PDB-1koz: SOLUTION STRUCTURE OF OMEGA-GRAMMOTOXIN SIA

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1koz

タイトル

SOLUTION STRUCTURE OF OMEGA-GRAMMOTOXIN SIA

要素

Voltage-dependent Channel Inhibitor

キーワード

TOXIN / CYSTINE KNOT

機能・相同性

Huwentoxin-1 family / Ion channel inhibitory toxin / potassium channel inhibitor activity / sodium channel regulator activity / calcium channel inhibitor activity / toxin activity / extracellular region / Omega-theraphotoxin-Gr1a

機能・相同性情報

手法

溶液NMR / simulated annealing

データ登録者

Takeuchi, K. / Park, E.J. / Lee, C.W. / Kim, J.I. / Takahashi, H. / Swartz, K.J. / Shimada, I.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2002
タイトル: Solution structure of omega-grammotoxin SIA, a gating modifier of P/Q and N-type Ca(2+) channel.
著者: Takeuchi, K. / Park, E. / Lee, C. / Kim, J. / Takahashi, H. / Swartz, K. / Shimada, I.

履歴

登録	2001年12月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2002年8月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月27日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年2月23日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.4	2024年10月16日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1koz.cif.gz	221.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1koz.ent.gz	181.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1koz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1koz_validation.pdf.gz	340.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1koz_full_validation.pdf.gz	471.7 KB	表示
XML形式データ	1koz_validation.xml.gz	23.1 KB	表示
CIF形式データ	1koz_validation.cif.gz	34.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ko/1koz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ko/1koz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2k2z-d 2vus-17 2vut-17 2vuu-20 2vut-20 1vpu-d 2vuu-18 2vuu-19 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Voltage-dependent Channel Inhibitor

4.12 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 100	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質・ペプチド	Voltage-dependent Channel Inhibitor / omega-Grammotoxin SIA 分子量: 4122.778 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: chemically synthesized by a solid-phase methodology / 参照: UniProt: P60590
Has protein modification	Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	DQF-COSY
1	2	1	E-COSY
1	3	1	2D NOESY

NMR実験の詳細

Text: THIS STRUCTURE WAS DETERMINED USING STANDARD 2D HOMONUCLEAR TECHNIQUES.

-
試料調製

詳細	内容: 2.4mM Grammotoxin NA; 90% H2O, 10% D2O / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料状態	イオン強度: 0 / pH: 3.5 / 圧: 1 atm / 温度: 283 K
結晶化	*PLUS 手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker DRX / 製造業者: Bruker / モデル: DRX / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
X-PLOR	3.1	BRUNGER	精密化
ANSIG	3.3	Kraulis	データ解析
XwinNMR	1.3	Bruker	collection

精密化

手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: Additional comments about the NMR refinement can be placed here, e.g. the structures are based on a total of 561 restraints, 536 are NOE-derived distance constraints, 20 dihedral angle ...

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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