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- PDB-1knp: E. coli L-aspartate oxidase: mutant R386L in complex with succinate -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 1knp | ||||||
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Title | E. coli L-aspartate oxidase: mutant R386L in complex with succinate | ||||||
![]() | L-aspartate oxidase | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / fumarate reductase family of oxidoreductases | ||||||
Function / homology | ![]() Oxidoreductases; Acting on the CH-NH group of donors; With unknown physiological acceptors / L-aspartate oxidase / L-aspartate oxidase activity / : / 'de novo' NAD biosynthetic process from aspartate / flavin adenine dinucleotide binding / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Bossi, R.T. / Mattevi, A. | ||||||
![]() | ![]() Title: Structure of FAD-bound L-aspartate oxidase: insight into substrate specificity and catalysis. Authors: Bossi, R.T. / Negri, A. / Tedeschi, G. / Mattevi, A. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 118.4 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 91.7 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 60386.293 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: R386L Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: Chemical | ChemComp-NA / |
#3: Chemical | ChemComp-FAD / |
#4: Chemical | ChemComp-SIN / |
#5: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.37 Å3/Da / Density % sol: 63.46 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.5 Details: ispropanol, Hepes, sodium citrate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Crystal grow | *PLUS Temperature: 22 ℃ / pH: 8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Components of the solutions | *PLUS
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-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: MARRESEARCH / Detector: CCD / Date: May 20, 2000 / Details: Mirrors |
Radiation | Monochromator: Diamond / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.93 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.6→20 Å / Num. all: 100758 / Num. obs: 22099 / % possible obs: 94.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 69 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.116 / Rsym value: 0.116 / Net I/σ(I): 8.2 |
Reflection shell | Resolution: 2.6→2.667 Å / Redundancy: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.377 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 1649 / Rsym value: 0.377 / % possible all: 91.93 |
Reflection | *PLUS Highest resolution: 2.6 Å / Num. measured all: 100758 / Rmerge(I) obs: 0.116 |
Reflection shell | *PLUS % possible obs: 91.9 % / Rmerge(I) obs: 0.377 |
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Processing
Software |
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Refinement | Resolution: 2.6→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.919 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.892 / SU B: 12.92 / SU ML: 0.273 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.505 / ESU R Free: 0.324 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 69.233 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.6→40 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.6→2.667 Å / Total num. of bins used: 20 /
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Refinement | *PLUS Highest resolution: 2.6 Å / Lowest resolution: 40 Å / Rfactor obs: 0.232 / Rfactor Rfree: 0.281 / Rfactor Rwork: 0.232 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints | *PLUS
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LS refinement shell | *PLUS Rfactor Rfree: 0.383 / Rfactor Rwork: 0.274 |