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万見
- PDB-1kr7: Crystal structure of the nerve tissue mini-hemoglobin from the ne... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1kr7
タイトルCrystal structure of the nerve tissue mini-hemoglobin from the nemertean worm Cerebratulus lacteus
要素Neural globin
キーワードOXYGEN STORAGE/TRANSPORT / nerve tissue / mini-hemoglobin / protein cavities / Oxygen transport / OXYGEN STORAGE-TRANSPORT COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


oxygen carrier activity / oxygen binding / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Myoglobin-like, M family globin domain / Globin/Protoglobin / Globins / Globin domain profile. / Globin-like / Globin / Globin / Globin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / OXYGEN MOLECULE / Neural hemoglobin
類似検索 - 構成要素
生物種Cerebratulus lacteus (無脊椎動物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Pesce, A. / Nardini, M. / Dewilde, S. / Geuens, E. / Yamauchi, k. / Ascenzi, P. / Riggs, A.F. / Moens, L. / Bolognesi, M.
引用
ジャーナル: Structure / 年: 2002
タイトル: The 109 residue nerve tissue minihemoglobin from Cerebratulus lacteus highlights striking structural plasticity of the alpha-helical globin fold
著者: Pesce, A. / Nardini, M. / Dewilde, S. / Geuens, E. / Yamauchi, k. / Ascenzi, P. / Riggs, A.F. / Moens, L. / Bolognesi, M.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2001
タイトル: Crystallization and preliminary X-ray analysis of neural hemoglobin from the nemertean worm Cerebratulus lacteus
著者: Pesce, A. / Nardini, M. / Dewilde, S. / Ascenzi, P. / Riggs, A.F. / Yamauchi, K. / Geuens, E. / Moens, L. / Bolognesi, M.
履歴
登録2002年1月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年5月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月16日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Neural globin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,3515
ポリマ－11,5471
非ポリマー8044
水1,910106
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)42.721, 43.173, 60.110
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Neural globin / Mini-hemoglobin


分子量: 11546.949 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cerebratulus lacteus (無脊椎動物)
プラスミド: pET3a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O76242

-
非ポリマー , 5種, 110分子

#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#5: 化合物 ChemComp-OXY / OXYGEN MOLECULE / ペルオキシラジカル


分子量: 31.999 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 106 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.5 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: ammonium sulfate, sodium acetate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
127 mg/mlprotein1drop
260 %ammonium sulfate1reservoir
350 mMsodium acetate1reservoirpH5.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1.739, 1.740, 0.915
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年6月23日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 311 channel and Si 111 channel cut
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.7391
21.741
30.9151
反射解像度: 1.5→35 Å / Num. all: 17906 / Num. obs: 17906 / % possible obs: 97.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 14 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Rsym value: 0.054 / Net I/σ(I): 14.3
反射 シェル解像度: 1.5→1.53 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.239 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique all: 1168 / Rsym value: 0.239 / % possible all: 95.7
反射
*PLUS
最高解像度: 1.5 Å / 最低解像度: 35 Å / Num. measured all: 67606 / Rmerge(I) obs: 0.054
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 95.7 % / Rmerge(I) obs: 0.239

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解析

ソフトウェア
名称分類
SOLVE位相決定
REFMAC精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.5→35.14 Å / SU B: 2.82431 / SU ML: 0.04376 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.08727 / ESU R Free: 0.07211 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18702 1808 -RANDOM
Rwork0.15298 ---
all0.1563 17906 --
obs0.1563 16071 97.1 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å
原子変位パラメータBiso mean: 16.023 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.47 Å20 Å20 Å2
2---0.27 Å20 Å2
3----0.2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→35.14 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数814 0 54 106 974
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0060.021
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it1.1881
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it2.0932
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it3.2463
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it4.3333
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.5 Å / 最低解像度: 35 Å / Rfactor all: 0.1563 / Rfactor obs: 0.153 / Rfactor Rfree: 0.18702 / Rfactor Rwork: 0.15298
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg1.14

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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