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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1kqh | ||||||
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タイトル | NMR Solution Structure of the cis Pro30 Isomer of ACTX-Hi:OB4219 | ||||||
要素 | ACTX-Hi:OB4219 | ||||||
キーワード | TOXIN / Hadronyche infensa / funnel web / spider venom / cis-trans isomerisation / disulfide rich / cystine knot / solution structure / NMR spectroscopy | ||||||
機能・相同性 | Beta/delta-agatoxin family / Mu-agatoxin family signature. / sodium channel regulator activity / toxin activity / extracellular region / U2-hexatoxin-Hi1a 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Hadronyche infensa (クモ) | ||||||
手法 | 溶液NMR / Torsion angle molecular dynamics. Refinement, energy minimization in a water shell using Cartesian dynamics, powell minimization. | ||||||
データ登録者 | Rosengren, K.J. / Wilson, D. / Daly, N.L. / Alewood, P.F. / Craik, D.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2002 タイトル: Solution structures of the cis- and trans-Pro30 isomers of a novel 38-residue toxin from the venom of Hadronyche Infensa sp. that contains a cystine-knot motif within its four disulfide bonds 著者: Rosengren, K.J. / Wilson, D. / Daly, N.L. / Alewood, P.F. / Craik, D.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1kqh.cif.gz | 214.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1kqh.ent.gz | 187 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1kqh.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1kqh_validation.pdf.gz | 344.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1kqh_full_validation.pdf.gz | 455.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1kqh_validation.xml.gz | 12.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1kqh_validation.cif.gz | 21.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kq/1kqh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kq/1kqh | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4230.953 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 詳細: Hadronyche infensa found at Orchid Beach, Fraser Island, Australia 由来: (天然) Hadronyche infensa (クモ) / 参照: UniProt: P60272*PLUS |
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配列の詳細 | sequence an appropriate sequence database reference was not available at the time of processing. |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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NMR実験の詳細 | Text: This strcuture was determined using standard 2D NMR techniques. |
-試料調製
詳細 |
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試料状態 |
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結晶化 | *PLUS 手法: other / 詳細: NMR |
-NMR測定
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M | |||||||||||||||
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放射波長 | 相対比: 1 | |||||||||||||||
NMRスペクトロメーター |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: Torsion angle molecular dynamics. Refinement, energy minimization in a water shell using Cartesian dynamics, powell minimization. ソフトェア番号: 1 詳細: Initial structures were generated by torsion angle dynamics. These were then refined and minimized in a water shell using Cartesian dynamics and restrained powell minimization according to ARIA and CNS protocols. | ||||||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | ||||||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations, structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |