PDB-1kr8: Refinement of d(GCGAAGC) Hairpin Structure Using One-and Two-Bond...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1kr8

タイトル

Refinement of d(GCGAAGC) Hairpin Structure Using One-and Two-Bonds Residual Dipolar Couplings

要素

5'-D(*GP*CP*GP*AP*AP*GP*C)-3'

キーワード

DNA / hairpin / GA mismatch

機能・相同性

DNA

機能・相同性情報

手法

溶液NMR / molecular dynamics

データ登録者

Padrta, P. / Stefl, R. / Zidek, L. / Sklenar, V.

引用

ジャーナル: J.BIOMOL.NMR / 年: 2002
タイトル: Refinement of d(GCGAAGC) Hairpin Structure Using One- and Two-Bond Residual Dipolar Couplings
著者: Padrta, P. / Stefl, R. / Kralik, L. / Zidek, L. / Sklenar, V.

履歴

登録	2002年1月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2002年12月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月27日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年2月23日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.4	2024年5月22日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1kr8.cif.gz	58.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1kr8.ent.gz	39.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1kr8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1kr8_validation.pdf.gz	298.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1kr8_full_validation.pdf.gz	365.8 KB	表示
XML形式データ	1kr8_validation.xml.gz	3.8 KB	表示
CIF形式データ	1kr8_validation.cif.gz	5.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kr/1kr8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kr/1kr8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1pqtC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1pqt-d 2efz-d 1zlc-d 1rij-d 1ze9-d 6m6j-d 2n0x-d 1l2y-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#23 - 2001年11月 DNA (DNA) 類似性 (1) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 5'-D(*GP*CP*GP*AP*AP*GP*C)-3'

2.15 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	14 / 14	all calculated structures submitted
代表モデル	モデル #7	closest to the average

#1: DNA鎖	5'-D(GPCPGPAPAPGPC)-3' 分子量: 2147.437 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ*: 合成詳細: This sequence occurs naturally in replication origins of phage phiX174, in herpes simplex virus, in E. coli heat-shock gene and rRNA genes.

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D NOESY
2	2	2	2D NOESY
1	3	1	E-COSY
1	4	1	DQF-COSY
3	5	3	coupled HSQC
3	6	3	S3E E-COSY

NMR実験の詳細

Text: The structure was determined using triple-resonance NMR spectroscopy in isotropic and liquid crystalline phase.

-
試料調製

詳細

Solution-ID	内容	溶媒系
1	6mM natural abundance d(GCGAAGC), 10mM phosphate buffer Na, D2O	D2O
2	6mM natural abundance d(GCGAAGC), 10mM phosphate buffer Na, 90% H2O, 10% D2O	90% H2O/10% D2O
3	U-15N,13C, 0.5mM d(GCGAAGC), 10mM phosphate buffer Na, 90% H2O, 10% D2O	90% H2O/10% D2O

試料状態

Conditions-ID	イオン強度	pH	圧 (kPa)	温度 (K)
1	10 mM	6.7	1 atm	303 K
2	10 mM	6.7	1 atm	277 K
3	10 mM	6.7	1 atm	303 K

結晶化

*PLUS

手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長	相対比: 1
NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 500 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
XwinNMR	2.1, 3.0	Bruker	collection
XwinNMR	2.1, 3.0	Bruker	解析
Sparky	3.x	T. D. Goddard and D. G. Kneller	データ解析
Amber	6	Kollman, Case et. al	構造決定
Amber	6	Kollman, Case et. al	精密化

精密化

手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: closest to the average

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: all calculated structures submitted
計算したコンフォーマーの数: 14 / 登録したコンフォーマーの数: 14

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
NMR測定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-NMR測定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
NMR測定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)