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万見
- PDB-1knv: Bse634I restriction endonuclease -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1knv
タイトルBse634I restriction endonuclease
要素Bse634I restriction endonuclease
キーワードHYDROLASE / Restriction endonuclease / apo-enzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


endonuclease activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Restriction Endonuclease - #10 / Restriction endonuclease, type II, Cfr10I/Bse634I / Cfr10I/Bse634I restriction endonuclease / Restriction Endonuclease / Restriction endonuclease type II-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Endonuclease Bse634IR
類似検索 - 構成要素
生物種Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 2.17 Å
データ登録者Grazulis, S. / Deibert, M. / Rimseliene, R. / Skirgaila, R. / Sasnauskas, G. / Lagunavicius, A. / Repin, V. / Urbanke, C. / Huber, R. / Siksnys, V.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2002
タイトル: Crystal structure of the Bse634I restriction endonuclease: comparison of two enzymes recognizing the same DNA sequence.
著者: Grazulis, S. / Deibert, M. / Rimseliene, R. / Skirgaila, R. / Sasnauskas, G. / Lagunavicius, A. / Repin, V. / Urbanke, C. / Huber, R. / Siksnys, V.
履歴
登録2001年12月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02002年2月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bse634I restriction endonuclease
B: Bse634I restriction endonuclease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,9939
ポリマ－67,6982
非ポリマー2957
水5,224290
1
A: Bse634I restriction endonuclease
B: Bse634I restriction endonuclease
ヘテロ分子

A: Bse634I restriction endonuclease
B: Bse634I restriction endonuclease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)135,98618
ポリマ－135,3964
非ポリマー59114
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
Buried area12210 Å2
ΔGint-184 kcal/mol
Surface area51480 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)121.230, 122.280, 56.870
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-3145-

HOH

21A-3146-

HOH

31B-3153-

HOH

詳細Biological assembly is a teramer (dimer of dimers); second dimer in the tetramer is generated by crystallographic two-fold axis -x+1, -y+1, z from the chains A and B

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要素

#1: タンパク質 Bse634I restriction endonuclease


分子量: 33848.875 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
プラスミド: pUC18 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ER2267
参照: UniProt: Q8RT53, type II site-specific deoxyribonuclease
#2: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 290 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.48 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: Na Acetate, PEG 8000, Calcium chloride, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
10.10 mMprotein1droptetramer solution
220 mMTris-HCl1drop
350 mM1dropNaCl
41 mMEDTA1drop
5100 mMsodium acetate1reservoirpH5.5
612 %PEG80001reservoir
7100 mM1reservoirCaCl2

-
データ収集

回折平均測定温度: 90 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MPG/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW6 / 波長: 1.09932 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年11月2日 / 詳細: monochromator, mirrors
放射モノクロメーター: monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.09932 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.17→24.6 Å / Num. all: 43316 / Num. obs: 43275 / % possible obs: 95 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.6 % / Biso Wilson estimate: 19.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.055
反射 シェル解像度: 2.17→2.23 Å / % possible all: 87.2
反射
*PLUS
Num. obs: 43316

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CCP4suiteモデル構築
Oモデル構築
CNS1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CCP4位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.17→24.61 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 2011306.16 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.253 4314 10.1 %RANDOM
Rwork0.218 ---
all0.2213 43275 --
obs0.218 42686 93.6 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 40.3493 Å2 / ksol: 0.3641 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 32.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.14 Å20 Å20 Å2
2--2.32 Å20 Å2
3---1.82 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.31 Å0.28 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.25 Å0.27 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.17→24.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4709 0 13 290 5012
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.9
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.241.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.142
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.452
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.432.5
LS精密化 シェル解像度: 2.17→2.3 Å / Rfactor Rfree error: 0.011 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.288 673 10.5 %
Rwork0.273 5766 -
obs--86.2 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION4ACT.PARAMACT.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Num. reflection obs: 43316 / σ(F): 2 / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor Rfree: 0.252
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 32.7 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg22.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.9
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.241.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.452
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.142
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.432.5
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.288 / % reflection Rfree: 10.5 % / Rfactor Rwork: 0.273

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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