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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1kra | |||||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF KLEBSIELLA AEROGENES UREASE, ITS APOENZYME AND TWO ACTIVE SITE MUTANTS | |||||||||
![]() | (UREASE) x 3 | |||||||||
![]() | HYDROLASE (UREA AMIDO) / APOENZYME / NICKEL METALLOENZYME | |||||||||
機能・相同性 | ![]() urease complex / urease / urease activity / urea catabolic process / nickel cation binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() | |||||||||
![]() | Jabri, E. / Karplus, P.A. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Structures of the Klebsiella aerogenes urease apoenzyme and two active-site mutants. 著者: Jabri, E. / Karplus, P.A. #1: ![]() タイトル: The Crystal Structure of Urease from Klebsiella Aerogenes 著者: Jabri, E. / Carr, M.B. / Hausinger, R.P. / Karplus, P.A. #2: ![]() タイトル: Preliminary Crystallographic Studies of Urease from Jack Bean and from Klebsiella Aerogenes 著者: Jabri, E. / Lee, M.H. / Hausinger, R.P. / Karplus, P.A. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 154.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 121.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 429.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 436.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 28.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 40.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: CIS PROLINE - PRO C 282 / 2: CIS PROLINE - PRO C 303 / 3: CIS PROLINE - PRO C 470 | ||||||||
詳細 | THREE NONIDENTICAL CHAINS, GAMMA (A), BETA (B), AND ALPHA (C) FORM ONE (ABC)-UNIT. THE ASYMMETRIC UNIT CONTAINS ONE (ABC)-UNIT. |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11100.928 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
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#2: タンパク質 | 分子量: 11712.239 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#3: タンパク質 | 分子量: 60366.352 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
構成要素の詳細 | 1KAU= 2.2 ANGSTROM STRUCTURE-COMPLETE NICKEL COORDINATI |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.7 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS 温度: 25 ℃ / pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Jabri, E., (1992) J.Mol.Biol., 227, 934. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射光源 | 波長: 1.5418 Å |
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検出器 | タイプ: XUONG-HAMLIN MULTIWIRE MARK II / 検出器: AREA DETECTOR |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→99.9 Å / Num. obs: 35214 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): 0 / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.155 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.3 Å / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.155 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.3→10 Å / σ(F): 0 詳細: RESIDUES 308 - 330 IN CHAIN C HAVE HIGH B VALUES. THEY CORRESPOND TO A MOBILE LOOP NEAR THE ACTIVE SITE.
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原子変位パラメータ | Biso mean: 8.2 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→10 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.19 / Rfactor Rwork: 0.19 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: x_angle_deg / Dev ideal: 1.9 |