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- PDB-1krh: X-ray Structure of Benzoate Dioxygenase Reductase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1krh
タイトルX-ray Structure of Benzoate Dioxygenase Reductase
要素Benzoate 1,2-Dioxygenase Reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / alpha-beta / FAD-binding / ferredoxin / NADH-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


ferredoxin-NAD+ reductase / ferredoxin-NAD+ reductase activity / toluene catabolic process / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / : / Flavoprotein pyridine nucleotide cytochrome reductase-like, FAD-binding domain / Oxidoreductase FAD-binding domain / Nucleotide-binding domain of ferredoxin-NADP reductase (FNR) module / 2Fe-2S ferredoxin, iron-sulphur binding site / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / Beta-grasp domain / 2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain / Translation factors ...: / : / Flavoprotein pyridine nucleotide cytochrome reductase-like, FAD-binding domain / Oxidoreductase FAD-binding domain / Nucleotide-binding domain of ferredoxin-NADP reductase (FNR) module / 2Fe-2S ferredoxin, iron-sulphur binding site / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / Beta-grasp domain / 2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain / Translation factors / Beta-grasp domain superfamily / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / 2Fe-2S ferredoxin-like superfamily / Flavoprotein pyridine nucleotide cytochrome reductase / Oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding / Oxidoreductase NAD-binding domain / FAD-binding domain, ferredoxin reductase-type / Ferredoxin-NADP reductase (FNR), nucleotide-binding domain / Ferredoxin reductase-type FAD binding domain profile. / Riboflavin synthase-like beta-barrel / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain / Ubiquitin-like (UB roll) / Roll / Beta Barrel / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / Benzoate 1,2-dioxygenase electron transfer component
類似検索 - 構成要素
生物種Acinetobacter sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Karlsson, A. / Beharry, Z.M. / Eby, D.M. / Coulter, E.D. / Niedle, E.L. / Kurtz Jr., D.M. / Eklund, H. / Ramaswamy, S.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2002
タイトル: X-ray crystal structure of benzoate 1,2-dioxygenase reductase from Acinetobacter sp. strain ADP1.
著者: Karlsson, A. / Beharry, Z.M. / Matthew Eby, D. / Coulter, E.D. / Neidle, E.L. / Kurtz Jr., D.M. / Eklund, H. / Ramaswamy, S.
履歴
登録2002年1月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年5月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年2月1日Group: Structure summary
改定 1.42017年10月11日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.52024年2月14日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 12No density for CD OE1 OE2 in A270 and B270.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Benzoate 1,2-Dioxygenase Reductase
B: Benzoate 1,2-Dioxygenase Reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,72511
ポリマ－75,3222
非ポリマー2,4039
水6,557364
1
A: Benzoate 1,2-Dioxygenase Reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,9116
ポリマ－37,6611
非ポリマー1,2505
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Benzoate 1,2-Dioxygenase Reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,8155
ポリマ－37,6611
非ポリマー1,1534
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)94.093, 100.682, 153.541
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

-
要素

#1: タンパク質 Benzoate 1,2-Dioxygenase Reductase


分子量: 37661.152 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Acinetobacter sp. (バクテリア) / 遺伝子: BenC / プラスミド: pBAC297 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-Codon Plus / 参照: UniProt: P07771, ferredoxin-NAD+ reductase
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#4: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 364 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.24 %
結晶化温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 2M Ammonium sulphate, MPD, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 281K
結晶化
*PLUS
温度: 8 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
12.4 Mammonium sulfate1reservoir
20.1 MMES1reservoirpH5.8
33 %(v/v)MPD1reservoir
47.5 mg/mlprotein1drop
50.05 MMOPS1droppH7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9465 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年6月5日
放射モノクロメーター: Double crystal, Si(111) or Si(311)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9465 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→9 Å / Num. all: 116344 / Num. obs: 109596 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.5 % / Biso Wilson estimate: 29.15 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Rsym value: 0.054 / Net I/σ(I): 4.8
反射 シェル解像度: 1.5→1.55 Å / 冗長度: 6 % / Num. unique all: 11230 / Rsym value: 0.282 / % possible all: 98.1
反射
*PLUS
最低解像度: 9 Å / % possible obs: 94.6 % / Num. measured all: 666561 / Rmerge(I) obs: 0.054
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 98.1 % / Rmerge(I) obs: 0.282

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
直接法モデル構築
REFMAC精密化
直接法位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.5→9 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: TLS Refinement used in last step. 6 TLS Groups defined, 3/Monomer.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.249 5521 -Random
Rwork0.241 ---
all0.242 103914 --
obs0.242 103914 94.64 %-
原子変位パラメータBiso mean: 11.76 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.21 Å20 Å20 Å2
2---0.87 Å20 Å2
3---1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5270 0 139 364 5773
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d1.495
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.006
精密化
*PLUS
Rfactor all: 0.242 / Rfactor obs: 0.241 / Rfactor Rfree: 0.249 / Rfactor Rwork: 0.241
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg1.36

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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