PDB-1ko4: Crystal structure of gluconate kinase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1ko4

タイトル

Crystal structure of gluconate kinase

要素

Gluconate kinase

キーワード

TRANSFERASE / alfa/beta

機能・相同性

機能・相同性情報

gluconokinase / gluconokinase activity / carbohydrate metabolic process / protein homodimerization activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Kraft, L. / Sprenger, G.A. / Lindqvist, Y.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2002
タイトル: Conformational changes during the catalytic cycle of gluconate kinase as revealed by X-ray crystallography.
著者: Kraft, L. / Sprenger, G.A. / Lindqvist, Y.

履歴

登録	2001年12月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2002年5月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月27日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2024年10月23日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1ko4.cif.gz	77.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1ko4.ent.gz	59.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1ko4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1ko4_validation.pdf.gz	446.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1ko4_full_validation.pdf.gz	455.4 KB	表示
XML形式データ	1ko4_validation.xml.gz	18.2 KB	表示
CIF形式データ	1ko4_validation.cif.gz	23.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ko/1ko4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ko/1ko4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1knqC 1ko1C 1ko5C 1ko8C 1kofC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1ko1-d 3k1s-2 1j3h-2 3ag9-2 3biy-d 1szm-1 3hoi-1 5a3j-5 1mn2-d 2v0z-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Gluconate kinase

B: Gluconate kinase

ヘテロ分子

39.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	70.231, 72.602, 79.079
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

詳細

The biological assembly is a dimer

#1: タンパク質	Gluconate kinase / Thermoresistant gluconokinase 分子量: 19759.873 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: gntk / プラスミド: pJF119EH / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P46859, gluconokinase
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 105 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.55 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.76 %

結晶化

温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: PEG6000, LiCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

結晶化

*PLUS

pH: 8

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	詳細	化学式
1	10 mg/ml	protein	1	drop
2	20 mM	Tris-HCl	1	drop	pH8.0
3	3 mM		1	drop		MgCl2
4	1 mM	dithiothreitol	1	drop
5	17-20 %(w/v)	PEG6000	1	reservoir
6	1.4-1.7 M		1	reservoir		LiCl
7	0.1 M	MES	1	reservoir	pH6.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7A / 波長: 0.9783 Å
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年9月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9783 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→25 Å / Num. all: 13617 / Num. obs: 13617 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 12.6 % / B_iso Wilson estimate: 30.9 Å² / R_sym value: 0.063 / Net I/σ(I): 27.9
反射シェル	解像度: 2.55→2.58 Å / Mean I/σ(I) obs: 8.4 / R_sym value: 0.158 / % possible all: 94.9
反射	PLUS 最低解像度: 25 Å / Num. measured all: 172188 / R_merge(I) obs*: 0.063
反射シェル	PLUS % possible obs: 94.9 % / R_merge(I) obs*: 0.158

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
AMoRE		位相決定
REFMAC	5	精密化
DENZO		データ削減
CCP4	(SCALA)	データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.5→79.06 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.907 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.863 / SU B: 12.718 / SU ML: 0.285 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.586 / ESU R Free: 0.344 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.30421	681	4.8 %	RANDOM
R_work	0.2399	-	-	-
all	0.243	13603	-	-
obs	0.243	13603	98.29 %	-

溶媒の処理

溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.86 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.76 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	3.55 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.8 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→79.06 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2563	0	2	105	2670

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.021	2607
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.797	1.952	3525
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.103	3	323
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.558	15	477
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.112	0.2	404
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	1955
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.276	0.3	1261
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.164	0.5	182
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.311	0.3	25
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.444	0.5	6
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.879	1.5	1625
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.695	2	2618
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.428	3	982
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.041	4.5	907
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.361	5
R_work	0.288	949

精密化

*PLUS

最高解像度: 2.6 Å / R_factor obs: 0.24 / R_factor R_free: 0.304 / R_factor R_work: 0.24

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_d	0.015
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_deg	1.8

LS精密化シェル

*PLUS

最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 2.56 Å / R_factor R_free: 0.361 / R_factor R_work: 0.288 / R_factor obs: 0.288

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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