentagonal bipyrimidal geometry / lignin peroxidase
機能・相同性
機能・相同性情報


cytochrome-c peroxidase / cytochrome-c peroxidase activity / response to reactive oxygen species / hydrogen peroxide catabolic process / peroxidase activity / mitochondrial intermembrane space / cellular response to oxidative stress / mitochondrial matrix / heme binding / mitochondrion / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Class I peroxidase / Heme-binding peroxidase Ccp1-like / Peroxidase; domain 2 / Peroxidase, domain 2 / Peroxidase; domain 1 - #10 / Peroxidases heam-ligand binding site / Peroxidase, active site / Peroxidases active site signature. / Plant heme peroxidase family profile. / Haem peroxidase ...Class I peroxidase / Heme-binding peroxidase Ccp1-like / Peroxidase; domain 2 / Peroxidase, domain 2 / Peroxidase; domain 1 - #10 / Peroxidases heam-ligand binding site / Peroxidase, active site / Peroxidases active site signature. / Plant heme peroxidase family profile. / Haem peroxidase / Peroxidase / Peroxidase; domain 1 / Peroxidases proximal heme-ligand signature. / Haem peroxidase superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / : / Cytochrome c peroxidase, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Bonagura, C.A. / Bhaskar, B. / Sundaramoorthy, M. / Poulos, T.L.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1999
タイトル: Conversion of an engineered potassium-binding site into a calcium-selective site in cytochrome c peroxidase.
著者: Bonagura, C.A. / Bhaskar, B. / Sundaramoorthy, M. / Poulos, T.L.
履歴
登録2002年1月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年1月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42021年10月27日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年2月14日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
改定 1.62024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
Remark 400COMPOUND Largely a helical bundle protein containing a distinct distal and proximal heme domains. ...COMPOUND Largely a helical bundle protein containing a distinct distal and proximal heme domains. Proximal heme domain contains the cation-binding loop which in the present case contains Calcium coordinated by the residues 190-199 of the loop.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome c Peroxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,3173
ポリマ－33,6611
非ポリマー6562
水10,791599
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)107.034, 75.458, 51.100
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細Largely a helical bundle protein containing a distinct distal and proximal heme domains. Proximal heme domian contains the cation-binding loop which in the present case contains Calcium coordinated by the residues 190-199 of the loop

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要素

#1: タンパク質 Cytochrome c Peroxidase / CCP


分子量: 33661.277 Da / 分子数: 1 / 断片: Proximal Cation-binding Loop / 変異: A176T, G192D, A194T, T199D, E201S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: OPBYC / プラスミド: pT7CcP / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P00431, cytochrome-c peroxidase
#2: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 599 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.85 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 2-Methyl-2,4-Pentanediol (MPD), potassium phosphate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
結晶化
*PLUS
手法: unknown
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
1100 mMTrizma1dropTris base
250 mMacetic acid1drop
350 mMMES1droppH6.0
430 %MPD1reservoir
52 mM1reservoirCaCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年10月29日 / 詳細: Mirrors
放射モノクロメーター: Graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→20 Å / Num. obs: 28764 / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 10.8627 % / Rmerge(I) obs: 0.082 / Rsym value: 0.057 / Net I/σ(I): 19.2082
反射 シェル解像度: 2→2.02 Å / Rmerge(I) obs: 0.42 / Mean I/σ(I) obs: 3.3023 / Num. unique all: 706 / Rsym value: 0.354 / % possible all: 99.3
反射
*PLUS
最低解像度: 20 Å / Num. obs: 28701 / % possible obs: 99.8 % / Num. measured all: 155672
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Potassium-binding CcP (CcPK2)

解像度: 2→10 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rwork0.192 ---
Rfree-1645 -RANDOM
obs-25912 100 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2406 0 44 599 3049
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.32
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RworkRefine-IDNum. reflection obs
2-2.090.1921X-RAY DIFFRACTION2712
2.09-2.20.1871X-RAY DIFFRACTION2956
2.2-2.340.1821X-RAY DIFFRACTION3141
2.34-2.510.1775X-RAY DIFFRACTION3217
2.51-2.760.1728X-RAY DIFFRACTION3334
2.76-3.150.1683X-RAY DIFFRACTION3403
3.15-3.930.166X-RAY DIFFRACTION3506
3.93-100.1762X-RAY DIFFRACTION3643
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 10 Å / σ(F): 2 / Rfactor obs: 0.192
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプ
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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