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- PDB-1krc: CRYSTAL STRUCTURE OF KLEBSIELLA AEROGENES UREASE, ITS APOENZYME A... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1krc
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF KLEBSIELLA AEROGENES UREASE, ITS APOENZYME AND TWO ACTIVE SITE MUTANTS
要素(UREASE) x 3
キーワードHYDROLASE (UREA AMIDO) / ACTIVE SITE MUTANT / NICKEL METALLOENZYME
機能・相同性
機能・相同性情報


urease complex / urease / urease activity / urea catabolic process / nickel cation binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Urease, subunit B / Urease, beta subunit / Urease; subunit A / Urease, gamma-like subunit / Urease, gamma subunit / : / Urease active site / Urease active site. / Urease nickel binding site / Urease nickel ligands signature. ...Urease, subunit B / Urease, beta subunit / Urease; subunit A / Urease, gamma-like subunit / Urease, gamma subunit / : / Urease active site / Urease active site. / Urease nickel binding site / Urease nickel ligands signature. / Urease, beta subunit / Urease, alpha subunit / Urease alpha subunit, C-terminal / Urease, beta subunit superfamily / : / Urease beta subunit / Urease domain profile. / Urease alpha-subunit, N-terminal domain / Urease alpha-subunit, N-terminal domain / Urease, gamma/gamma-beta subunit / Urease, gamma subunit superfamily / Urease, gamma subunit / Urease, subunit C; domain 1 / Urease, subunit C, domain 1 / Amidohydrolase family / Metal-dependent hydrolase, composite domain superfamily / Amidohydrolase-related / Metal-dependent hydrolases / Metal-dependent hydrolase / Ribbon / Roll / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CARBON DIOXIDE / NICKEL (II) ION / Urease subunit alpha / Urease subunit beta / Urease subunit gamma
類似検索 - 構成要素
生物種Klebsiella aerogenes (バクテリア)
手法X線回折 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Jabri, E. / Karplus, P.A.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 1996
タイトル: Structures of the Klebsiella aerogenes urease apoenzyme and two active-site mutants.
著者: Jabri, E. / Karplus, P.A.
#1: ジャーナル: Science / 年: 1995
タイトル: The Crystal Structure of Urease from Klebsiella Aerogenes
著者: Jabri, E. / Carr, M.B. / Hausinger, R.P. / Karplus, P.A.
#2: ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1993
タイトル: Site-Directed Mutagenesis of Klebsiella Aerogenes Urease: Identification of Histidine Residues that Appear to Function in Nickel Ligation, Substrate Binding, and Catalysis
著者: Park, I.-L. / Hausinger, R.P.
#3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1992
タイトル: Preliminary Crystallographic Studies of Urease from Jack Bean and from Klebsiella Aerogenes
著者: Jabri, E. / Lee, M.H. / Hausinger, R.P. / Karplus, P.A.
履歴
登録1995年6月20日処理サイト: BNL
改定 1.01995年10月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年6月5日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UREASE
B: UREASE
C: UREASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,2746
ポリマ－83,1123
非ポリマー1613
水2,864159
1
A: UREASE
B: UREASE
C: UREASE
ヘテロ分子

A: UREASE
B: UREASE
C: UREASE
ヘテロ分子

A: UREASE
B: UREASE
C: UREASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)249,82218
ポリマ－249,3379
非ポリマー4849
水1629
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
Buried area48590 Å2
ΔGint-315 kcal/mol
Surface area55630 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)170.800, 170.800, 170.800
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number199
Space group name H-MI213
Atom site foot note1: CIS PROLINE - PRO C 282 / 2: CIS PROLINE - PRO C 303 / 3: CIS PROLINE - PRO C 470
詳細THREE NONIDENTICAL CHAINS, GAMMA (A), BETA (B), AND ALPHA (C) FORM ONE (ABC)-UNIT. THE ASYMMETRIC UNIT CONTAINS ONE (ABC)-UNIT.

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要素

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タンパク質 , 3種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 UREASE


分子量: 11100.928 Da / 分子数: 1 / 変異: H(C 320)A / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Klebsiella aerogenes (バクテリア) / 器官: BEAN / 参照: UniProt: P18316, urease
#2: タンパク質 UREASE


分子量: 11712.239 Da / 分子数: 1 / 変異: H(C 320)A / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Klebsiella aerogenes (バクテリア) / 器官: BEAN / 参照: UniProt: P18315, urease
#3: タンパク質 UREASE


分子量: 60299.289 Da / 分子数: 1 / 変異: H(C 320)A / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Klebsiella aerogenes (バクテリア) / 器官: BEAN / 参照: UniProt: P18314, urease

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非ポリマー , 3種, 162分子

#4: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#5: 化合物 ChemComp-CO2 / CARBON DIOXIDE / 二酸化炭素


分子量: 44.010 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CO2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 159 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

非ポリマーの詳細HOH 1, THE CATALYTIC WATER, BRIDGES THE TWO NICKEL IONS. LYS 217 IS COVALENTLY MODIFIED AT NZ BY ...HOH 1, THE CATALYTIC WATER, BRIDGES THE TWO NICKEL IONS. LYS 217 IS COVALENTLY MODIFIED AT NZ BY CO2. NI1 IS COORDINATED BY TWO NITROGENS (HIS 246 AND HIS 272) AND TWO OXYGENS (LYS 217*) LIGANDS IN A PSEUDO-TETRAHEDRAL GEOMETRY. NI2 IS COORDINATED BY TWO NITROGENS (HIS 134 AND HIS 136) AND THREE OXYGENS (ASP 360, HOH 1, LYS 217*) LIGANDS IN A ROUGHLY SQUARE PYRAMIDAL GEOMETRY. 1KAU= 2.2 ANGSTROM STRUCTURE-COMPLETE NICKEL COORDINATION CONTAINS THE FULLY COORDINATED NICKEL METALLOCENTER.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.73 %
結晶化
*PLUS
温度: 25 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: Jabri, E., (1992) J.Mol.Biol., 227, 934.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
1100 mMHEPES1reservoir
21.6 M1reservoirLi2SO4
3100 mMHEPES1drop
41.6 M1dropLi2SO4
510 mg/mlurease1drop
620 mMTris1drop
71 mMEDTA1drop
81 mMbeta-mercaptoethanol1drop

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データ収集

放射光源波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: XUONG-HAMLIN MULTIWIRE MARK II / 検出器: AREA DETECTOR
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→99.9 Å / Num. obs: 28672 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.094
反射
*PLUS
最高解像度: 2.5 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.094

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR3.1位相決定
精密化解像度: 2.5→10 Å / σ(F): 0
詳細: RESIDUES 308 - 330 IN CHAIN C HAVE HIGH B VALUES. THEY CORRESPOND TO A MOBILE LOOP NEAR THE ACTIVE SITE.
Rfactor反射数%反射
Rwork0.18 --
obs0.18 27755 98 %
原子変位パラメータBiso mean: 12.2 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.25 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5779 0 5 159 5943
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.88
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.18 / Rfactor Rwork: 0.18
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: x_angle_deg / Dev ideal: 1.9

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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