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- PDB-1kpk: Crystal Structure of the ClC Chloride Channel from E. coli -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1kpk
タイトルCrystal Structure of the ClC Chloride Channel from E. coli
要素putative channel transporter
キーワードMEMBRANE PROTEIN / helical membrane protein / homodimer
機能・相同性
機能・相同性情報


chloride:proton antiporter activity / cellular stress response to acidic pH / voltage-gated chloride channel activity / chloride transmembrane transport / proton transmembrane transport / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Clc chloride channel / Clc chloride channel / Chloride channel, ClcA / Chloride channel, voltage gated / Chloride channel, core / Voltage gated chloride channel / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
H(+)/Cl(-) exchange transporter ClcA
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Dutzler, R. / Campbell, E.B. / Cadene, M. / Chait, B.T. / MacKinnon, R.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2002
タイトル: X-ray structure of a ClC chloride channel at 3.0 A reveals the molecular basis of anion selectivity.
著者: Dutzler, R. / Campbell, E.B. / Cadene, M. / Chait, B.T. / MacKinnon, R.
履歴
登録2001年12月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年1月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: putative channel transporter
B: putative channel transporter
C: putative channel transporter
D: putative channel transporter
E: putative channel transporter
F: putative channel transporter


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)302,3426
ポリマ－302,3426
非ポリマー00
水00
1
A: putative channel transporter
B: putative channel transporter


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,7812
ポリマ－100,7812
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: putative channel transporter
D: putative channel transporter


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,7812
ポリマ－100,7812
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
E: putative channel transporter
F: putative channel transporter


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,7812
ポリマ－100,7812
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)105.660, 152.525, 263.064
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(-0.99996, -0.00895, 0.00121), (0.00493, -0.42854, 0.90351), (-0.00757, 0.90348, 0.42857)69.65647, 19.90589, -12.34595
3given(0.99998, 0.0044, 0.00419), (-0.0043, 0.99975, -0.02199), (-0.00429, 0.02198, 0.99975)-0.35898, -11.35713, 166.48964
4given(-0.99995, -0.00705, 0.00697), (0.00939, -0.44828, 0.89385), (-0.00317, 0.89387, 0.44832)69.33211, 8.51616, 154.28549
5given(0.99991, 0.00967, 0.0098), (-0.01362, 0.59081, 0.8067), (0.00201, -0.80675, 0.59088)17.48277, 49.93853, 7.5917
6given(-0.99989, -0.00423, 0.01414), (0.01042, 0.47576, 0.87951), (-0.01045, 0.87956, -0.47567)87.20429, 50.79093, -15.62315
詳細The biologically active assembly is a homodimer. The three biological dimers in the asymmetric unit are composed of protein chains A and B, C and D, and E and F.

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要素

#1: タンパク質
putative channel transporter / ClC chloride channel subunit


分子量: 50390.402 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: yadQ / プラスミド: pET28b+ / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 / 参照: UniProt: P37019

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.9 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: PEG 400, tris, sodium sulfate, lithium sulfate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / pH: 7.5
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
110-15 mg/mlprotein1drop
245 mMn-octyl-beta-maltoside1drop
375 mM1dropNaCl
410 mMTris-HCl1droppH7.5
531-34 %PEG4001reservoir
650 mMTris1reservoirpH8.5
750 mM1reservoirNa2SO4
850 mM1reservoirLi2SO4

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID13 / 波長: 0.782 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2000年2月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.782 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→50 Å / Num. all: 55065 / Num. obs: 54294 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 5.2 % / Biso Wilson estimate: 85.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 26.3
反射 シェル解像度: 3.5→3.63 Å / Rmerge(I) obs: 0.505 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique all: 4938 / % possible all: 91.3
反射
*PLUS
最低解像度: 50 Å
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 91.3 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
CNS0.3精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.5→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 4749113.68 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: Strict 6-fold NCS constraints were maintained during refinement. BULK SOLVENT MODEL USED.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.301 5321 9.9 %RANDOM
Rwork0.29 ---
all0.2912 54088 --
obs0.29 53763 99.4 %-
原子変位パラメータBiso mean: 104.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-24.09 Å20 Å20 Å2
2---13.68 Å20 Å2
3----10.42 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.61 Å0.57 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.76 Å0.79 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.5→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数20274 0 0 0 20274
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d19.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.76
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.681.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.972
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it5.793
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it8.075
Refine LS restraints NCSNCS model details: CONSTR
LS精密化 シェル解像度: 3.5→3.72 Å / Rfactor Rfree error: 0.014 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.418 874 10 %
Rwork0.4 7884 -
obs--98.4 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 0.3 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 0 / % reflection Rfree: 9.9 % / Rfactor obs: 0.29 / Rfactor Rfree: 0.302 / Rfactor Rwork: 0.29
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 104.9 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg19.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.76
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.681.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it5.793
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.972
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it8.075
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.418 / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor Rwork: 0.4

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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